[發明專利]一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片的制備方法及其基因芯片與應用

無效

• 申請號: 201110336354.X
• 申請日: 2011-10-31
• 公開（公告）號: CN102352415A
• 公開（公告）日: 2012-02-15
• 發明（設計）人: 黃興奇;劉艷平;程在全;羅玉;晏慧君;余騰瓊;鐘巧芳;李維蛟;李定琴;殷富有;張敦宇;付堅;王玲仙;葉玉;蔣春苗;李娥賢;郭怡卿;王波
• 申請（專利權）人: 云南大學;云南省農業科學院生物技術與種質資源研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C40B50/06;C40B40/02
• 代理公司: 昆明合眾智信知識產權事務所 53113
• 代理人: 康珉

1.一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片的制備方法，包括以下步驟：

（1）構建cDNA文庫

以接種蒸餾水的水稻葉片和接種Xoo后24h、48h、72h的水稻葉片作為總RNA的提取材料，構建cDNA文庫；

（2）均一化步驟（1）構建的cDNA文庫；

（3）構建差減cDNA文庫

以接種Xoo后24h、48h、72h、96h和120h的水稻葉片等量取材作為接種樣品，以接種樣品作為差減雜交的試驗方,?接種蒸餾水的水稻葉片等量取材作為驅動方，構建差減cDNA文庫；

（4）將步驟（2）均一化的cDNA文庫的cDNA質粒和步驟（3）差減cDNA文庫的cDNA質粒，?貯存在384孔板的孔中，并從第1塊384孔板的第1個孔開始依次編號；用SSC作為陰性對照，用β-actin?的cDNA為陽性對照，β-actin?在GenBank庫登錄號是XM-469569.1，陰性對照和陽性對照在cDNA質粒之后依次貯存在384孔板的孔中，并依次編號；

（5）重復步驟（4）提取cDNA質粒，按步驟（4）的編號順序依次將所提取的cDNA質粒、所述的陰性對照和陽性對照用生物芯片點樣儀點在一張載體上，cDNA質粒不設重復，所述的陰性對照和陽性對照各設8個重復。

2.根據權利要求1所述的一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片的制備方法，步驟（5）所述的載體為玻片。

3.根據權利要求1所述的一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片的制備方法，步驟（1）和步驟（3）所述的水稻葉片為水稻孕穗期的葉片。

4.根據權利要求1所述的一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片的制備方法，步驟（1）和步驟（3）所述的水稻葉片為疣粒野生稻葉片。

5.根據權利要求4所述的一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片的制備方法，所述的疣粒野生稻葉片為疣粒野生稻孕穗期的葉片。

6.一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片，其特征在于：所述的一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片是用權利要求1至5中任一權利要求所述的一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片的制備方法制備獲得。

7.權利要求6所述的一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片在檢測應答水稻白葉枯病菌基因及其相關基因表達的應用。

8.根據權利要求7所述的一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片在檢測應答水稻白葉枯病菌基因及其相關基因表達的應用，其特征在于：所述的應用是將待檢測水稻接種Xoo，分別取接種Xoo后24h、48h和72h的水稻葉片為三個處理，將三個處理按常規方法提取總RNA，將三個處理的總RNA等量混合后,在逆轉錄時用Cy5標記，以接種蒸餾水的待檢測水稻的葉片為對照材料，將對照材料按常規方法提取總RNA，取對照材料的總RNA在逆轉錄時用Cy3標記，將標記Cy5的cDNA和標記Cy3的cDNA按常規DNA雜交方法與權利要求6所述的一種應答水稻白葉枯病菌的基因芯片預雜交、雜交、進行圖像處理和分析，將有雜交信號點所對應的克隆進行測序，將測序結果與GenBank或Protein?DataBank進行BLAST比較，進行基因分析。