[發明專利]奶山羊SCD基因的單核苷酸多態性及其檢測方法

無效

• 申請號: 200910219005.2
• 申請日: 2009-11-17
• 公開（公告）號: CN101705290A
• 公開（公告）日: 2010-05-12
• 發明（設計）人: 陳宏;陳忠琦;藍賢勇;李轉見;屈玉嬌;劉艷麗;雷初朝
• 申請（專利權）人: 西北農林科技大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 陸萬壽

技術領域

本發明屬于分子遺傳學領域，涉及以奶山羊的功能基因的單核苷酸多態 性(SNP)作為分子遺傳標記，特別涉及一種奶山羊SCD基因的單核苷酸 多態性及其檢測方法。

背景技術

奶山羊是我國的主要的畜牧之一，但是現在面臨著優秀奶山羊品種種源 不足和種群遺傳品質較差的壓力。傳統的育種方法應用測試動物的表現型和 其親代、祖代及其它親屬在小的動物模型中的遺傳信息，設想性狀受到許多 基因遺傳差異的影響，每個基因對性狀有相對較小的貢獻，因此對性狀的估 計不可避免有些偏差。分子遺傳標記是近年來現代遺傳學發展最快的領域之 一，新的方法正在不斷涌現，已定位的標記基因數目與日俱增。這將為數量 遺傳學提供分子水平信息，家畜育種也將跨入分子育種階段。應用分子遺傳 標記的現代育種技術是加快良種選育和提高種群遺傳品質，從而增加奶山羊 的產奶量和改善乳品質的先進的有效的方法。

分子遺傳標記輔助選擇就是將現代生物技術與常規選擇方法相結合，通 過對遺傳標記的選擇來間接選擇控制某性狀的數量性狀位點(QTL)，使之 能夠同時利用標記位點信息和數量性狀的表型信息，更準確估計動物個體的 育種值，提高選擇效率，加快育種進展。標記輔助選擇主要經歷了三個階段： 第一階段是家畜各性狀間的遺傳分析；第二階段是蛋白質(酶)標記對數量 性狀的標記階段；第三個階段是分子遺傳標記階段。隨著分子標記技術日漸 成熟與豐富，使覆蓋整個基因組的標記成為可能，通過與QTL間的連鎖分 析，實現分子標記輔助選擇的目標。

單核苷酸多態性(Single?Nucleotide?Polymorphism，SNP)作為新的遺傳標 記已廣泛應用于基因定位、克隆、遺傳育種及多樣性的研究。SNP是基因組 中存在的一種數量非常豐富的變異形式，占人類基因組中遺傳多態性的90％ 以上。SNP與罕見的變異不同，通常在種群中頻率等于或小于1％的此種變 異被稱為突變，而只有頻率大于1％時才被稱為單核苷酸多態性。

目前，主要采用幾種不同的方法來發現SNPs：DNA序列測定方法、 PCR-SSCP與DNA測序結合法、AS-PCR方法、PCR-RFLP法、TaqMam技 術與分子信標(Molecular?Beacons)等。在這些SNP檢測技術中，(1)DNA 序列測定法是最為準確的SNP檢測方法，但是，其檢測費用極其昂貴，且 需要有DNA測序儀等大型儀器，同時，在測序過程中需要非常熟練的技術 人員和經驗，所以，DNA序列測定法不是一種應用于生產實際的理想SNP 檢測方法；(2)PCR-SSCP與DNA測序結合法檢測SNP可以適當降低檢測 費用，但是，PCR-SSCP的實驗過程比較長，操作比較繁瑣，且實驗過程中 存在假陽性問題，所以，也并非理想的SNP檢測手段；(3)AS-PCR方法作 為一種新型的SNP檢測方法，在未來的應用領域中具有非常廣闊的前景， 但是，該方法需要設計特別的引物，且只能針對特定的基因位點，同時，檢 測過程中還存在誤檢的概率，因此，目前不具有普遍應用的特點；(4)TaqMam 技術與分子信標(Molecular?Beacons)都是在熒光能量轉移(Fluorescence Resornance?Energ?Transfer，FRET)基礎上建立起來的，利用熒光標記及儀器 達到檢測目的。焦磷酸測序(Pyrosequencing)則是利用測序過程中可釋放的焦 磷酸和酶類產生熒光，是不依賴平板膠或毛細管電泳、不依賴DNA的熒光 標記技術，很可能成為未來的主流技術。(5)RFLP-PCR方法是一種檢測 SNP的有效技術，在發現SNP位點后引入限制性內切酶進行切割，然后進 行瓊脂糖、聚丙烯凝膠電泳分析，就能準確地鑒別SNP位點。RFLP-PCR 方法不僅具有DNA測序法的準確性，又克服了費用昂貴、繁瑣操作、假陽 性的缺點，而且所檢測的序列位點無特殊性要求。

硬脂酰輔酶A去飽和酶(SCD)是酯酰去飽和酶超家族的成員，控制 飽和脂肪酸向不飽和脂肪酸轉化的關鍵酶的含鐵關鍵酶。它存在于內質網 上，可在與輔酶A相結合的飽和脂肪酸烴鏈(棕櫚酰和硬脂酰)的Δ⁹位引 入雙鍵形成單不飽和脂肪酸(棕櫚油酰和硬脂油酰)。哺乳動物的硬脂酰輔 酶A去飽和酶主要存在于乳腺和肝臟中。通過硬脂酰輔酶A去飽和酶催化 形成的單不飽和脂肪酸可以轉換為生物膜上的磷脂、甘油三酯和膽固醇。