[發明專利]NOS1AP基因內含子2區域上rs12742393多態位點及其檢測方法

無效

• 申請號: 200910307513.6
• 申請日: 2009-09-23
• 公開（公告）號: CN101698843A
• 公開（公告）日: 2010-04-28
• 發明（設計）人: 賈偉平;胡承;王從容;張蓉
• 申請（專利權）人: 上海交通大學
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 上海交達專利事務所 31201
• 代理人: 王錫麟;王桂忠

技術領域

本發明涉及一種分子生物技術領域的多態位點及其檢測方法，具體是一種NOS1AP(一氧化氮合酶1銜接蛋白)基因內含子2區域上rs12742393多態位點及其檢測方法。

背景技術

NOS1AP基因位于染色體1q23.3，該基因編碼的蛋白屬于一種銜接蛋白，可以調節神經元型一氧化氮合酶(nNOS)的活性，并影響N甲基D天冬氨酸受體(NMDAR)介導的一氧化氮的釋放。近期研究表明，nNOS功能紊亂不僅參與糖尿病自主神經病變、糖尿病腎病及視網膜病變，而且直接參與胰島素分泌和胰島素釋放。NOS1AP在胰島細胞中高表達，可能通過對nNOS的調節作用參與胰島素分泌的調節。NOS1AP基因上的多態位點，如rs12742393的研究有望成為糖尿病遺傳學研究的新熱點。為適應國際上糖尿病遺傳學研究的趨勢，目前迫切需要建立在大規模樣本中檢測NOS1AP基因上多態位點的穩定方法。目前對rs12742393位點在白種人和中國人群中鮮有研究，國內外尚未有對該位點進行大批量檢測的相關報道。

經對現有技術的文獻檢索發現，Sequenom公司在2005年針對MassARRAY?iPlex技術公開發行了一份應用指南《iPLEX?Application?Guide》，該指南提及，MassARRAY?iPlex方法是一種新型的用于高通量SNP檢測方法，該方法利用單堿基延伸和基質輔助激光解吸飛行質譜測定SNP位點基因型，該指南描述了此技術的操作方法，包括如下步驟：基因組DNA模板的提取；設計特異性核酸引物擴增目的基因；測定SNP位點基因型等步驟。但是該方法對于SNP位點引物的設計只描述了設計原則，并且無論是DNA的提取方法，還是引物設計的實際操作都使得該方法在應用到具體基因時存在一定局限性。

發明內容

本發明的目的在于克服現有技術的不足，提供一種NOS1AP基因內含子2區域上rs12742393多態位點及其檢測方法。本發明提供了一種NOS1AP基因內含子2區域上rs12742393多態位點，并且建立了一種在大批量樣本中進行NOS1AP基因上rs12742393多態位點快速檢測的方法。

本發明是通過以下技術方案實現的，

本發明涉及一種分離核酸，其序列如SEQ?ID?NO：1所示。

本發明涉及的一種NOS1AP基因內含子2區域上rs12742393多態位點的檢測方法，步驟包括：

步驟一，從樣品中提取基因組DNA；

步驟二，設計可特異性擴增出含SEQ?ID?NO：1所示序列中第121位核苷酸位點的核酸引物；

步驟三，以步驟一得到的基因組DNA為模板，利用引物進行擴增，得到擴增DNA片段；

步驟四，檢測步驟三擴增得到的DNA片段中含有的如SEQID?NO：1所示序列第121位核苷酸位點是否存在A到C的單核苷酸多態性。

步驟二中，所述核酸引物長度為22bp～30bp。

步驟二中，所述核酸引物具體為：

正向引物：5’-ACG?TTG?GAT?GAG?GAT?AAC?ACC?ACC?CAT?ACC-3’，

反向引物：5’-ACG?TTG?GAT?GCA?CTA?TAA?GCT?GGG?AAC?AGG-3’。

步驟四中，所述測定為，用單堿基延伸和利用基質輔助激光解吸飛行質譜進行測定。

本發明從樣品中提取基因組DNA，以此作為DNA模板；根據NOS1AP基因rs12742393多態位點設計一對特異性核酸引物，擴增目的基因；測定rs12742393多態位點基因型，檢測SEQ?IDNO：1所示序列第121位是否存在A到C的單核苷酸多態性。

本發明具有如下的有益效果：本發明提供了一種NOS1AP基因內含子2區域上rs12742393多態位點；建立了一種在大批量樣本中進行NOS1AP基因rs12742393多態位點快速檢測的方法，可利用一臺MassARRAY?iPLEX設備，8小時內完成768個樣本的rs12742393多態位點檢測。

附圖說明

圖1為NOS1AP基因結構及rs12742393多態位點示意圖；

圖2為基質輔助激光解吸飛行質譜檢測rs12742393多態位點的結果示意圖。

具體實施方式