[發明專利]一種從林木基因組中高通量開發SSR標記的方法有效
| 申請號： | 201110123288.8 | 申請日： | 2011-05-13 |
| 公開（公告）號： | CN102226178A | 公開（公告）日： | 2011-10-26 |
| 發明（設計）人： | 林元震;莫曉勇;陳曉陽;劉純鑫 | 申請（專利權）人： | 華南農業大學 |
| 主分類號： | C12N15/11 | 分類號： | C12N15/11;C12N15/10;C12Q1/68 |
| 代理公司： | 廣州粵高專利商標代理有限公司 44102 | 代理人： | 林麗明 |
| 地址： | 510642 廣*** | 國省代碼： | 廣東;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 林木 基因組 中高 通量 開發 ssr 標記 方法 | ||
1.一種從林木基因組中高通量開發SSR標記的方法，其特征在于包括如下步驟：
（1）從公共序列庫中獲取林木基因組序列；
（2）開發SSR標記預測程序htmSSR；
（3）將htmSSR程序對步驟（1）的林木基因組進行SSR搜索；
（4）根據搜索到的SSR序列進行引物設計，經引物多態性檢測，得到多態性引物，即為基因組SSR標記。
2.根據權利要求1所述的從林木基因組中高通量開發SSR標記的方法，其特征在于步驟（2）中所述程序htmSSR是利用perl語言開發的，perl語言版本為ActivePerl?V5.8.8.822。
3.根據權利要求1所述的從林木基因組中高通量開發SSR標記的方法，其特征在于步驟（3）中所述SSR搜索的同時也對序列的上下游各200bp進行搜索，供設計引物用。
4.根據權利要求1所述的從林木基因組中高通量開發SSR標記的方法，其特征在于步驟（4）中所述涉及引物是根據SSR序列，采用生物信息學軟件primer3.0進行引物設計。
5.根據權利要求1所述的從林木基因組中高通量開發SSR標記的方法，其特征在于所述林木為桉樹。
6.一種桉樹基因組SSR標記，其序列如SEQ?ID?NO:1所示。
7.權利要求6所述基因組SSR標記在構建SSR多態性圖譜中的應用。
8.一種桉樹SSR多態性圖譜，其特征在于按照如下方法得到：
（1）提取桉樹的基因組DNA；
（2）以步驟（1）所述基因組DNA為模板，利用權利要求6所述SSR標記進行PCR擴增；
（3）將擴增產物進行聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測，得到桉樹SSR多態性圖譜。
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