[發明專利]豬PSMA1基因中一個可用于溯源的SNP分子標記及其檢測方法

無效

• 申請號: 201010282912.4
• 申請日: 2010-09-16
• 公開（公告）號: CN102399775A
• 公開（公告）日: 2012-04-04
• 發明（設計）人: 吳瀟;唐雪明;張小波;趙凱;朱宏;譚芙蓉;蔣玲曦;王金斌;陶世如
• 申請（專利權）人: 上海市農業科學院
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 上海開祺知識產權代理有限公司 31114
• 代理人: 費開逵

技術領域

本發明屬食品安全領域，具體涉及豬PSMA1基因中一個可用于溯源的SNP分子標記及其檢測方法。

背景技術

隨著生活水平和保健意識的提高，人們越來越注重食品安全問題。豬肉制品作為人膳食中重要的蛋白質來源，如何確保其安全衛生，保障消費者的身體健康和生命安全已成為全球性的熱點問題。世界各國政府紛紛采取一系列的技術措施來強化對肉產品的安全管理，以期最大程度上減少食品安全事件的發生。我國各大城市也紛紛建立了肉產品的追溯系統，通過肉制品的溯源管理，能夠為消費者提供準確而詳細的有關產品的信息，有利于生產經營者及時發現各環節中存在的不安全隱患，為消費者提供一個獲取有效可靠信息的途徑。更為重要的是，大大加強了政府部門對肉質品質量安全的監管，為國家迅速建立食品安全風險的應對機制提供有效信息，將有助于社會的安定。

但是我國肉產品追溯系統所采用的標簽技術存在標簽丟失、記錄出差、標記圖案模糊不清以及標簽容易人為改換等缺點；而國外發達國家所采用的DNA溯源技術是基于個體DNA指紋圖譜的生物學技術，有著絕對的不可更改性和唯一性，不受人為因素影響。而且因為DNA溯源技術容易分型、重復性好、檢測手段簡單快捷、成本低廉等成為目前國際上被公認為最具發展潛力和應用價值的快速溯源技術。

DNA溯源技術的產生源于DNA的遺傳與變異，用于構建個體DNA指紋圖譜的分子標記有AFLP標記(擴增片段長度多態性)、SSR標記(微衛星標記)和SNP標記(單核苷酸多態性)。

AFLP具有的高度可靠性和操作簡便性，但是AFLP存在著對模板反應表現遲鈍、譜帶可能發生錯配與缺失、成本相對比較高等缺點。相比SNP標記，微衛星標記的等位基因眾多，多態豐富，但也正因如此，使得SSR標記的帶型復雜，給DNA指紋識別自動化和規模化帶來困難。SNP標記是第三代分子遺傳標記，是指基因組同一位點上單個核苷酸的變異，包括置換、顛換、缺失和插入，但實際上只發生轉換和顛換，并且一般表現為二等位基因，非此即彼，非常適宜高通量自動化分析，所以日益成為動物身份識別最受關注的分子標記。

但是用于肉產品溯源的SNP標記不同于一般的SNP標記，對于單個的SNP標記，它必須至少具有以下特征：(1)變異度高，在品種或品系中等位基因頻率接近；(2)品種間等位基因分布頻率差異小；(3)雜合度大于等于0.3。

發明內容

本發明所要解決的技術問題是提供一種豬PSMA1基因中一個可用于溯源的SNP分子標記及其檢測方法。本發明的SNP分子標記在商品豬培育中，可以廣泛用于豬肉產品DNA溯源及其檢測，特別是用于豬肉產品的安全性溯源。

為實現上述目的，本發明采用以下技術方案：

所述的豬PSMA1基因中一個可用于溯源的SNP分子標記，是通過DNA池(pool)測序獲得，并在包括9個豬品種或品系的試驗群體(共計204個個體)中，分析該SNP分子標記在試驗群體中等位基因的分布情況，發現該分子標記在不同的品種和品系中的等位基因頻率接近，多態性豐富，品種或品系間等位基因頻率分布差異小，初步判定該SNP標記可用作豬肉產品DNA溯源。

所述的SNP分子標記，其序列如SEQ?ID?NO?3所示，其編碼的氨基酸序列如SEQ?ID?NO?4所示。

所述的SNP分子標記的第30位堿基處有一個堿基突變30A→30G。

所述的SNP分子標記的第263位有一等位基因A或G，第27位有一等位基因G。

所述的SNP分子標記位于豬PSMA1基因的DNA片段中。

所述的豬PSMA1基因的DNA片段，其序列如SEQ?ID?NO?1所示，其編碼的氨基酸序列如SEQ?ID?NO?2所示。該DNA片段的第30位堿基處有一個堿基突變30A→30G。

所述的豬PSMA1基因的DNA片段共1487bp，其包含部分第六外顯子、第八外顯子的序列，完整的第七外顯子，第六內含子和第七內含子序列。

分離所述的PSMA1基因的DNA片段的正、反向引物，其堿基序列如SEQID?NO?5和SEQ?ID?NO?6所示，形成一引物對。

所述的SNP分子標記的檢測方法，采用PCR-BfaI-RFLP法進行，具體包括以下步驟：

(1)構建豬的DNA池(pool)；

(2)設計正、反引物分離豬PSMA1基因的DNA片段，測序并分析；

(3)突變位點檢測的正、反引物的重新設計及檢測方法的建立；