[發明專利]確定和確認樣品中存在HPV的方法

無效

• 申請號: 201180016276.3
• 申請日: 2011-01-28
• 公開（公告）號: CN102822353A
• 公開（公告）日: 2012-12-12
• 發明（設計）人: I.納扎倫科
• 申請（專利權）人: 奇亞根蓋瑟斯堡股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 封新琴

相關專利申請參考

本申請要求2010年1月29日提交的美國臨時專利申請號61/299,729的優先權，所述文件通過提述以其整體并入本文。

發明領域

本公開涉及用于確定和確認樣品中存在靶核酸并對靶核酸進行基因分型的方法和組合物。

背景

生物樣品特別是臨床樣品的保存是必需的，以確保樣品可以連續用于各種水平的分析。經常地，研究人員或醫師希望對單一的樣品進行多種測試，使得一個測試的結果可與其它的結果相關聯。而且，當臨床樣品的獲得是困難的、令人不舒服或者令人痛苦時，優選不對同一個受試者或患者進行多次采樣。因此，需要使在某些測試中使用的樣品量最少，從而使得可以對單一樣品進行的測試的數目最多。

僅作為一個實例，宮頸樣品通常在婦科檢查過程中收集。當觀察到這類樣品中異常的細胞學檢查結果時，通常有益于確定組織是否受到與宮頸癌有關的人乳頭瘤病毒(HPV)的感染。用于HPV感染的最常用的測試通常只能區分高危和低危HPV感染，而不能區分高危或低危HPV的各個種。在一些情況下，確定HPV感染的具體基因型可能是有用的。

已經為HPV?16、18和45的特異性檢測開發了digene?HPV基因分型PS^TM測試(PS測試)，意圖用作樣品的反射基因分型測試，定量地確定含有高危人乳頭瘤病毒(HR-HPV)。PS測試經常用于對通過digene?hc2?HPV測試(HC2測試)鑒定的HR-HPV陽性樣品進行基因分型，HC2測試在美國專利Nos.4,849,331;4,849,332;4,849,334;4,908,306;5,411,857;5,643,715;5,712,092;5,876,922;5,952,487;5,958,674;6,107,086;和5,981,173中描述，每篇文件通過提述并入本文。PS測試和HC2測試都基于雜合體捕獲技術，其在許多參考文獻例如美國專利Nos.4,732,847;4,865,980;和6,228,578B1中描述，每篇文件通過提述并入本文。已經證明PS測試與Specimen?Transport?Medium^TM(STM)介質和通用的液基細胞學(LBC)介質(PC)相容。然而，尚沒有測試其與另一種常用的LBC介質的情況。此外，意圖使用PS測試分別檢測HPV基因型，這需要對于每種測試的基因型的每個患者樣本的分離的等分試樣。此外，一些樣本可能在定量測試之后缺少足夠的體積以對每個待評價基因型進行單獨測試。因此，開發以減少的體積在SP樣品中進行PS測試的材料和方法是有益的。

發明內容

本公開在各個方面和實施例中通過提供對樣品中的靶核酸進行基因分型的方法致力于解決各種需求和問題。

在一個方面中，提供了用于對樣品中的靶核酸進行基因分型的方法，包括：

(a)通過如下方法產生第一檢測混合物，所述方法包括使樣品的一部分與第一探針組接觸，其中該第一探針組包括對于靶核酸的第一基因型特異的核酸探針和對于靶核酸的第二基因型特異的核酸探針，但是不包括對于靶核酸的第三基因型特異的核酸探針；

(b)通過如下方法產生第二檢測混合物，所述方法包括使樣品的一部分與第二探針組接觸，其中該第二探針組包括對于靶核酸的第二基因型特異的核酸探針和對于靶核酸的第三基因型特異的核酸探針，但是不包括對于靶核酸的第一基因型特異的核酸探針；和

(c)在如下條件下處理第一和第二檢測混合物，其中所述核酸探針與靶核酸的第一、第二和/或第三基因型特異性地雜交；和

(d)檢測核酸探針與靶核酸的雜交，其中：

(i)在第一檢測混合物中雜交但在第二檢測混合物中不雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第一基因型；

(ii)在第二檢測混合物中雜交但在第一檢測混合物中不雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第三基因型；和

(iii)在第一檢測混合物和第二檢測混合物中均雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第二基因型。

在一個方面中，靶核酸是HPV核酸。