[發(fā)明專利]臨床樣品中的干擾素響應(yīng)(IRIS)

無(wú)效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200980141815.9
• 申請(qǐng)日: 2009-09-16
• 公開（公告）號(hào): CN102197143A
• 公開（公告）日: 2011-09-21
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 愛(ài)德華·克羅茲;佩德羅·帕茲;沙林·維利奇科;山口健;T·C·瓦格納
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 拜耳醫(yī)藥保健有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務(wù)所 11105
• 代理人: 張文輝

提及相關(guān)申請(qǐng)

本申請(qǐng)要求2008年9月16日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)流水號(hào)61/097,227的優(yōu)先權(quán)，在此通過(guò)提及而將其全部?jī)?nèi)容收錄。

發(fā)明領(lǐng)域

本發(fā)明涉及可用于測(cè)定針對(duì)多發(fā)性硬化(MS)的治療功效的一套特定的基因。

提及序列表

本申請(qǐng)通過(guò)提及而收錄紙質(zhì)和2008年9月12日創(chuàng)建的.txt格式的電子拷貝中所附的序列表。申請(qǐng)人進(jìn)一步保證紙質(zhì)和電子拷貝中含有的內(nèi)容是相同的。

發(fā)明背景

許多疾病狀態(tài)的特征在于各種基因的表達(dá)水平差異，其或是經(jīng)由遺傳DNA的拷貝數(shù)目變化或是經(jīng)由特定基因的轉(zhuǎn)錄水平變化(例如經(jīng)由控制啟動(dòng)、提供RNA前體、RNA加工等)來(lái)實(shí)現(xiàn)。

多發(fā)性硬化(multiple?sclerosis，MS)是中樞神經(jīng)系統(tǒng)(CNS)的一種慢性神經(jīng)病學(xué)和炎性疾病。在受MS影響的人中，在CNS白質(zhì)的表面上隨機(jī)的區(qū)域中出現(xiàn)稱作斑塊或損害的損傷斑點(diǎn)。在損害位置處，神經(jīng)絕緣材料髓磷脂在稱為脫髓鞘的過(guò)程中損失。炎癥、脫髓鞘、少突膠質(zhì)細(xì)胞死亡、膜損傷和軸突死亡均促成MS的癥狀。不可預(yù)測(cè)的中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病MS可以從相對(duì)良性變化成稍微失能，變化成破壞性的，這是因?yàn)槟X與身體其它部分之間的通信受到破壞。許多調(diào)查人員認(rèn)為MS是自身免疫性疾病，由此免疫系統(tǒng)破壞神經(jīng)絕緣髓磷脂。可以將此類攻擊與尚未知道的環(huán)境觸發(fā)劑諸如病毒、飲食、或變態(tài)反應(yīng)聯(lián)系起來(lái)。

內(nèi)科醫(yī)生可以在疾病發(fā)作后不久便在一些患者中診斷MS。然而，在其它患者中，醫(yī)生可能不能容易地鑒定癥狀的原因，導(dǎo)致被神秘盛衰(wax?andwane)的令人迷惑的癥狀不時(shí)打斷的多項(xiàng)診斷和數(shù)年的不確定性。大多數(shù)患者是輕度受累的，但是在最壞的病例中，MS可以讓人不能寫、讀、或行走。MS是一種具有自發(fā)緩和的天然趨勢(shì)的疾病，對(duì)此沒(méi)有普遍有效的治療。單一實(shí)驗(yàn)室測(cè)試目前無(wú)一可用于證明或排除MS，也不存在治愈。另外，不存在鑒定治療響應(yīng)性和非響應(yīng)性患者的實(shí)驗(yàn)室測(cè)試。因此，本領(lǐng)域中強(qiáng)烈需要用于MS的改良的診斷測(cè)試，及用于開發(fā)治療MS的新策略的治療性靶物。

據(jù)推測(cè)，作為治療劑用于治療MS的化合物諸如干擾素beta(例如Betaseron)逆轉(zhuǎn)這些基因表達(dá)變化中的一些或全部。因此，這些基因中至少一些的表達(dá)變化可以作為用于監(jiān)測(cè)，或者甚至預(yù)測(cè)此類治療劑的功效的方法使用。因此，可以認(rèn)為這些基因表達(dá)變化中的一些或全部是生物標(biāo)志指紋，或者可以作為生物標(biāo)志指紋利用。通過(guò)延伸，也可以使用基因產(chǎn)物作為生物標(biāo)志使用。在用于監(jiān)測(cè)或預(yù)測(cè)治療劑的功效外，還可以使用生物標(biāo)志來(lái)鑒定預(yù)測(cè)為積極響應(yīng)治療劑施用的患者和那些可以逆轉(zhuǎn)非響應(yīng)性狀態(tài)的患者。

附圖簡(jiǎn)述

圖1顯示了復(fù)發(fā)緩解性多發(fā)性硬化(RRMS)患者中的基因表達(dá)序型(profiling)分析的例子，其指明響應(yīng)是短暫且可變的。圖1(a)是主成分分析(principle?component?analysis)，其顯示了RRMS數(shù)據(jù)組中處理后4小時(shí)的樣品的獨(dú)特樣品聚簇。圖1(b)對(duì)在所分析的22,283種間變化的IFNβ誘導(dǎo)型探針組的數(shù)目(實(shí)線)和所述變化的相對(duì)強(qiáng)度(均值倍增變化，虛線)繪圖。對(duì)于這兩種讀數(shù)，IFNβ響應(yīng)在刺激后4小時(shí)時(shí)達(dá)到峰值。圖1(c)顯示了4小時(shí)IFNβ刺激后的一組免疫相關(guān)基因間的基因誘導(dǎo)的可變水平。

圖2顯示了一張具有根據(jù)功能的IRIS基因分布的餅形圖。該圖包括標(biāo)準(zhǔn)的IFN響應(yīng)標(biāo)志物、異常調(diào)節(jié)性基因和反調(diào)節(jié)性基因。

圖3顯示了IRIS測(cè)定法(或NAb測(cè)定法)的流程圖，其描繪了三個(gè)主要步驟：(1)IFNβ的4小時(shí)細(xì)胞刺激；(2)RNA分離和cDNA合成；和(3)IRI?S/TLDA分析。

圖4顯示了(a)PBMC中通過(guò)IRIS/TLDA測(cè)量的4小時(shí)IFNβ響應(yīng)的例子，其以相對(duì)于起始濃度10LU/mL的百分比響應(yīng)繪圖。圖4(b)顯示了在刺激降低10倍至1LU/mL時(shí)基因表達(dá)的百分比降低。如由Kawade法限定的中和基礎(chǔ)表示為10倍降低單位或TRU。

圖5顯示了計(jì)算IRIS基因的中和滴度的例子。顯示了MxA基因，即一種未知功能的基因和一種細(xì)胞周期基因的10倍降低單位(TRU)滴度。TRU滴度是降低IFNβ活性10倍，例如10LU至1LU的血清稀釋。

圖6顯示了經(jīng)Betaseron處理的MS患者血清中測(cè)量的Nab活性(其表示為每種IRIS基因的TRU)的例子，其中中和的程度是基因特異性的，而且諸如IFIT1和MxA等基因?qū)χ泻褪菢O端靈敏的，而GBP1和GCH1對(duì)血清中和有抗性。