[發(fā)明專利]rDNA ITS-D3區(qū)核苷酸序列在建立藥用植物DNA條形碼鑒別系統(tǒng)中的應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201110053038.1
• 申請(qǐng)日: 2011-03-04
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN102191318A
• 公開(kāi)（公告）日: 2011-09-21
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳蔚文;段中崗;詹若挺;楊錦芬;何瑞;徐暉
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 廣州中醫(yī)藥大學(xué);惠州學(xué)院
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/68
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/68;C12N15/10;G06F19/24
• 代理公司: 廣州市天河廬陽(yáng)專利事務(wù)所 44244
• 代理人: 胡濟(jì)元

1.rDNA?ITS-D3區(qū)核苷酸序列在建立藥用植物DNA條形碼鑒別系統(tǒng)中的應(yīng)用。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的應(yīng)用，其特征在于，所述的藥用植物的ITS-D3區(qū)的核苷酸序列由以下方法得到：

(a)提取藥用植物的基因組DNA；

(b)將步驟(a)得到的基因組DNA，先以SEQ?ID?NO.1所示的序列為上游引物，SEQ?IDNO.4所示的序列為下游引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，再電泳檢測(cè)分離出擴(kuò)增產(chǎn)物；其中所述的PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?4℃預(yù)變性1min后進(jìn)入循環(huán)，94℃變性30S，55℃退火60S，72℃延伸2min，循環(huán)36次，72℃延伸7min，12℃保存；

(c)將步驟(b)得到的擴(kuò)增產(chǎn)物以SEQ?ID?NO.1、SEQ?ID?NO.2、SEQ?ID?NO.3和SEQ?IDNO.4所示的序列為引物進(jìn)行PCR循環(huán)測(cè)序；其中所述的PCR循環(huán)測(cè)序的PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?6℃變性15S，50℃退火15S，60℃延伸4min，25個(gè)循環(huán)；

(d)將步驟(c)所得到的ABI序列文件用序列拼接軟件進(jìn)行拼接和人工校正，得到ITS-D3區(qū)的核苷酸序列。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的應(yīng)用，其特征在于，所述的DNA條形碼鑒別系統(tǒng)包括DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)、更新DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)的方法和鑒別藥用植物的方法，其中，

所述的DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)為所述的藥用植物的ITS-D3區(qū)核苷酸序列及其對(duì)應(yīng)的藥用植物名稱的文檔；

所述的更新DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)的方法包括檢測(cè)ITS-D3區(qū)核苷酸序列的步驟和將所測(cè)得的ITS-D3區(qū)核苷酸序列及其藥用植物名稱添加到所述的DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)的步驟；

所述的鑒別藥用植物的方法包括以下步驟：首先測(cè)定待鑒定樣品的ITS-D3區(qū)的核苷酸序列，再將測(cè)定得到的核苷酸序列與DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)中的ITS-D3區(qū)的核苷酸序列一起構(gòu)建聚類(lèi)樹(shù)，根據(jù)聚類(lèi)樹(shù)確定待鑒定樣品與DNA條形碼數(shù)據(jù)庫(kù)中親緣關(guān)系最近的藥用植物并比較它們的ITS-D3區(qū)核苷酸序列差異，然后以數(shù)據(jù)庫(kù)中與待鑒定樣品親緣關(guān)系最近的藥用植物的物種名稱為參考，結(jié)合形態(tài)特征等信息確定待鑒定樣品的物種名稱。