[發(fā)明專利]用于檢測和表征產(chǎn)毒性艱難梭菌菌株的方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201080014449.3
• 申請日: 2010-03-31
• 公開（公告）號: CN102378817A
• 公開（公告）日: 2012-03-14
• 發(fā)明（設(shè)計）人: P.T.C.范登博加爾德;A.E.維塞爾
• 申請（專利權(quán)）人: 皇家飛利浦電子股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 徐厚才;劉鵬

1.用于檢測和表征樣品中的產(chǎn)毒性艱難梭菌菌株的方法，其中進行下列步驟,

a.?提供樣品;

b.?在多重PCR測定中,

i?就細胞毒素tcdB基因的存在或不存在分析所述樣品;

ii?就tcdC基因中的一個或更多個下列缺失的存在或不存在分析所述樣品,

a)?SEQ?ID?NO.?1中核苷酸330至核苷酸347的18?bp缺失;

b)?SEQ?ID?NO.?1中核苷酸301至核苷酸336的36?bp缺失;

c)?SEQ?ID?NO.?1中核苷酸341至核苷酸370的39?bp缺失;

d)?SEQ?ID?NO.?1中核苷酸313至核苷酸366的54?bp缺失;

e)?SEQ?ID?NO.?1中位點117上的單核苷酸缺失。

2.權(quán)利要求1的方法，其中就腸毒素tcdA基因1.8?kb缺失的存在或不存在額外地分析樣品。

3.權(quán)利要求1或2的方法，其中就二元毒素cdtA和/或cdtB的存在或不存在額外地分析樣品。

4.權(quán)利要求1至3的方法，其中就如下方面分析所述樣品,

a.?所有下列缺失的存在或不存在:

b.?SEQ?ID?NO.?1中核苷酸330至核苷酸347的18?bp缺失、SEQ?ID?NO.?1中核苷酸341至核苷酸370的39?bp缺失,

c.?SEQ?ID?NO.?1的位點117上單個核苷酸的缺失,

d.?細胞毒素tcdB基因的存在或不存在,

e.?1.8?kb?tcdA缺失的存在或不存在，和

f.?cdtA/B二元毒素基因的存在或不存在。

5.上述權(quán)利要求的任一項的方法，其中

a.?如果tcdB基因序列存在，tcdA缺失不存在，SEQ?ID?NO.?1的位點117上的單核苷酸缺失不存在，所述18?bp缺失也不存在，所述39?bp缺失也不存在，那么所述樣品被評定為產(chǎn)毒性艱難梭菌，

b.?如果tcdB基因序列存在，tcdA缺失不存在，SEQ?ID?NO.?1的位點117上的單核苷酸缺失存在，所述18?bp缺失存在，所述cdtA/B二元毒素基因存在，那么樣品被評定為核糖體型027?艱難梭菌菌株,

c.?如果tcdB基因序列存在，tcdA缺失存在，?SEQ?ID?NO.?1的位點117上的單核苷酸缺失不存在，所述18?bp缺失也不存在，SEQ?ID?NO.?1中核苷酸341至核苷酸370的39?bp缺失也不存在，并且cdtA/B二元毒素基因不存在，那么樣品被為評定為核糖體型017艱難梭菌菌株，和

d.?如果tcdB基因序列存在，tcdA缺失不存在，?SEQ?ID?NO.?1中核苷酸341至核苷酸370的39?bp缺失存在，并且cdtA/B二元毒素基因存在，那么樣品被評定為核糖體型078艱難梭菌菌株。

6.上述權(quán)利要求的任一項的方法，其中在反應(yīng)混合物中存在熒光指示劑的情況下在封閉系統(tǒng)中進行所述多重擴增反應(yīng)，熒光指示劑能夠在擴增反應(yīng)中產(chǎn)生與各擴增子的存在和/或量相關(guān)的光學信號和在擴增反應(yīng)中監(jiān)測熒光指示劑的光學信號。

7.權(quán)利要求6的方法，其中所述封閉系統(tǒng)為用戶提供光學輸出，指示權(quán)利要求5的評定分配。

8.權(quán)利要求1至6的方法，其中多重PCR測定中的所述擴增產(chǎn)物大小為60至200?bp。

9.權(quán)利要求1至7的方法，其中所述多重PCR擴增是定量實時PCR。

10.權(quán)利要求1至9的方法，其中所述樣品是人或動物糞便。

11.包含一個或更多個通道或小室的封閉系統(tǒng)擴增筒，所述通道或小室包含用于擴增和/或檢測(i)細胞毒素tcdB基因、(ii)?tcdA基因的1.8?kb缺失、(iii)tcdC基因的SEQ?ID?NO.?1核苷酸330至核苷酸347的18?bp缺失、(iv)tcdC基因的SEQ?ID?NO.?1核苷酸341至核苷酸370的39?bp缺失、(v)SEQ?ID?NO.?1的位點117上的單核苷酸缺失的引物和/或探針和用于檢測二元毒素cdtA/B基因的引物和/或探針。

12.用于實施上述權(quán)利要求的任一項的方法的試劑盒，其包括用于擴增和/或檢測(i)細胞毒素tcdB基因、(ii)?tcdA基因的1.8?kb缺失、(iii)tcdC基因的SEQ?ID?NO.?1核苷酸330至核苷酸347的18?bp缺失、(iv)tcdC基因的SEQ?ID?NO.?1核苷酸341至核苷酸370的39?bp缺失、(v)SEQ?ID?NO.?1的位點117上的單核苷酸缺失的引物和/或探針和用于(vi)檢測二元毒素cdtA/B基因的引物和/或探針。