[發明專利]檢測山羊生長激素基因編碼區5個堿基突變多態性的方法

無效

• 申請號: 201010199157.3
• 申請日: 2010-06-12
• 公開（公告）號: CN101928774A
• 公開（公告）日: 2010-12-29
• 發明（設計）人: 曹斌云;安小鵬;侯金星;王利心;王建剛;宋宇軒
• 申請（專利權）人: 西北農林科技大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 西安恒泰知識產權代理事務所 61216
• 代理人: 李鄭建

技術領域

本發明屬于分子遺傳學領域，具體涉及一種檢測山羊生長激素（GH）基因編碼區5個堿基突變多態性的方法。

背景技術

單核苷酸多態性（Single?Nucleotide?Polymorphisms，SNP）就是指基因組DNA序列中由于單個核苷酸（A/T/C/G）的替換而引起的多態性。SNPs可以是兩個或多個等位基因的多態，因此，通常所說的SNPs包括堿基的插入、缺失、插入/缺失以及重復序列拷貝數的變化。一個SNP表示在基因組某個位點上有一個核苷酸的變化，主要由單個堿基的轉換（以一種嘧啶置換另一種嘧啶或一種嘌呤置換另一種嘌呤）以及顛換（嘌呤與嘧啶互換）所引起。具有顛換型變異的SNPs約占2/3，其他幾種SNP在相似的水平上，因為CpG（表示核苷酸對，其中G在DNA鏈中緊隨C后）二核苷酸的胞嘧啶是基因組中最易發生突變的位點，其中大多數是甲基化的，可自發地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。在任何已知或未知的基因內或附近都可能找到數量不等的SNPs，根據它們在基因組中分布的位置可分為基因編碼區SNPs（cSNPs）、基因周邊SNPs（pSNPs）和基因間SNPs（iSNPs）等三類。總的說來，cSNP比較少，因為在編碼區內的變異率僅占有周圍序列的1/5，但它在遺傳病和育種的研究中卻具重要意義，因此倍受關注。

根據對遺傳性狀的影響，cSNPs又可分為兩種：一種是同義cSNPs，即SNP所致編碼序列的改變并不影響其所翻譯的氨基酸序列，突變堿基與未突變堿基的“含義”相同；另一種是非同義cSNPs，即堿基序列的改變將導致編碼氨基酸的改變從而產生蛋白質序列的改變，可能最終影響到蛋白質的功能。因此，對編碼區SNPs的非同義突變來說，它們可能對基因功能有直接的重要影響，尤其對于編碼區突變來說，更可能會導致所編碼的蛋白發生重大變化，從而影響它的功能的發揮。基因序列上堿基的插入/缺失突變，同樣將導致所編碼氨基酸的改變從而產生蛋白質序列改變，以致影響到蛋白的生物學功能，從而造成對個體的表現型具有重要影響。不僅如此，在群體遺傳研究中，這些SNPs作為遺傳標記在群體遺傳和生物進化的研究中也具有重要意義。

由于SNPs是二等位基因分子標記，所以，理論上在一個二倍體生物群體中，SNPs可能是由2個、3個或4個等位基因構成，但實際上3個或4個等位基因的SNPs很罕見，故SNPs通常被簡單地稱為二等位基因分子標記。目前，主要采用幾種不同的路線來發現SNPs：即：1）DNA序列測定方法；2）PCR-SSCP與DNA測序結合法；3）AS-PCR方法；4）引物延伸法和寡核苷酸連接反應等。在這些SNP檢測技術中，DNA序列測定法是最為準確的SNP檢測方法，但是，其檢測費用極其昂貴，且需要有DNA測序儀等大型儀器，同時，在測序過程中需要非常熟練的技術人員和經驗，所以，DNA序列測定法不是一種應用于生產實際的理想SNP檢測方法。當然，利用PCR-SSCP與DNA測序結合法檢測SNP可以適當降低檢測費用，但是，PCR-SSCP的實驗過程比較長，操作比較繁瑣，且實驗過程中存在假陰性問題，所以，也并非理想的SNP檢測手段；AS-PCR方法作為一種新型的SNP檢測方法，在未來的應用領域中具有非常廣闊的前景，但是，該方法需要設計特別的引物，且只能針對特定的基因位點，同時，檢測過程中還存在誤檢的概率，因此，目前不具有普遍應用的特點；而引物延伸法和寡核苷酸連接反應技術檢測SNP位點，需要平板讀數儀、基因芯片、微球陣列技術和質譜儀等檢測平臺，對于一般的分子實驗室來說可實施性不強。

生長激素（以下稱GH）是由垂體前葉嗜酸性細胞合成和分泌的單鏈多肽激素，由190～191個氨基酸組成。GH是一種具有廣泛生理功能的生長調節激素，能影響幾乎所有的組織類型和細胞，在動物的生長發育中發揮著重要的作用，具有促進肌肉、骨及軟骨的生長，影響蛋白質、糖類、脂類的代謝，調節各種形式的RNA的生物合成等一些重要的生物學功能，對動物生長起著關鍵性的作用，但有人認為這種功能因動物種類不同而異。Sejrsen等（1996）認為，GH對哺乳動物有促進生長作用，而對禽類動物卻不確定，同時也有很多研究證明GH對家禽確有促進生長的作用，不過GH作用的發揮與動物自身也有關系。