[發明專利]一種檢測黃牛Angptl6基因單核苷酸多態性的方法

無效

• 申請號: 201110062693.3
• 申請日: 2011-03-18
• 公開（公告）號: CN102206705A
• 公開（公告）日: 2011-10-05
• 發明（設計）人: 陳宏;李愛民;馬云;藍賢勇;侯飛;蔡含芳;都怡;馬偉;雷初朝
• 申請（專利權）人: 西北農林科技大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術領域

本發明屬于分子遺傳學領域，涉及基因單核苷酸多態性(Single?Nucleotide?Polymorphism，SNP)的檢測，特別涉及一種檢測黃牛Angptl6基因第2359位單核苷酸多態性的方法。

背景技術

基因多態性是指不同物種或者同一物種內的不同個體間基因組序列的差異，這些差異是由于染色體中DNA等位基因中核苷酸改變引起，主要包括堿基的替換、插入、缺失以及重復序列拷貝數的變異。SNP是由美國麻省理工學院的人類基因組研究中心的學者Lander(1996)提出的一類遺傳標記系統，就是指基因組DNA序列中由于單個核苷酸(A/T/C/G)的變化而引起的多態性。它的變異形式有：顛換、轉換、插入和缺失等，主要由單個堿基的轉換或者顛換所引起。具有轉換型的堿基變異的SNPs約占2/3。

分子育種，即分子標記輔助選擇育種(Molecular?Mark-Assist?Selection，MAS)，該技術是借助DNA分子標記對遺傳資源或育種材料進行選擇，對畜禽的綜合性狀進行品種改良，它是利用現代分子生物學和傳統遺傳育種相結合的方法，進行新品種的選育。在肉牛育種中，人們期望通過對與生長性狀有密切相關，并且與數量性狀緊密連鎖的DNA標記的選擇，達到早期選種和提高育種值準確性的目的，從而在畜禽育種中獲得較大的研究進展。

分子遺傳標記輔助選擇就是將現代生物技術與常規選擇方法相結合，通過對遺傳標記的選擇來間接選擇控制某性狀的數量性狀位點(QTL)，使之能夠同時利用標記位點信息和數量性狀的表型信息，更準確估計動物個體的育種值，提高選擇效率，加快育種進展。標記輔助選擇主要經歷了三個階段：第一階段是家畜各性狀間的遺傳分析；第二階段是蛋白質(酶)標記對數量性狀的標記階段；第三個階段是分子遺傳標記階段。隨著分子標記技術日漸成熟與豐富，使覆蓋整個基因組的標記成為可能，通過與QTL間的連鎖分析，實現分子標記輔助選擇的目標。SNP作為新的遺傳標記已廣泛應用于基因定位、克隆、遺傳育種及多樣性的研究。

目前，主要采用幾種不同的路線來發現SNPs：即DNA序列測定方法、PCR-SSCP與DNA測序結合法、PCR-RFLP法、AS-PCR方法、引物延伸法和寡核苷酸連接反應等。在這些SNP檢測技術中，DNA序列測定法是最為準確的SNP檢測方法，但是，其檢測費用極其昂貴，且需要有DNA測序儀等大型儀器，同時，在測序過程中需要非常熟練的技術人員和經驗，所以，DNA序列測定法不是一種應用于生產實際的理想SNP檢測方法；當然，利用PCR-SSCP與DNA測序結合法檢測SNP可以適當降低檢測費用，但是，PCR-SSCP的實驗過程比較長，操作比較繁瑣，且實驗過程中存在假陰性問題，所以，也并非理想的SNP檢測手段；AS-PCR方法作為一種新型的SNP檢測方法，在未來的應用領域中具有非常廣闊的前景，但是，該方法需要設計特別的引物，且只能針對特定的基因位點，同時，檢測過程中還存在誤檢的概率，因此，目前不具有普遍應用的特點；而引物延伸法和寡核苷酸連接反應技術檢測SNP位點，需要平板讀數儀、基因芯片、微球陣列技術和質譜儀等檢測平臺，對于一般的分子實驗室來說可實施性不強。綜上所述，利用PCR-RFLP法可能是當前檢測SNP最理想的遺傳標記方法。

血管生成素樣蛋白(Angiopoietin-like?proteins，Angptls)是一類既與血管生成有關，又與脂類代謝、葡萄糖代謝和胰島素敏感性密切相關的分泌性蛋白質因子，先后發現了該家族的7個成員，分別為Angptl1-7。Angptl6也稱為血管生成素相關生長因子(Angiopoietin-related?growth?factor，AGF)或血管生成素相關蛋白5(angiopoietin-related?protein?5，ARP5)，是通過篩選血管生成素類似物的表達序列標簽(EST)庫而被克隆的。目前，有大量的研究證明Angptl6是能量代謝和肥胖癥強有力的調制器，在促進生長發育、能量消耗和減少脂肪量方面發揮著重要的作用。

然而，Angptl6基因的研究絕大多數是在人和小鼠等模型動物上進行，在牛上的研究尚無報道。中國地方黃牛Angptl6基因遺傳變異的研究仍是空白。因此，該基因的功能研究及其遺傳變異與生長性狀指標(如：體重、日增重、體高、體長指數等)關聯的研究，可為進一步改良我國地方黃牛品種提供理論基礎。

發明內容