[發明專利]EPHX1基因檢測特異性引物和液相芯片

有效

• 申請號: 201010196802.6
• 申請日: 2010-06-08
• 公開（公告）號: CN102010898A
• 公開（公告）日: 2011-04-13
• 發明（設計）人: 許嘉森;秦會娟;余剛;曾濤
• 申請（專利權）人: 廣州益善生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 萬志香;曾旻輝

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，涉及醫學和生物技術，具體的是涉及EPHX1基因檢測特異性引物和液相芯片。

背景技術

微粒體環氧化物水解酶(Microsomal?epoxide?hydrolase，mEH，EPHX1)是一種重要的生物轉化II相代謝酶，該酶由定位于人類染色體1q42.1的EPHX1基因編碼，具有高度保守性。它催化多種環氧化中間產物水解為更易溶于水的反式二氫二醇排出體外。研究表明，EPHX1基因編碼區的多態性通過影響蛋白質的穩定性而改變酶的活性。外顯子3的T→C轉變使Tyr113被His取代(rs1051740，T337C)，導致酶活性下降39％；外顯子4的A→G轉變使His139被Arg取代(rs2234922，A416G)，導致酶活性升高25％，有研究表明，EPHX1酶活的下降有利于預防肺癌。

目前對EPHX1多態性的檢測產品一般是基于PCR技術的熒光定量PCR法、RFLP法和DNA測序法等，存在靈敏度低，樣品易污染、假陽性率高的缺點，同時由于檢測通量的局限性，不能滿足實際應用的需要。

發明內容

本發明的目的之一是提供EPHX1基因SNP檢測液相芯片，該液相芯片可用于檢測EPHX1基因G357A、G19512990A、T337C和A416G突變的野生型和突變型。

實現上述目的的技術方案如下：

一種EPHX1基因SNP檢測液相芯片，主要包括有：

(A)針對EPHX1基因的SNP位點，分別設計的野生型和突變型的ASPE引物對：每種ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對目的基因突變位點的特異性引物組成，所述特異性引物是：針對EPHX1基因G357A?SNP位點的SEQ?ID?NO.9和SEQ?ID?NO.10、針對EPHX1基因G19512990A?SNP位點的SEQ?ID?NO.11和SEQ?ID?NO.12、針對EPHX1基因T337C?SNP位點的SEQ?ID?NO.13和SEQ?ID?NO.14、和/或針對EPHX1基因A416G?SNP位點的SEQ?IDNO.15和SEQ?ID?NO.16；所述tag序列選自SEQ?ID?NO.1～SEQ?ID?NO.8；

(B)分別包被有特異的anti-tag序列的、具有不同顏色編碼的微球，所述anti-tag序列選自SEQID?NO.17～SEQ?ID?NO.24中的序列，且所述anti-tag序列能相應地與(A)中所選的tag序列互補配對；

(C)以及用于擴增具有G357A、G19512990A、T337C、和/或A416G的SNP位點的EPHX1基因目標序列的擴增引物。

優選地，所述擴增引物是：針對EPHX1基因G357A?SNP位點的SEQ?ID?NO.25和SEQ?IDNO.26、針對EPHX1基因G19512990A?SNP位點的SEQ?ID?NO.27和SEQ?ID?NO.28、針對EPHX1基因T337C?SNP位點的SEQ?ID?NO.29和SEQ?ID?NO30、和/或針對EPHX1基因A416G?SNP位點的SEQ?ID?NO.31和SEQ?ID?NO.32。

優選地，所述ASPE引物對為：針對EPHX1基因G357A?SNP位點的由SEQ?ID?NO.1和SEQID?NO.9組成的序列以及由SEQ?ID?NO.2和SEQ?ID?NO.10組成的序列、針對EPHX1基因G19512990A?SNP位點的由SEQ?ID?NO.3和SEQ?ID?NO.11組成的序列以及由SEQ?ID?NO.4和SEQ?ID?NO.12組成的序列、針對EPHX1基因T337C?SNP位點的由SEQ?ID?NO.5和SEQ?IDNO.13組成的序列以及由SEQ?ID?NO.6和SEQ?ID?NO.14組成的序列、和/或針對EPHX1基因A416G?SNP位點的由SEQ?ID?NO.7和SEQ?ID?NO.15組成的序列以及由SEQ?ID?NO.8和SEQ?IDNO.16組成的序列。

優選地，所述anti-tag序列與微球連接中間還設有間隔臂序列；所述間隔臂序列為5-10個T。

本發明的另一目的是提供一種用于EPHX1基因檢測的特異性引物。

具體技術方案如下：