[發明專利]用于多重基因分型的多樣品索引

有效

• 申請號: 201080055538.2
• 申請日: 2010-12-07
• 公開（公告）號: CN102648295B
• 公開（公告）日: 2017-08-08
• 發明（設計）人: 建-兵·范;K·岡德森
• 申請（專利權）人: 伊魯米那股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;G01N33/50
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司11262
• 代理人: 武晶晶,鄭霞

發明背景

本發明涉及分子生物學，更特別地涉及檢測數種樣品中許多感興趣的核苷酸序列。多重測定可以檢測單個樣品中的許多序列。然而，當涉及許多樣品時，進行多重測定可能勞動強度大且昂貴。因此，需要一種檢測方法，其可以檢測一些單個樣品的每個中的許多序列，報告每個感興趣序列的存在或不存在，及將該結果與單個樣品的標識相關聯。

發明簡述

本發明提供測定多個樣品中感興趣的多個核苷酸序列的存在且同時保持每種樣品標識的方法。所述方法可用于許多應用，包括復式樣品的基因分型、表達分析和個體種類的鑒定。

在本發明的一個實施方案中，用多個探針組接觸每種樣品。第一探針具有第一識別序列和與感興趣序列的第一部分互補的第一雜交序列。第二探針具有與相同的感興趣序列的第二部分互補的第二雜交序列和第二識別序列。如果第一雜交序列雜交感興趣序列的第一部分，且第二雜交序列雜交相同的感興趣序列的第二部分，則結合第一探針和第二探針。這也可以使用連接和/或延伸方法進行，比如采用GoldenGate試驗設計。在另一個實施方案中，探針是在結合前帽化的或選擇性終止的。

結果得到了具有兩個不相鄰的識別序列的結合探針，所述序列比如通過與解碼探針雜交、酶檢測或配對末端測序來解碼的。基于所述結合探針中存在的識別序列碼，測定感興趣序列的存在和包含感興趣序列的樣品的標識。還提供相關檢測方法和試劑盒(kit)。

附圖說明

附圖是使用圖解形式的實例來闡述本發明的廣泛原理，便于向本領域普通技術人員解釋。它們不意欲將本發明的范圍限定到代表性的實施方案，或顯示或省略本發明的任選特征。

圖1顯示代表性的ASO1和LSO探針，其中ASO1和LSO形成單個探針組。對于第一個樣品(樣品ID 1)，探針組提供用于每個感興趣的SNP，例如SNPs 1、2、3、...1024，因此探針組庫提供用于樣品ID 1。另一個探針組庫提供用于樣品ID 2，等。在該圖和隨后的圖中，多個ID序列的核苷酸序列由唯一的4位號碼表示。.

圖2顯示代表性的ASO2探針，其可以任選地與圖1中的探針組使用。

圖3a圖解ASO1探針和LSO探針雜交到感興趣序列，該序列包含第一SNP等位基因，比如等位基因T(“SNP1/等位基因T”)，其存在于樣品1中基因組DNA中。圖3b顯示如果樣品1包含作為替代的SNP1/等位基因C則出現的ASO2探針(和LSO探針)的另外的雜交。

圖4a和圖4b圖解分別由圖3a和圖3b中的雜交得到的雜交復合物。

圖5a和圖5b圖解分別從圖4a和圖4b的雜交復合物得到的兩種結合探針。圖5c顯示寡核苷酸引物(1a’,2a’,3a’)，其可以與探針的引物序列一起使用以擴增結合的探針。

圖6圖解了結合探針的解碼，其中識別序列提供樣品ID、SNP ID和等位基因信息。

圖7圖解基因分型，且在SBE反應中使用可逆終止子，接著連接以進行結合探針的測序。任選的步驟括在括號中。

圖8圖解圖7中方法的變型，其中“結合探針”是通過環化單個探針形成的。

詳細說明

樣品

本發明提供用于測定樣品中感興趣的核苷酸序列存在或不存在的方法。換句話說，在該方法中使用的樣品可以包含具有特定核苷酸序列的核酸。在一個方面，所述方法可以測定這些核苷酸序列是否包含預定的感興趣的核苷酸序列，比如多態性的基因型等位基因。在另一個方面，所述方法可以測量特定核苷酸序列的不同水平，比如用于基因表達分析。在另一個方面，所述方法可以檢測特定種類或類型的序列的存在，以檢測來自復雜樣品的個體種類或類型的成員。

如本文使用的術語“樣品”指取自來源的多個物質，無論是否包含全部來源或其部分，比如代表性的部分。樣品可以取自單個生物體，比如人類、非人類動物、植物或微生物，或者可以取自不同生物體的混合物，比如環境源。樣品的來源可以來自哺乳動物或禽類家畜，或者來自其它農業來源或由種子、莖干和葉子或從根和塊莖產生的。樣品還可以包含對預期樣品源而言外源性的物質，比如細菌或病毒病原體。