[發明專利]一種STK39基因SNP檢測特異性引物和液相芯片

有效

• 申請號: 201010590874.9
• 申請日: 2010-12-16
• 公開（公告）號: CN102559851A
• 公開（公告）日: 2012-07-11
• 發明（設計）人: 許嘉森;秦會娟;郭婧;朱澤堯
• 申請（專利權）人: 廣州益善生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 萬志香;胡杰

技術領域

本發明屈于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種STK39基因SNP檢測特異性引物和液相芯片。

背景技術

絲氨酸/蘇氨酸激酶基因(serine/threonine?kinase，STK39)位于人類2號染色體上，包含18個外顯子，全長約300kb。

STK39的主要生化功能是編碼產生一種特定蛋白質SPAK，參與調控腎臟排泄鹽的過程。研究者對STK39進行了細胞水平的功能研究，發現STK39與WNK激酶和陽離子-氯離子共轉運蛋白發生相互作用。WNK激酶可以激活STK39編碼的蛋白SPAK，后者激活后可以進一步與陽離子-氯離子共轉運蛋白相互作用，從而控制滲透壓容量調節中氯化鈉的轉運以及腎臟氯化鈉的分泌。STK39如果出現變異，人體排泄鹽的能力就會下降，患高血壓的幾率隨之增加。

本發明目標檢測的STK39基因突變位點，如表所示：

??序號??AGT位點突變的內容??簡寫??1??SEQ?ID?NO.25的第107位核苷酸，發生T→C突變??T107C??2??SEQ?ID?NO.26的第232位核苷酸，發生G→A突變??G232A??3??SEQ?ID?NO.27的第190位核苷酸，發生A→C突變??A190C

目前檢測STK39的產品一般是基于PCR技術的RT-PCR、熒光定量PCR、傳統的固相芯片技術、直接測序等，這些技術各自存在靈敏度低、樣品易污染、假陽性率高等缺點，同時由于檢測通量的局限性，不能滿足實際應用的需要。

發明內容

本發明的目的之一是提供一種STK39基因SNP檢測液相芯片，該液相芯片可用于檢測STK39基因三種常見基因型T107C、G232A和A190C的野生型和突變型。

一種STK39基因SNP檢測液相芯片，主要包括有：

(A).針對每種SNP位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物：每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變的特異性引物組成，所述野生型和突變型的特異性引物分別為：針對T107C?SNP位點的SEQ?ID?NO.7及SEQ?ID?NO.8、針對G232A?SNP位點的SEQ?ID?NO.9及SEQ?ID?NO.10、和/或針對A190C?SNP位點的SEQ?ID?NO.11及SEQ?ID?NO.12；所述tag序列選自SEQ?ID?NO.1-6；

(B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ?ID?NO.13～SEQ?ID?NO.18中的序列，且所述anti-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；

(C).用于擴增出需要檢測的、具有相應SNP位點的目標序列的引物。

優選地，所述擴增引物為：針對T107C?SNP位點的SEQ?ID?NO.19及SEQ?ID?NO.20、針對G232A?SNP位點的SEQ?ID?NO.21及SEQ?ID?NO.22、和/或針對A190C?SNP位點的SEQ?IDNO.23及SEQ?ID?NO.24