[發明專利]QTL的精細定位

無效

• 申請號: 200810238633.0
• 申請日: 2008-12-19
• 公開（公告）號: CN101760542A
• 公開（公告）日: 2010-06-30
• 發明（設計）人: 李祥
• 申請（專利權）人: 李祥
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12Q1/02
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.導入系及其構建

導入系(Introgression?line，IL)，又稱染色體片段代換系(Chromosomal?segment?substitutionline，CSSL)，含有特定基因時又稱近等基因系(Near?isogenic?line，NIL)，導入系一般是通過多代回交和自交并利用分子標記輔助選擇(Marker-assisted?selection，MAS)的手段使供體親本染色體片段導入到受體親本中建成的，由于導入系遺傳背景與受體親本大體相同，只有少數供體親本導入片段的差異，因而，導入系和受體親本的任何表現型差異均由導入片段引起的，這為遺傳分析和功能鑒定提供了良好的研究材料，提高了基因定位的準確性，

構建導入系時，分子標記輔助選擇一般多從低代開始，但也可以從高代開始，Kubo?et?al(2002)以秈粳稻材料互為受體親本，用低代(從BC₁F₁開始)和高代(從BC₃F₁開始)標記輔助選擇的方法同時構建了兩套導入系，進一步比較發現，兩套導入系中受體親本所占基因組比例沒有顯著差異，但高代標記輔助選擇的次數少，工作量小，選擇效率高。

2.單個QTL的精細定位

單個QTL的精細定位必須使用含有該QTL的導入系或近等基因系(QTL-NIL)，一個理想的導入系應該是，除了目標基因所在的染色體片段完整的來自供體親本之外，基因組其余部分全部與受體親本相同，這樣在導入系與受體親本的雜交后代中，僅在代換片段上存在基因分離，因而QTL定位分析只局限在很窄的染色體區段上，消除了遺傳背景的干擾，從遺傳和統計兩方面保證了QTL定位的精確性。

3.全基因組QTL的精細定位

要實現全基因組QTL的精細定位，首先必須構建一套覆蓋整個基因組的重疊導入系，也就是在輪回親本的遺傳背景中建立供體親本的“基因文庫”，一套理想的重疊導入系應該是每個導入系僅含一個代換片段且代換片段首尾相接、相互重疊，應用重疊導入系對某一數量性狀進行QTL的精細定位，首先要經過多點、多年的重復試驗鑒定出目標性狀與輪回親本有顯著差異的導入系，然后采用代換作圖法(Paterson?et?al.，1990)，比較目標性狀在重疊導入系中的差別，若差異不顯著，則說明它們所帶的QTL是相同的，且位于它們的重疊區內；若差異顯著，則說明它們所帶的QTL是不同的，分別位于各自的非重疊區，QTL代換作圖的結果需進一步經導入系與受體親本之間或導入系之間的分離群體來驗證，需要指出的是，可能有的導入系與輪回親本間沒有顯著的表型差異，但與其它導入系雜交時卻表現出效應，這說明它實際上含有QTL，只是單獨存在時不起作用，而必須與某個(些)QTL共同存在時才表現出表型效應(上位性效應)，應用重疊導入系，Paterson?et?al.(1990)將控制番茄固形物含量、果實重量性狀的QTL定位到一個3cM的區間，并認為控制這兩個性狀的QTL是緊密連鎖而不是一因多效。Eshed&Zamir(1995)將原先在回交分離群體中定位的1個果實重量的QTL分解為3個緊密連鎖的QTLs，

重疊代換系的構建則必須借助完整的DNA標記連鎖圖譜，且一般從低代即開始進行標記輔助選擇，對于一個全長為1500cM的基因組來說，假設要求每個代換片段長為10cM且相鄰片段首尾相接，沒有重疊，則需要建立150個導入系才能覆蓋整個基因組，這只是一個理論下限，實際情況要復雜得多，要建立一套理想的重疊代換系在實踐上還是很困難的。