[發明專利]用于多重基因分型的多樣品索引

有效

• 申請號: 201080055538.2
• 申請日: 2010-12-07
• 公開（公告）號: CN102648295B
• 公開（公告）日: 2017-08-08
• 發明（設計）人: 建-兵·范;K·岡德森
• 申請（專利權）人: 伊魯米那股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;G01N33/50
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司11262
• 代理人: 武晶晶,鄭霞

1.一種用于測定多個樣品中感興趣的多個核苷酸序列的存在且同時保持每種樣品標識的方法，其包括步驟：

(a)用多個探針組接觸每個樣品，每個探針組包含∶

第一探針，其具有第一識別序列和與感興趣序列的第一部分互補的第一雜交序列，和

第二探針，其具有第二識別序列和與相同的感興趣序列的第二部分互補的第二雜交序列；

其中所述第一和第二識別序列中的每個都包含用于識別樣品的單獨的子序列和用于識別感興趣序列的單獨的子序列；

(b)如果第一雜交序列雜交感興趣序列的第一部分，且第二雜交序列雜交相同的感興趣序列的第二部分，則結合探針組的第一探針和第二探針；

(c)解碼多個結合探針的識別序列，其中所述解碼識別序列包括配對末端測序第一和第二識別序列并保持每種樣品的標識；和

(d)基于每個結合探針中存在的識別序列碼，確定感興趣序列的存在和包含感興趣序列的樣品的標識，其中所述確定包括如下錯誤檢測步驟：

(i)檢測具有錯配或出人意料的第一和第二識別序列密碼組合的結合探針；

(ii)棄除從具有錯配或出人意料的第一和第二識別序列密碼組合的結合探針獲取的信息。

2.權利要求1的方法，其中所述樣品來自相同生物體。

3.權利要求1的方法，其中所述樣品來自不同生物體。

4.權利要求1的方法，其中所述樣品來自不同種類。

5.權利要求1的方法，其中所述樣品包括具有基本上全基因組復雜性的DNA。

6.權利要求1的方法，其中所述樣品包括具有的復雜性少于原基因組一半復雜性的DNA。

7.權利要求1的方法，其中所述感興趣序列包括至少一種單核苷酸多態性。

8.權利要求1的方法，其中所述感興趣序列包括至少一種甲基化多態性。

9.權利要求1的方法，其中所述第一或第二識別序列為單個未分開的識別序列。

10.權利要求1的方法，其中所述探針組進一步包括第三探針，其具有第三識別序列和與感興趣序列處其它多態性互補的第三雜交序列。

11.權利要求1的方法，其中至少一個探針組的第一探針和第二探針的所述結合包括將第一探針連接到第二探針。

12.權利要求11的方法，其中所述連接包括化學連接。

13.權利要求11的方法，其中所述連接包括單鏈多核苷酸連接酶。

14.權利要求1的方法，其中至少一個探針組的第一和第二探針的所述結合進一步包括用聚合酶延長第一探針和將延長的第一探針連接到第二探針。

15.權利要求1的方法，進一步包括擴增所述結合的探針組。

16.權利要求1的方法，其中所述第一探針進一步包含第一通用引物序列，第二探針進一步包含第二通用引物序列。

17.權利要求16的方法，進一步包括使結合的探針雜交包含與第一通用引物序列互補的寡核苷酸序列的底物。

18.所權利要求17的方法，其中所述底物進一步包含與第二通用引物序列互補的寡核苷酸序列。

19.權利要求1的方法，進一步包括混合步驟(b)的結合探針，形成來自多個樣品的多個結合探針組。

20.權利要求1的方法，其中所述解碼識別序列包括使解碼寡核苷酸雜交第一和第二識別序列。

21.權利要求1的方法，其中所述解碼識別序列包括測序第一和第二識別序列。

22.權利要求1的方法，其中所述解碼識別序列包括配對末端測序第一和第二識別序列。

23.權利要求9的方法，其中步驟(d)進一步包括如果來自第一識別序列的樣品編碼與來自第二識別序列的樣品編碼不匹配，則放棄確定感興趣序列的存在。

24.權利要求9的方法，其中步驟(d)進一步包括如果來自第一識別序列的感興趣序列的編碼與來自第二識別序列的感興趣序列的編碼不匹配，則放棄確定感興趣序列的存在。