[發明專利]未甲基化核酸的選擇性積累

在審

• 申請號: 201080054931.X
• 申請日: 2010-11-23
• 公開（公告）號: CN102639717A
• 公開（公告）日: 2012-08-15
• 發明（設計）人: 克里斯蒂安·科哈格;安德烈亞斯·梅爾
• 申請（專利權）人: 凱杰有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 中原信達知識產權代理有限責任公司 11219
• 代理人: 張穎;謝麗娜

1.用于選擇性擴增DNA的未甲基化序列的方法，所述方法包含下列步驟：

（i）提供包含在至少一個位點處被甲基化的DNA的樣品，

（ii）用甲基化依賴性核酸酶處理樣品中的DNA，以及

（iii）使用甲基化依賴性核酸酶對切開的DNA進行隨機引發的序列擴增。

2.權利要求1的方法，其中所述擴增等溫下進行。

3.權利要求2的方法，其中所述擴增利用鏈置換擴增來進行。

4.權利要求2的方法，其中所述擴增利用隨機引發PCR來進行。

5.權利要求1至4任一項的方法，其包含附加的步驟：

（iv）檢測所擴增DNA的至少一個序列區段。

6.權利要求5的方法，其中所述檢測包含對所擴增DNA的至少一個序列區段進行定量。

7.權利要求6的方法，其中所擴增DNA的一個或多個序列區段的檢測利用雜交介導的方法來進行。

8.權利要求7的方法，其中所擴增DNA的一個或多個序列區段的檢測利用定量實時PCR來進行。

9.權利要求7的方法，其中所擴增DNA的一個或多個序列區段的檢測利用基于微陣列的方法來進行。

10.權利要求6的方法，其中所擴增DNA的一個或多個序列區段的檢測利用測序方法來進行。

11.權利要求4至10任一項的方法，其中將用甲基化依賴性核酸酶處理的樣品中DNA的一個或多個序列區段的量，與未用甲基化依賴性核酸酶處理的對照樣品中DNA的所述序列區段的量進行比較。

12.前述權利要求任一項的方法，其中甲基化依賴性核酸酶選自McrBC、McrA、DpnI、BisI、BlsI、GlaI、GluI、MalI和PcsI。

13.前述權利要求任一項的方法，其中步驟（ii）和（iii）同時進行。

14.前述權利要求任一項的方法，其中DNA是基因組DNA。

15.試劑盒，其用于選擇性積累基因組DNA的未甲基化序列區段，所述試劑盒包含：

-DNA聚合酶，

-甲基化依賴性核酸酶，

-任選：用于擴增反應的緩沖液（例如含有緩沖物質、dNTP和/或引物），以及

-任選：用于通過甲基化依賴性核酸酶對甲基化序列區段進行內切核酸水解切割的緩沖液。

16.試劑盒，其用于確定基因組DNA的整體甲基化模式，所述試劑盒包含：

-DNA聚合酶，

-甲基化依賴性核酸酶，

-任選：用于擴增反應的緩沖液（例如含有緩沖物質、dNTP和/或引物），以及

-任選：用于通過甲基化依賴性核酸酶對甲基化序列區段進行內切核酸水解切割的緩沖液。

17.權利要求1至14任一項的方法或權利要求15的試劑盒在選擇性制備（選擇性積累）基因組DNA的未甲基化序列區段中的應用。

18.權利要求1至14任一項的方法或權利要求16的試劑盒在分析基因組DNA中的整體甲基化模式中的應用。