[發(fā)明專利]染色體核苷酸序列圖示作圖法

無效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200910197851.9
• 申請(qǐng)日: 2009-10-29
• 公開（公告）號(hào): CN102054131A
• 公開（公告）日: 2011-05-11
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 鄭大立
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 鄭大立
• 主分類號(hào): G06F19/26
• 分類號(hào): G06F19/26
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術(shù)領(lǐng)域：

屬于生物技術(shù)，染色體核苷酸序列顯示方法技術(shù)。?

技術(shù)背景：

目前生物細(xì)胞中的染色體核苷酸序列是用AGCT字符串來表示DNA鏈上嘌呤、嘧啶的排列順序。圖示染色體核苷酸序列技術(shù)是將AGCT字符序列轉(zhuǎn)換成數(shù)值序列來表達(dá)DNA鏈上的嘌呤、嘧啶的排列順序，目的是將這數(shù)值序列繪制成直觀的點(diǎn)線圖來展示染色體序列。?

發(fā)明內(nèi)容：

1.用二維和三維點(diǎn)線圖示法來顯示染色體核苷酸序列；?

2.用數(shù)值序列，取代常規(guī)的AGCT字符序列，來表達(dá)染色體核苷酸序列。?

例如用數(shù)值序列3210013223001323表示字符序列AGCTTCAGGATTCAGA；?

3.字符轉(zhuǎn)數(shù)值的轉(zhuǎn)換公式?

V_i＝b_n*V_i-1+a_n*f(x_i)?

V_i：核苷酸序列中第i個(gè)核苷酸的數(shù)值；?

a_n：核苷酸類型系數(shù)值，作用是擴(kuò)大或縮小該類核苷酸作用值；?

b_n：核苷酸序列中第i-1個(gè)數(shù)值的修正系數(shù)，以反映臨近核苷酸對(duì)第i個(gè)核苷酸數(shù)值的影響；?

f(x_i)：第i個(gè)核苷酸數(shù)值賦值函數(shù)。?

x_i代表第i核苷酸類型，如A、G、C、T?

最簡(jiǎn)表述該函數(shù)，可以假設(shè)：f(A_i)＝1，f(G_i)＝1，f(C_i)＝-1，f(T_i)＝-1?

4.將數(shù)值序列繪制成二維或三維的點(diǎn)線圖；?

當(dāng)f(A_i)、f(G_i)、f(C_i)、f(T_i)取值均＜＞0時(shí)，計(jì)算所得數(shù)字序列可以繪制二維點(diǎn)線圖；?

同時(shí)計(jì)算兩組數(shù)值序列，如f(A_i)、f(T_i)取值＜＞0，f(G_i)、f(C_i)取值＝0；f(A_i)、f(T_i)取值＝0，f(G_i)、f(C_i)取值＜＞0，計(jì)算所得兩組數(shù)值序列可以用來繪制三維點(diǎn)線圖。?

附圖說明

圖1為染色體核苷酸序列作圖法。利用上面假設(shè)，并設(shè)a_n＝2(x_i＝A?or?T)，a_n＝1(x_i＝G?or?C)，b_n＝1，通過計(jì)算V_i。將字符序列AGCTTCAGGATTCAGA轉(zhuǎn)換成數(shù)值序列2320-2-3-10131-1-2013，將此數(shù)值序列制圖表示核苷酸排列順序，見說明書附圖1。?

具體實(shí)施方式：

通過計(jì)算機(jī)編程計(jì)算，將字符序列轉(zhuǎn)換成數(shù)值序列，并將數(shù)值序列繪制成二維或三位圖形。?