[發明專利]分子內核酸重排的組合物和方法

無效

• 申請號: 201080037277.1
• 申請日: 2010-08-13
• 公開（公告）號: CN102482668A
• 公開（公告）日: 2012-05-30
• 發明（設計）人: S·布倫那;吉米卡瓦;R·奧斯本;A·斯拉特
• 申請（專利權）人: 群體遺傳學科技有限公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12N15/66;C12Q1/68
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 楊帆

1.一種在核酸內移動結構域的方法，所述方法包括：

a)使樣品中多核苷酸鏈的反射序列與所述多核苷酸鏈中所述反射序列的互補物退火，其中所述多核苷酸鏈在5’至3’方向上包含以下元件：

第一結構域；

所述反射序列；

感興趣多核苷酸；和

所述反射序列的互補物，其中所述反射序列的互補物位于所述多核苷酸鏈的3’末端；和

b)從所述反射序列的互補物的3’末端延伸通過所述第一結構域，產生雙鏈區；

所述第一結構域的互補物位于所述延伸的多核苷酸鏈的3’末端，從而在所述多核苷酸鏈中移動所述第一結構域。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一結構域包含多重標識物(MID)。

3.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一結構域包含引物位點。

4.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述反射序列的長度為10至50個核苷酸。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述反射序列包含RNA聚合酶位點。

6.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還包括從所述雙鏈區的5’末端去除所述第一結構域和所述反射序列。

7.如權利要求6所述的方法，其特征在于，所述去除步驟包括用T7外切核酸酶處理步驟b所述的核酸。

8.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一結構域位于連接所述感興趣多核苷酸的銜接子區。

9.如權利要求8所述的方法，其特征在于，所述反射序列位于銜接子區。

10.如權利要求8所述的方法，其特征在于，所述反射序列是所述感興趣多核苷酸的5’區域內的序列。

11.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述樣品是多重樣品，其中所述樣品中各多核苷酸鏈內的所述第一結構域包含對應于其親本樣品的MID。

12.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述樣品包含多個多核苷酸鏈，其中所述樣品中各多核苷酸鏈在所述第一結構域中包含獨特的MID。

13.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述多核苷酸鏈通過下述步驟產生：

使核酸合成引物與親本多核苷酸鏈退火，其中所述親本多核苷酸鏈在5’至3’方向上包含以下元件：

所述第一結構域；

所述反射序列；和

包含感興趣多核苷酸的第二結構域；

其中所述核酸合成引物包含：

3’引發結構域，該結構域與所述第二結構域中感興趣多核苷酸相鄰且在3’方向上的位點互補；和

5’反射序列；

延伸所述核酸合成引物，產生延伸產物；和

用在所述第一結構域的互補物的3’末端上退火的第二核酸合成引物復制所得的延伸產物，從而產生所述多核苷酸鏈。

14.如權利要求13所述的方法，其特征在于，所述第二結構域的長度是30個堿基至30,000個堿基。

15.如權利要求13所述的方法，其特征在于，在基于序列進行退火的步驟之前富集所述親本多核苷酸鏈。

16.如權利要求1所述的方法，該方法還包括以下步驟：

c)用在所述第一結構域的互補物的3’末端上退火的第一核酸合成引物復制步驟b的多核苷酸鏈，從而產生第一延伸產物；

d)使第二核酸合成引物與所述第一延伸產物退火，其中所述第二核酸合成引物包含與所述第一延伸產物中感興趣多核苷酸內的位點互補的3’引發結構域；和

e)延伸所述第二合成引物，以產生第二延伸產物。

17.如權利要求16所述的方法，其特征在于，所述第二合成引物包含不與所述第一延伸產物中感興趣多核苷酸互補的5’結構域。

18.如權利要求17所述的方法，其特征在于，所述第一結構域包含第一引物位點，且所述第二合成引物的5’結構域包含第二引物位點。