[發明專利]SNPs組合鑒定TAP等位基因的方法

無效

• 申請號: 200810035190.5
• 申請日: 2008-03-26
• 公開（公告）號: CN101250587A
• 公開（公告）日: 2008-08-27
• 發明（設計）人: 馮明亮
• 申請（專利權）人: 上海市血液中心
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 上海光華專利事務所
• 代理人: 許亦琳;余明偉

技術領域

本發明涉及等位基因的鑒定方法，具體涉及TAP等位基因的鑒定方法。

背景技術

在普通實驗室，TAP等位基因的鑒定方法目前主要有限制性片段長度多態性分析 (PCR-RFLP)，序列特異性引物方法(PCR-SSP)等。

1)PCR-RFLP

主要原理：利用特異限制性內切酶酶切突變位點產生的不同片斷，通過瓊脂糖凝膠電泳判斷 堿基的二態性。

主要實驗流程：

PCR擴增目的基因片段→特異限制性內切酶酶切→瓊脂糖凝膠電泳分離酶切片斷。

實驗缺陷：

①實驗步驟較煩瑣。

②且TAP基因由TAP1和TAP2組成，TAP1有13個SNP(單核苷酸多態性)位點和一個特殊 的堿基deletion，TAP2有8個SNP位點。故通過PCR-RFLP檢查TAP所有的SNP時要擴增21 次，酶切22次，然后再進行凝膠電泳。工作量巨大，較易出現實驗錯誤。

③不能鑒別出純雜合子情況。

④實驗方法本身誤差較大。

故實驗的準確度和簡便性有很大的提升空間。

2)PCR-SSP

主要原理：設計出一套特異性針對各等位基因的引物，直接擴增有序列差異的各等位基因特 異性片斷，通過瓊脂糖電泳來判斷有無擴增產物來確定基因的多態性。

主要實驗流程：

設計序列特異性引物→PCR→瓊脂糖凝膠電泳。

實驗缺陷：

不易自動化；不能檢測新的等位基因并且準確度有待提高。

發明內容

本發明的目的是提供一種鑒定TAP等位基因的新方法。

本發明采用了下述技術方案：

一種SNPs組合鑒定TAP(抗原遞呈加工基因)等位基因的方法，包括下列步驟：檢測 待測樣本TAP基因上TAP1的第599、762、997、1910、1943和1983位點堿基的SNP分型 獲得TAP1的SNP分型組合，或者檢測待測TAP基因上TAP2的第1308、1693和1951位點 堿基的SNP分型獲得TAP2的SNP分型組合，根據TAP1或TAP2的SNP分型組合對應的等位 基因分型，確定TAP1或TAP2的等位基因分型。

樣本TAP基因來源于人外周血DNA，DNA可采用常規方法如鹽析法抽提。

上述TAP1的SNP分型組合對應的等位基因分型按下表所示：