[發(fā)明專利]一種山羊產(chǎn)羔性狀的分子標(biāo)記選擇方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201010263060.4
• 申請日: 2010-08-26
• 公開（公告）號: CN101899526A
• 公開（公告）日: 2010-12-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 曹斌云;安小鵬;侯金星;王建剛;宋宇軒;楊明明;朱廣琴;王韻斐;崔易虹;陳秋菊
• 申請（專利權(quán)）人: 西北農(nóng)林科技大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 西安恒泰知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所 61216
• 代理人: 李鄭建

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子遺傳學(xué)領(lǐng)域，具體涉及一種山羊產(chǎn)羔性狀的分子標(biāo)記選擇方法，該方法采用檢測山羊干細(xì)胞因子（Kit?ligand，KITL）基因內(nèi)含子1和6堿基突變多態(tài)性，并分析其對產(chǎn)羔數(shù)的影響，結(jié)果表明：KITL基因由引物P1和P2檢測的SNPs位點(diǎn)可作為山羊產(chǎn)羔性狀選擇分子標(biāo)記。?

背景技術(shù)

隨著分子生物學(xué)技術(shù)的迅速發(fā)展，尤其是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（Polymerase?Chain?Reaction）技術(shù)的問世和電泳技術(shù)的改進(jìn)，各種分子遺傳標(biāo)記技術(shù)隨之興起，這些技術(shù)給家畜的遺傳改良和新品種的培育提供了新的途徑和方法。特別是分子標(biāo)記技術(shù)與常規(guī)育種技術(shù)相結(jié)合，孕育出一種全新的選種方式－標(biāo)記輔助選擇法?（Marker?assistant?selection）。它可以克服傳統(tǒng)選種過程中根據(jù)表型選擇導(dǎo)致的環(huán)境偏差和抽樣誤差，提高家畜選種的準(zhǔn)確性和高效性，加快優(yōu)良品種的選育，進(jìn)一步推動我國畜牧業(yè)的發(fā)展。

單核苷酸多態(tài)性（Single?Nucleotide?Polymorphisms,?SNP）就是指基因組DNA序列中由于單個核苷酸（A/T/C/G）的替換而引起的多態(tài)性。SNPs可以是兩個或多個等位基因的多態(tài)，因此，通常所說的SNPs包括堿基的插入、缺失、插入/缺失以及重復(fù)序列拷貝數(shù)的變化。一個SNP表示在基因組某個位點(diǎn)上有一個核苷酸的變化，主要由單個堿基的轉(zhuǎn)換（以一種嘧啶置換另一種嘧啶或一種嘌呤置換另一種嘌呤）以及顛換（嘌呤與嘧啶互換）所引起。具有顛換型變異的SNPs約占2/3，其他幾種SNP在相似的水平上，因?yàn)镃pG（核苷酸對，其中G在DNA鏈中緊隨C后）二核苷酸的胞嘧啶是基因組中最易發(fā)生突變的位點(diǎn)，其中大多數(shù)是甲基化的，可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。在任何已知或未知的基因內(nèi)或附近都可能找到數(shù)量不等的SNPs，根據(jù)它們在基因組中分布的位置可分為基因編碼區(qū)SNPs（cSNPs）、基因周邊SNPs（pSNPs）和基因間SNPs（iSNPs）等三類。總的說來，cSNP比較少，因?yàn)樵诰幋a區(qū)內(nèi)的變異率僅占有周圍序列的1/5，但它在遺傳病和育種的研究中卻具重要意義，因此倍受關(guān)注。根據(jù)對遺傳性狀的影響，cSNPs又可分為兩種：一種是同義cSNPs，即SNP所致編碼序列的改變并不影響其所翻譯的氨基酸序列，突變堿基與未突變堿基的“含義”相同；另一種是非同義cSNPs，即堿基序列的改變將導(dǎo)致編碼氨基酸的改變從而產(chǎn)生蛋白質(zhì)序列的改變，可能最終影響到蛋白質(zhì)的功能。因此，對編碼區(qū)SNPs的非同義突變來說，它們可能對基因功能有直接的重要影響，尤其對于編碼區(qū)突變來說，更可能會導(dǎo)致所編碼的蛋白發(fā)生重大變化，從而影響它的功能的發(fā)揮。基因序列上堿基的插入/缺失突變，同樣將導(dǎo)致所編碼氨基酸的改變從而產(chǎn)生蛋白質(zhì)序列改變，以致影響到蛋白的生物學(xué)功能，從而造成對個體的表現(xiàn)型具有重要影響。不僅如此，在群體遺傳研究中，這些SNPs作為遺傳標(biāo)記在群體遺傳和生物進(jìn)化的研究中也具有重要意義。

由于SNPs是二等位基因分子標(biāo)記，所以，理論上在一個二倍體生物群體中，SNPs可能是由2個、3個或4個等位基因構(gòu)成，但實(shí)際上3個或4個等位基因的SNPs很罕見，故SNPs通常被簡單地稱為二等位基因分子標(biāo)記。目前，主要采用幾種不同的路線來發(fā)現(xiàn)SNPs：即DNA序列測定方法、PCR-SSCP與DNA測序結(jié)合法、AS-PCR方法、引物延伸法和寡核苷酸連接反應(yīng)等。在這些SNP檢測技術(shù)中，DNA序列測定法是最為準(zhǔn)確的SNP檢測方法，但是，其檢測費(fèi)用極其昂貴，且需要有DNA測序儀等大型儀器，同時，在測序過程中需要非常熟練的技術(shù)人員和經(jīng)驗(yàn)，所以，DNA序列測定法不是一種應(yīng)用于生產(chǎn)實(shí)際的理想SNP檢測方法；當(dāng)然，利用PCR-SSCP與DNA測序結(jié)合法檢測SNP可以適當(dāng)降低檢測費(fèi)用，但是，PCR-SSCP的實(shí)驗(yàn)過程比較長，操作比較繁瑣，且實(shí)驗(yàn)過程中存在假陰性問題，所以，也并非理想的SNP檢測手段；AS-PCR方法作為一種新型的SNP檢測方法，在未來的應(yīng)用領(lǐng)域中具有非常廣闊的前景，但是，該方法需要設(shè)計(jì)特別的引物，且只能針對特定的基因位點(diǎn)，同時，檢測過程中還存在誤檢的概率，因此，目前不具有普遍應(yīng)用的特點(diǎn)；而引物延伸法和寡核苷酸連接反應(yīng)技術(shù)檢測SNP位點(diǎn)，需要平板讀數(shù)儀、基因芯片、微球陣列技術(shù)和質(zhì)譜儀等檢測平臺，對于一般的分子實(shí)驗(yàn)室來說可實(shí)施性不強(qiáng)。