[發(fā)明專利]前列腺癌中的復(fù)發(fā)性基因融合物

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201080051968.7
• 申請日: 2010-09-15
• 公開（公告）號: CN102712953A
• 公開（公告）日: 2012-10-03
• 發(fā)明（設(shè)計）人: A.M.欽奈延;王曉松
• 申請（專利權(quán)）人: 密歇根大學(xué)董事會
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/12
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務(wù)所 11105
• 代理人: 張文輝

政府資助

本發(fā)明是在由國立衛(wèi)生研究院授予的CA069568、CA111275和CA132874下由政府資助進行的。政府在本發(fā)明中具有一定的權(quán)利。

發(fā)明領(lǐng)域

本發(fā)明涉及用于癌癥診斷、研究和治療的組合物和方法，包括但不限于癌癥標(biāo)志。具體地，本發(fā)明涉及作為前列腺癌的診斷標(biāo)志和臨床靶的復(fù)發(fā)性基因融合物(recurrent?gene?fusion)。

發(fā)明背景

癌癥研究的中心目標(biāo)是鑒定因果性地牽涉腫瘤發(fā)生的改變的基因。已鑒定了幾種類型的體細(xì)胞突變，包括堿基置換、插入、缺失、易位(translocation)和染色體的獲得和丟失，其全都導(dǎo)致癌基因或腫瘤抑制基因的活性改變。首先在1900年代早期有人假設(shè)，現(xiàn)在又有染色體重排事件在癌癥中具有因果作用的可靠證據(jù)(Rowley，Nat?Rev?Cancer?1:245(2001))。復(fù)發(fā)性染色體畸變被認(rèn)為是白血病、淋巴瘤和肉瘤的主要特征。更常見并且促成相對大部分的與人癌癥相關(guān)的發(fā)病率和死亡率的上皮腫瘤(癌)包括低于1%的已知疾病特異性染色體重排(Mitelman，Mutat?Res?462:247(2000))。雖然惡性血液病的特征通常在于平衡的疾病特異性染色體重排，但大多數(shù)實體瘤具有許多非特異性染色體畸變。實體瘤的核型復(fù)雜性據(jù)認(rèn)為歸因于癌癥演化或進展過程中獲得的二次改變。

已描述了染色體重排的兩個主要機制。在一個機制中，一個基因的啟動子/增強子元件被重排至鄰近原癌基因，從而引起改變的致癌蛋白的表達。該類型的易位通過將免疫球蛋白(IG)和T細(xì)胞受體(TCR)基因與MYC并列從而導(dǎo)致該癌基因分別在B-細(xì)胞和T-細(xì)胞惡性腫瘤中的激活來舉例說明(Rabbitts，Nature?372:143(1994))。在第二機制中，重排導(dǎo)致兩個基因的融合，這產(chǎn)生可具有新功能或改變的活性的融合蛋白。該易位的原型實例為慢性髓性白血病(CML)中的BCR-ABL基因融合(Rowley，Nature?243:290(1973)；de?Klein等人，Nature?300:765(1982))。重要地，該發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致甲磺酸伊馬替尼(Gleevec)的合理開發(fā)，所述藥物成功地靶向BCR-ABL激酶(Deininger等人，Blood?105:2640(2005))。因此，鑒定常見上皮腫瘤中的復(fù)發(fā)性基因重排可對癌癥藥物發(fā)現(xiàn)努力以及患者的治療具有重大意義。

發(fā)明概述

本發(fā)明涉及用于癌癥診斷、研究和治療的組合物和方法，包括但不限于癌癥標(biāo)志。具體地，本發(fā)明涉及作為前列腺癌的診斷標(biāo)志和臨床靶的復(fù)發(fā)性基因融合物。

例如，在某些實施方案中，本發(fā)明提供了用于鑒定患者的前列腺癌的方法，包括：提供來自所述患者的樣品；和檢測基因融合物在樣品中的存在或不存在，所述基因融合物具有來自SLC45A3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)的5’部分和來自RAF家族基因(例如，RAF1或BRAF)的3’部分，其中在樣品中檢測到基因融合物的存在鑒定了患者的前列腺癌。在某些實施方案中，SLC45A3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)包含SLC45A3基因的啟動子區(qū)域。在某些實施方案中，檢測步驟包括檢測具有來自SLC45A3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)的5’DNA部分和來自RAF家族基因的3’DNA部分的基因組DNA的染色體重排。在某些實施方案中，檢測步驟包括檢測具有從SLC45A3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)轉(zhuǎn)錄的5’RNA部分和從RAF家族基因轉(zhuǎn)錄的3’RNA部分的嵌合mRNA轉(zhuǎn)錄物。在某些實施方案中，樣品是組織、血液、血漿、血清、尿、尿上清液、尿細(xì)胞沉淀、精液、前列腺分泌物或前列腺細(xì)胞。

本發(fā)明的其它實施方案提供了用于鑒定患者的前列腺癌的方法，包括：提供來自所述患者的樣品；和檢測具有來自UBE2L3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)的5’部分和來自RAS家族基因(例如，KRAS)的3’部分的基因融合物在樣品中的存在或不存在，其中在樣品中檢測到所述基因融合物的存在鑒定了患者的前列腺癌。在某些實施方案中，UBE2L3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)包含UBE2L3基因的啟動子區(qū)域。在某些實施方案中，檢測步驟包括檢測具有來自UBE2L3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)的5’DNA部分和來自RAS家族基因的3’DNA部分的基因組DNA的染色體重排。在某些實施方案中，檢測步驟包括檢測具有從UBE2L3基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)轉(zhuǎn)錄的5’RNA部分和從RAS家族基因轉(zhuǎn)錄的3’RNA部分的嵌合mRNA轉(zhuǎn)錄物。在某些實施方案中，樣品是組織、血液、血漿、血清、尿、尿上清液、尿細(xì)胞沉淀、精液、前列腺分泌物或前列腺細(xì)胞。