[發明專利]一種從林木基因組中高通量開發SSR標記的方法有效

申請號：	201110123288.8	申請日：	2011-05-13
公開（公告）號：	CN102226178A	公開（公告）日：	2011-10-26
發明（設計）人：	林元震;莫曉勇;陳曉陽;劉純鑫	申請（專利權）人：	華南農業大學
主分類號：	C12N15/11	分類號：	C12N15/11;C12N15/10;C12Q1/68
代理公司：	廣州粵高專利商標代理有限公司 44102	代理人：	林麗明
地址：	510642 廣***	國省代碼：	廣東;44
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摘要：
搜索關鍵詞：	一種林木基因組中高通量開發 ssr 標記方法
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【說明書】：

技術領域

本發明涉及基因工程技術領域，具體涉及一種從林木基因組中高通量開發SSR標記的方法。

背景技術

簡單序列重復（simple?sequence?repeat，SSR），也稱微衛星（microsatellite），是指以1~6個核苷酸為單位在基因組中多次串聯重復的DNA序列（Akkaya?M,?Bhagwata?A,?Cregan?B.1992.?Length?polymorphisms?of?simple?repeat?DNA?in?soybean.?Genetics.?132:?1131-1139）。SSR標記與其它分子標記技術相比，具有易檢測、共顯性遺傳、重復性好、數量豐富和多態性高以及遍布整個基因組等優點，因此在植物遺傳研究的眾多方面受到重視(Schlotterer?C?.2004.?The?evolution?of?molecular?markers-?just?a?matter?of?fashion.?Nat?Rev?Genet.?5:?63-69)。SSR可分為基因組SSR和EST-SSR。傳統的基因組SSR標記開發一般是經過基因組DNA文庫構建、重復序列克隆的識別和篩選以及測序等實驗流程獲得，開發過程繁瑣、時間長、成本高，而且效率低(Roder?MS,?Korzun?V,?Wendehake?K,?Plaschke?J,?Tixier?MH,?Leroy?P,?Ganal?MW.1998.?A?microsatellite?map?of?wheat.?Genetics.?149:?2007-2023)。此外，傳統方法開發的基因組SSR不但數量較少，而且重復基序也限制在2~3個核苷酸，極大地限制了基因組SSR的應用范圍(林元震，郭海，黃少偉，劉純鑫，劉天頤，陳曉陽.?2009.EST-SSR標記在木本植物中的開發和應用.植物生理學通訊.?45(12):1221-1225)。近些年來，隨著植物基因組與功能基因組研究的發展，大規模植物基因組的測序，產生了大量的基因組序列，并上傳到核酸公共數據庫，已成為高通量開發基因組SSR的一種資源。

目前，有許多軟件可以預測SSR標記，比如SSRIT、MISA、SSR?Finder和Repeat?Masker等(林元震，郭海，黃少偉，劉純鑫，劉天頤，陳曉陽.?2009.EST-SSR標記在木本植物中的開發和應用.植物生理學通訊.?45(12):1221-1225)，但上述軟件均主要用于EST-SSR的搜索，對于基因組，尤其是林木基因組，因其數據比較龐大，還沒有一種高通量開發林木基因組SSR標記方法的相關報道。

發明內容

本發明的目的在于根據現有技術中存在的不足，提供一種高通量開發SSR標記的方法。

本發明另一目的在于提供一種桉樹基因組SSR標記。

本發明還有一個目的在于提供利用上述桉樹基因組SSR標記得到桉樹SSR多態性圖譜的方法。

本發明上述目的通過以下技術方案予以實現：

本發明所提供高通量開發林木基因組SSR標記的方法，包括以下步驟：

1）從公共序列庫中獲取林木基因組序列；

2）利用perl語言開發SSR標記預測程序htmSSR；

3）采用步驟2）得到的htmSSR程序對步驟1）的林木基因組進行SSR標記搜索；

4）根據步驟3）中SSR序列，采用生物信息學軟件primer3.0，進行引物設計，再進行引物多態性檢測，得到多態性引物，即為基因組SSR標記。

上述方法中，在步驟2）中的程序htmSSR是利用perl語言開發的，同時該程序也屬于本發明的保護范圍。

上述方法中，在步驟3）中檢索基因組SSR標記的同時也進行其上下游序列各200bp，以供步驟4）設計引物所用。