[發(fā)明專利]染色體9p21區(qū)段和KIF6基因SNP檢測(cè)液相芯片以及特異性引物

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201010196841.6
• 申請(qǐng)日: 2010-06-08
• 公開（公告）號(hào): CN102031286A
• 公開（公告）日: 2011-04-27
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 許嘉森;秦會(huì)娟;余剛;曾濤
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 廣州益善生物技術(shù)有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 廣州華進(jìn)聯(lián)合專利商標(biāo)代理有限公司 44224
• 代理人: 萬(wàn)志香;曾旻輝

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，涉及醫(yī)學(xué)和生物技術(shù)，具體的是涉及一種染色體9p21區(qū)段、KIF6基因SNP位點(diǎn)檢測(cè)液相芯片以及特異性引物。

背景技術(shù)

WTCCC于2007年對(duì)1926例患有冠心病/心肌梗塞或有嚴(yán)重家族史者和2938名對(duì)照受試者的全基因組關(guān)聯(lián)研究結(jié)果顯示：與冠心病相關(guān)性最大的多態(tài)性位點(diǎn)rs1333049(G＞C)位于9p21區(qū)域(P＝1.80×10-14)。該研究結(jié)果于2008年經(jīng)在東亞人群中得到驗(yàn)證。2009于中國(guó)人群中得到證實(shí)。PROVEIT-TIMI?22研究同樣證實(shí)：rs1333049C等位基因攜帶者應(yīng)用他汀強(qiáng)化治療較他汀常規(guī)治療獲益更多。同時(shí)，與冠心病相關(guān)的多態(tài)性位點(diǎn)還有A22086055G(rs10757274)、A22114477G(rs10757278)、A22105026G(rs2383206)、A22105959G(rs2383207)和A22088619G(rs2891168)，此5個(gè)位點(diǎn)均與rs1333049(G22115503C)完全連鎖。

KIF6(Kinesin-like?protein?6)編碼驅(qū)動(dòng)蛋白樣蛋白-6，為分子動(dòng)力超家族中的一員。CARE、WOSCOPS及PROVE?IT-TIMI?22三項(xiàng)研究均表明，KIF6基因Trp719Arg(rs20455T＞C)與冠脈事件的相關(guān)性。KIF6基因Trp719Arg多態(tài)性在高加索人群中達(dá)到60％，具有719Arg多態(tài)性的人患冠心病(CHD)的風(fēng)險(xiǎn)增加55％。與非攜帶者相比(HR＝0.94)，KIF6719Arg等位基因攜帶者應(yīng)用他汀強(qiáng)化治療較他汀常規(guī)治療獲益更多(HR＝0.59)，強(qiáng)化治療使攜帶者發(fā)生冠脈事件的絕對(duì)危險(xiǎn)降低10.0％，非攜帶者僅降低0.8％。

目前國(guó)內(nèi)外關(guān)于心血管疾病風(fēng)險(xiǎn)的檢測(cè)日漸增多，目前的產(chǎn)品一般基于PCR技術(shù)的熒光定量PCR法、RFLP法和DNA測(cè)序法等，存在靈敏度低，樣品易污染、假陽(yáng)性率高的缺點(diǎn)，同時(shí)由于檢測(cè)通量的局限性，不能滿足實(shí)際應(yīng)用的需要。而染色體9p21區(qū)段SNP位點(diǎn)，目前國(guó)內(nèi)外幾乎沒有相關(guān)的檢測(cè)產(chǎn)品。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的之一是提供染色體9p21區(qū)段SNP檢測(cè)液相芯片，該液相芯片可用于檢測(cè)染色體區(qū)段9p21的G22115503C(rs1333049)、A22086055G(rs10757274)、A22114477G(rs10757278)、A22105026G(rs2383206)、A22105959G(rs2383207)和A22088619G(rs2891168)突變的野生型和突變型。

實(shí)現(xiàn)上述目的的技術(shù)方案如下：

一種染色體9p21區(qū)段SNP檢測(cè)液相芯片，主要包括有：

(A)針對(duì)染色體9p21區(qū)段的SNP位點(diǎn)設(shè)計(jì)的野生型和突變型的ASPE引物對(duì)，每條ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對(duì)SNP位點(diǎn)的特異性引物組成，所述特異性引物是：針對(duì)染色體9p21區(qū)段G22115503C?SNP的SEQ?ID?NO.17和SEQ?ID?NO.18、A22086055G?SNP的SEQ?ID?NO.19和SEQ?ID?NO.20、A22114477G?SNP的SEQ?ID?NO.21和SEQ?ID?NO.22、A22105026G?SNP的SEQ?ID?NO.23和SEQ?ID?NO.24、A22105959G?SNP的SEQ?ID?NO.25和SEQ?ID?NO.26、和/或A22088619G?SNP的SEQ?ID?NO.27和SEQ?ID?NO.28；所述tag序列選自SEQ?ID?NO.1～SEQ?ID?NO.14；

(B)分別包被有特異的anti-tag序列的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列選自SEQID?NO.29～SEQ?ID?NO.42中的序列，且所述anti-tag序列能相應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對(duì)，且所述anti-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；

(C)用于擴(kuò)增具有G22115503C、A22086055G、A22114477G、A22105026G、A22105959G和/或A22088619G?SNP位點(diǎn)的染色體9p21區(qū)段目標(biāo)序列的擴(kuò)增引物。