[發明專利]確定和確認樣品中存在HPV的方法

無效

• 申請號: 201180016276.3
• 申請日: 2011-01-28
• 公開（公告）號: CN102822353A
• 公開（公告）日: 2012-12-12
• 發明（設計）人: I.納扎倫科
• 申請（專利權）人: 奇亞根蓋瑟斯堡股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 封新琴

1.提供了一種用于對樣品中的靶核酸進行基因分型的方法，其包括：

(a)通過如下方法產生第一檢測混合物，所述方法包括將所述樣品的一部分與第一探針組接觸，其中所述第一探針組包含對于靶核酸的第一基因型特異的核酸探針和對于靶核酸的第二基因型特異的核酸探針，但是不包含對于靶核酸的第三基因型特異的核酸探針；

(b)通過如下方法產生第二檢測混合物，所述方法包括將所述樣品的一部分與第二探針組接觸，其中所述第二探針組包含對于靶核酸的第二基因型特異的核酸探針和對于靶核酸的第三基因型特異的核酸探針，但是不包含對于靶核酸的第一基因型特異的核酸探針；和

(c)在如下條件下處理第一和第二檢測混合物，其中所述核酸探針與靶核酸的第一、第二和/或第三基因型特異性地雜交；和

(d)檢測所述核酸探針與靶核酸的雜交，其中：

(i)在第一檢測混合物中雜交但在第二檢測混合物中不雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第一基因型；

(ii)在第二檢測混合物中雜交但在第一檢測混合物中不雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第三基因型；和

(iii)在第一檢測混合物和第二檢測混合物中均雜交，指示所述樣品包含靶核酸的第二基因型。

2.權利要求1的方法，其中所述靶核酸是HPV核酸，并且所述靶核酸的第一、第二和第三基因型選自下組：HPV2,HPV3,HPV6,HPV10,HPV11,HPV16,HPV18,HPV26,HPV27,HPV28,HPV29,HPV30,HPV31,HPV32,HPV33,HPV34,HPV35,HPV39,HPV42,HPV45,HPV51,HPV52,HPV53,HPV54,HPV56,HPV57,HPV58,HPV59,HPV64,HPV66,HPV67,HPV68,HPV69,HPV70,HPV73,HPV82,HPV84,HPV85,HPV86,HPV87和HPV94。

3.權利要求2的方法，其中所述靶核酸的第一、第二和第三基因型是HPV16,HPV18和HPV45。

4.權利要求1-3中任一項的方法，其中樣品是保存在液基細胞學介質中的臨床樣品。

5.權利要求4的方法，其中所述液基細胞學介質選自下組：Preservcyt和SurePath。

6.權利要求1-5中任一項的方法，其中所述核酸探針的雜交形成DNA:RNA雜合體。

7.權利要求6的方法，其中DNA:RNA雜合體通過如下方法進行檢測，所述方法包括將所述DNA:RNA雜合體與DNA:RNA特異性抗體接觸。

8.權利要求1-7中任一項的方法，其中通過如下方法將所述靶核酸首先鑒定為是所述靶核酸的第一、第二或第三基因型，所述方法包括用能夠擴增所述靶核酸的第一、第二和第三基因型中每一種的至少一部分的共有引物擴增所述靶核酸。

9.權利要求8的方法，其中所述靶核酸通過包括定量PCR的方法進行擴增。

10.權利要求1-9中任一項的方法，其中通過如下方法將所述靶核酸首先鑒定為是所述靶核酸的第一、第二或第三基因型，所述方法包括將共有探針與所述靶核酸雜交，其中該共有探針對于所述靶核酸的第一、第二和第三基因型的每一種是特異的。

11.權利要求10的方法，其中所述共有探針與第一、第二和/或第三HPV核酸的雜交產生DNA:RNA雜合體。

12.權利要求11的方法，其中DNA:RNA雜合體通過如下方法進行檢測，所述方法包括將所述DNA:RNA雜合體與DNA:RNA特異性抗體接觸。

13.權利要求6的方法，其中DNA:RNA雜合體通過如下方法進行檢測，所述方法包括將所述DNA:RNA雜合體與DNA:RNA特異性抗體接觸。

14.權利要求1的方法，包括：(1)對樣品進行定量PCR反應以獲得存在HR-HPV基因型的初始指示；(2)進行雜合體捕獲測定法以確認對存在HR-HPV的確定；和(3)進行PS測試以對確定存在于所述樣品中的HR-HPV進行基因分型。