[發明專利]QTL的精細定位

無效

• 申請號: 200810238633.0
• 申請日: 2008-12-19
• 公開（公告）號: CN101760542A
• 公開（公告）日: 2010-06-30
• 發明（設計）人: 李祥
• 申請（專利權）人: 李祥
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12Q1/02
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術領域

QTL的精細定位，屬于分子生物學領域。

背景技術

遺傳背景的干擾和分離群體大小是影響QTL定位精度的兩個重要因素。QTL定位中常用的分離群體，如F₂、BC₁、RIL、DH等一般被稱為初級群體。利用初級群體進行的QTL定位稱為初級定位。這類群體內除了目標性狀發生分離外還存在較廣泛的背景遺傳因子的隨機分離，用于QTL定位時很難排除遺傳背景對QTL效應的干擾，而且限于費用和工作量，實際所用群體較小，因此，初級定位的精度通常不高，而且無論怎樣增加標記密度、減少環境噪音或改進統計方法，都不能使定位的精度達到很高，具體表現在：(1)估計出的QTL位置的置信區間一般都在10cM以上(Alpert?&?Tanksley，1996)，不能確定檢測到的QTL中是只包含一個主效QTL還是包含多個微效QTLs(Yano?&?Sasaki，1997)，不能將數量性狀確切地分解成單個的孟德爾因子。(2)對表型效應貢獻較少的QTL常不能被準確鑒定出來，使得對QTL的數目估計偏低，而對每個QTL的效應估計偏高，這種趨勢隨群體縮小變得更加明顯(Hyne?et?al.，1995)。(3)同一性狀在不同環境下定位結果不一致(Paterson?et?al.，1988，1990)。為了更精確地了解數量性狀的遺傳基礎并實現QTL的克隆，在初級定位的基礎上，還須對QTL進行高分辨率(亞厘摩水平)的精細定位，為此需要構建特殊的群體。

發明內容

1、導入系及其構建

導入系(Introgression?line，IL)，又稱染色體片段代換系(Chromosomal?segment?substitutionline，CSSL)，含有特定基因時又稱近等基因系(Near?isogenic?line，NIL)。導入系一般是通過多代回交和自交并利用分子標記輔助選擇(Marker-assisted?selection，MAS)的手段使供體親本染色體片段導入到受體親本中建成的。由于導入系遺傳背景與受體親本大體相同，只有少數供體親本導入片段的差異，因而，導入系和受體親本的任何表現型差異均由導入片段引起的，這為遺傳分析和功能鑒定提供了良好的研究材料，提高了基因定位的準確性。

構建導入系時，分子標記輔助選擇一般多從低代開始，但也可以從高代開始。Kubo?et?al(2002)以秈粳稻材料互為受體親本，用低代(從BC₁F₁開始)和高代(從BC₃F₁開始)標記輔助選擇的方法同時構建了兩套導入系。進一步比較發現，兩套導入系中受體親本所占基因組比例沒有顯著差異，但高代標記輔助選擇的次數少，工作量小，選擇效率高。

2、單個QTL的精細定位

單個QTL的精細定位必須使用含有該QTL的導入系或近等基因系(QTL-NIL)。一個理想的導入系應該是，除了目標基因所在的染色體片段完整的來自供體親本之外，基因組其余部分全部與受體親本相同，這樣在導入系與受體親本的雜交后代中，僅在代換片段上存在基因分離，因而QTL定位分析只局限在很窄的染色體區段上，消除了遺傳背景的干擾，從遺傳和統計兩方面保證了QTL定位的精確性。

3、全基因組QTL的精細定位