[發(fā)明專利]一種基于生物過程預(yù)測藥物新療效的方法及應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201110364010.X
• 申請日: 2011-11-16
• 公開（公告）號: CN102507883A
• 公開（公告）日: 2012-06-20
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 曹志偉;葉浩;唐凱臨;李亦學(xué)
• 申請（專利權(quán)）人: 上海生物信息技術(shù)研究中心
• 主分類號: G01N33/15
• 分類號: G01N33/15
• 代理公司: 上海智信專利代理有限公司 31002
• 代理人: 王潔

1.一種基于生物過程預(yù)測藥物新療效的方法，其特征在于，包括以下步驟：

(1)構(gòu)建疾病生物過程譜以及藥物生物過程譜；

(2)在生物過程譜層面上計算藥物-疾病的關(guān)聯(lián)性得分；

(3)衡量關(guān)聯(lián)性得分的顯著性；

(4)篩選有顯著性的藥物-疾病關(guān)系，用戶可根據(jù)關(guān)聯(lián)性得分排序結(jié)果，對藥物的功能進(jìn)行進(jìn)一步的實驗論證。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于生物過程預(yù)測藥物新療效的方法，其特征在于，所述步驟(1)具體包括以下步驟：

(11)構(gòu)建生物過程數(shù)據(jù)集；

(12)構(gòu)建疾病與疾病相關(guān)蛋白數(shù)據(jù)集；

(13)基于藥物的靶點數(shù)據(jù)和生物過程數(shù)據(jù)集，計算藥物對生物過程的影響程度，得到藥物的生物過程譜；基于疾病與疾病相關(guān)蛋白數(shù)據(jù)集和生物過程數(shù)據(jù)集，計算疾病對生物過程的影響程度，得到疾病生物過程譜。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的基于生物過程預(yù)測藥物新療效的方法，其特征在于，在所述步驟(13)中，采用Fisher’s?exact?test計算藥物對生物過程的影響程度以及疾病對生物過程的影響程度。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于生物過程預(yù)測藥物新療效的方法，其特征在于，所述步驟(2)具體包括以下步驟：

(21)選取藥物、疾病均顯著影響的生物過程，在生物過程譜層面上計算藥物-疾病的關(guān)聯(lián)性得分。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的基于生物過程預(yù)測藥物新療效的方法，其特征在于，在所述步驟(21)中，采用藥物對生物過程的影響程度和疾病對生物過程的影響程度的乘積加和來計算藥物-疾病的關(guān)聯(lián)性得分，見下式(I)：

Sdrug,diseasei=-lgΣpdrug,k×pdiseasei,k---(I),]]>

其中S_{drug，disease?i}：藥物-疾病i的關(guān)聯(lián)性得分；p_drug，k：藥物在生物過程k上的富集的p值；p_{disease?i，k}：疾病i在生物過程k上的富集的p值；k：疾病i和藥物都顯著影響的生物過程。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于生物過程預(yù)測藥物新療效的方法，其特征在于，所述步驟(3)具體包括以下步驟：

(31)構(gòu)建藥物隨機(jī)生物過程譜；

(32)計算藥物隨機(jī)生物過程譜與疾病的關(guān)聯(lián)性得分的分布情況，統(tǒng)計檢驗藥物-疾病的關(guān)聯(lián)性得分是否顯著高于隨機(jī)分布。