[發(fā)明專利]奶牛FGF2基因的單核苷酸多態(tài)性序列及其檢測(cè)方法

無(wú)效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201110460091.3
• 申請(qǐng)日: 2011-12-19
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN102533774A
• 公開(kāi)（公告）日: 2012-07-04
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王昕;張智英;張婷婷;李托;趙志東;徐華榮
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 西北農(nóng)林科技大學(xué)
• 主分類號(hào): C12N15/12
• 分類號(hào): C12N15/12;C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 暫無(wú)信息
• 代理人: 暫無(wú)信息

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于基因工程技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及奶牛FGF2基因的單核苷酸多態(tài)性序列及其檢測(cè)方法。

背景技術(shù)

FGF2是纖維母細(xì)胞生長(zhǎng)因子家族成員，通過(guò)細(xì)胞表面的FGF受體(FGFR)調(diào)節(jié)機(jī)體的生長(zhǎng)和發(fā)育。FGF2誘導(dǎo)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)是正常細(xì)胞生長(zhǎng)分化所必需的，參與血管新生、胚胎發(fā)育、骨骼形成等生理過(guò)程。此外，有研究表明，F(xiàn)GF2在某些情況下也可以誘導(dǎo)ES細(xì)胞向神經(jīng)系統(tǒng)分化。成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子(FGF)家族調(diào)控不同生理時(shí)期牛的乳腺發(fā)育，而且FGF2在牛發(fā)情期和懷孕早期的子宮內(nèi)膜表達(dá)，能夠增加滋養(yǎng)外胚層IFN-tau(IFN-τ)的mRNA和蛋白質(zhì)豐度。IFN-τ是反芻動(dòng)物懷孕建立的因子，激活子宮內(nèi)膜腺體中的JAK-STAT通路，是JAK-STAT信號(hào)傳導(dǎo)途徑中的重要一員，在受精和早期胚胎發(fā)育中具有重要作用，能夠促進(jìn)反芻動(dòng)物懷孕的持續(xù)，而且多個(gè)信號(hào)通路都跟IFN-τ的表達(dá)有關(guān)。

目前國(guó)內(nèi)外對(duì)FGF2基因與奶牛的繁殖性狀和產(chǎn)奶性狀相關(guān)性的研究很少。單核苷酸多態(tài)性(SNPs)和生產(chǎn)性狀間的關(guān)聯(lián)分析表明：FGF2基因與奶牛體細(xì)胞數(shù)、生產(chǎn)使用年限和胚胎死亡率等性狀間存在顯著相關(guān)，為奶牛的標(biāo)記輔助選擇育種提供理論依據(jù)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明所要解決的技術(shù)問(wèn)題是提供FGF2基因第一內(nèi)含子中的SNP位點(diǎn)、其確定方法及應(yīng)用，為提高奶牛的繁殖率和使用年限以及奶牛的分子育種提供理論依據(jù)。

本發(fā)明的技術(shù)方案如下：

奶牛FGF2基因的單核苷酸多態(tài)性序列，其中，所述奶牛FGF2基因的單核苷酸多態(tài)性序列包括：奶牛FGF2基因第一內(nèi)含子第11646位為A或G的單核苷酸多態(tài)性序列。

一組檢測(cè)權(quán)利要求1所述奶牛FGF2基因的單核苷酸多態(tài)性序列的引物，其中，所述引物對(duì)的上游引物FGF2-F的序列如序列表3所示，所述引物對(duì)的下游引物FGF2-R的序列如序列表4所示。

上述技術(shù)方案所述的奶牛FGF2基因的單核苷酸多態(tài)性序列的檢測(cè)方法，包括下述步驟：

以奶牛基因組池DNA為模板，以引物對(duì)P為引物，PCR擴(kuò)增奶牛FGF2基因；對(duì)純化的PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序，確定奶牛FGF2單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)；

所述的引物對(duì)P的上游引物FGF2-In1的序列如序列表1所示，下游引物FGF2-In2的序列如序列表2所示，具體的為：

上游引物FGF2-In1：5’TCAGTCTTCACATCCGTCTCAG?3’，

下游引物FGF2-In2：5’TCATACACTGAAGCCTGAAGC?3’。

上述技術(shù)方案所述的奶牛FGF2基因的單核苷酸多態(tài)性序列的檢測(cè)方法，其中，所述檢測(cè)方法還包括對(duì)奶牛FGF2基因單核苷酸多態(tài)性序列的鑒定步驟，包括以奶牛FGF2基因?yàn)槟０澹砸飳?duì)F為引物，進(jìn)行PCR擴(kuò)增；PCR產(chǎn)物用Csp6I限制性內(nèi)切酶進(jìn)行酶切后用瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行分離鑒定，根據(jù)電泳結(jié)果鑒定奶牛FGF2基因第11646位的單核苷酸多態(tài)性為：A等位基因?yàn)?07bp，G等位基因?yàn)?71bp；

所述引物對(duì)F的上游引物FGF2-F的序列如序列表3所示，所述引物對(duì)F的下游引物FGF2-R的序列如序列表4所示，具體為：

上游引物FGF2-F：5’CATAGTTCTGTAGACTAGAAG?3’，

下游引物FGF2-R：5’CCTCTAAAGAAGGATTAAGTCAAAATGGGGCTGGTA?3’；

在本技術(shù)方案中為了引入Csp6I限制性內(nèi)切酶的識(shí)別位點(diǎn)，所述引物對(duì)F為突變引物，下游引物FGF2-R的G堿基為突變堿基(A突變?yōu)镃)。

上述技術(shù)方案所述的奶牛FGF2基因的單核苷酸多態(tài)性序列的檢測(cè)方法，其中，所述鑒定步驟中的PCR反應(yīng)過(guò)程為：95℃變性5min，然后94℃?45s，退火溫度63到50℃?45s，72℃?45s，32個(gè)循環(huán)，每個(gè)循環(huán)降低2℃，然后72℃延伸8min。

上述技術(shù)方案所述的奶牛FGF2基因的單核苷酸多態(tài)性序列的檢測(cè)方法，其中，瓊脂糖凝膠的濃度為2％。

本發(fā)明具有以下有益效果：