[發明專利]一種emb B基因突變檢測特異性引物和液相芯片

無效

• 申請號: 201010539246.8
• 申請日: 2010-11-09
• 公開（公告）號: CN102010906A
• 公開（公告）日: 2011-04-13
• 發明（設計）人: 許嘉森;羅彩英;甘丹翠;陳家欣
• 申請（專利權）人: 廣州益善生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 萬志香;曾旻輝

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及一種emb?B基因突變檢測特異性引物和液相芯片。?

背景技術

乙胺丁醇(EMB)是1961年發現的一種具有抗分枝桿菌活性的合成藥物，是第一線抗結核藥物。EMB是一種阿拉伯糖類似物，作用于靶分子阿拉伯糖基轉移酶，抑制了阿拉伯糖基聚合入阿拉伯半乳聚糖，從而影響細胞壁分枝菌酸-阿拉伯半乳聚糖-肽聚糖復合物的形成，導致菌細胞的死亡，同時它也使靶分子在細胞內的藥物(如利福平)更容易進入細胞內，而與利福平聯合應用時具有協同抗結核作用。最近的研究表明結核菌耐EMB與阿拉伯糖基轉移酶的編碼基因embABC操縱子突變或emb蛋白過度表達有關，該操縱子由emb?A、emb?B和emb?C等3個基因組成，其中emb?B基因(尤其是306位密碼子)突變是耐乙胺丁醇產生的主要原因。?

結核分枝桿菌emb?B基因約3246bp，編碼一個糖基轉移酶emb?B，基因突變使糖基轉移酶結構改變，影響了乙胺丁醇和糖基轉移酶的相互作用，從而導致耐乙胺丁醇的產生。emb?B基因突變主要發生在codon?306，其為codon?306的Met(ATG)→Ile(ATC/ATA/ATT)或Leu(CTG)或Val(GTG)，codon?285的Phe(TTC)→Leu(TTA)、codon?330Phe(TTC)→Val(GTC)、codon406的Gly(GGC)→Ala(GCC)或Asp(GAC)或Cys(TGC)或Ser(TCC)、codon?497的Gln(CAG)→Arg(CGG)。?

目前，對emb?B基因突變的檢測方法主要有過聚合酶鏈反應-單鏈構象多態性(PCR-SSCP)、PCR限制性片段長度多態性(PCR-RFLP)、PCR直接測序法等，存在靈敏度低、假陽性率高、穩定性和可重復性差、價格昂貴等缺點，不能滿足實際應用的需要。?

發明內容

本發明的目的是提供一種emb?B基因突變檢測液相芯片。該液相芯片可用于檢測emb?B基因常見突變位點：codon?306的Met(ATG)→Ile(ATC/ATA/ATT)或Leu(CTG)或Val(GTG)，codon285的Phe(TTC)→Leu(TTA)、codon?330的Phe(TTC)→Val(GTC)、codon?406的Gly(GGC)→Ala(GCC)或Asp(GAC)或Cys(TGC)或Ser(TCC)、codon?497的Gln(CAG)→Arg(CGG)。?

實現上述目的的技術方案如下：?

一種emb?B基因突變檢測液相芯片，包括有?

(A)針對每種突變位點分別設計的野生型和突變型的ASPE引物，每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端的針對突變位點的特異性引物組成，所述tag序列選自SEQ?IDNO.1～SEQ?ID?NO.17；所述野生型和突變型的特異性引物選自：針對codon?285位?點的SEQ?ID?NO.18及SEQ?ID?NO.19、針對codon?306位點的SEQ?ID?NO.20及SEQID?NO.21～25中的一種以上、針對codon?330位點的SEQ?ID?NO.26及SEQ?IDNO.27、針對codon?406的SEQ?ID?NO.28及SEQ?ID?NO.29～32中的一種以上、和/或針對codon?497位點的SEQ?ID?NO.33及SEQ?ID?NO.34；?

(B)anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列選自SEQ?IDNO.35～SEQ?ID?NO.51，并能相應地與(A)中所選的微球上tag序列互補配對，且所述anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；?

(C)用于擴增出需要檢測的、具有突變位點的目標序列的引物。?

優選地，所述擴增引物為：針對codon?285、codon306和/或codon?330突變位點的SEQ?ID?NO.52及SEQ?ID?NO.53，針對codon?406的SEQ?ID?NO.54及SEQ?ID?NO.55，和/或針對codon?497位點的SEQID?NO.56及SEQ?ID?NO.57。?