[發(fā)明專利]一種新的11個X染色體STR基因位點(diǎn)及其分型方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 200810017404.6
• 申請日: 2008-01-25
• 公開（公告）號: CN101225387A
• 公開（公告）日: 2008-07-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李生斌;劉清波;余兵;張洪波
• 申請（專利權(quán)）人: 西安交通大學(xué)
• 主分類號: C12N15/12
• 分類號: C12N15/12;C12Q1/68
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責(zé)任公司
• 代理人: 李鄭建

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種核酸檢測方法，特別涉及11個新的X染色體STR基因位點(diǎn)及其分型方法。

背景技術(shù)

短串聯(lián)重復(fù)序列(short?tandem?repeats，簡稱STR)是由2-7個堿基對作為核心單位，串聯(lián)重復(fù)形成的一類微衛(wèi)星DNA序列，其片段可采用PCR技術(shù)擴(kuò)增。STR主要由于核心重復(fù)單位數(shù)目的變化形成了STR基因位點(diǎn)的遺傳多態(tài)性，其等位基因可用銀染、熒光標(biāo)記和放射自顯影等技術(shù)分型。人類基因組中，平均每6-10kb就存在有一個STR基因位點(diǎn)，為法醫(yī)個人識別和親子鑒定提供了高信息基因位點(diǎn)的豐富來源。

STR在研究與應(yīng)用中具有以下顯著的優(yōu)點(diǎn)：良好的重復(fù)性，分型結(jié)果穩(wěn)定可靠，操作簡單快速；片段長度一般在100～400bp，容易通過PCR擴(kuò)增、電泳分型，適用于各種檢材及高度降解檢材的檢測；三核苷酸、四核苷酸重復(fù)的STR位點(diǎn)PCR擴(kuò)增結(jié)果穩(wěn)定，產(chǎn)生的附加帶、影子帶少，容易分型；是繪制人類遺傳圖、疾病基因連鎖分析、遺傳病診斷、個體識別等分析工作的重要工具。STR的分型，目前最常用的是應(yīng)用PCR擴(kuò)增STR，將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行聚丙烯酰胺凝膠電泳，根據(jù)片段的大小決定基因型并計(jì)算等位基因頻率及遺傳距離并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。對于PCR產(chǎn)物的檢測可用自顯影技術(shù)，PAGE結(jié)合銀染，以及熒光標(biāo)記序列儀自動分析系統(tǒng)。

X染色體STR位點(diǎn)廣泛存在真核細(xì)胞基因組中，高度穩(wěn)定且具有較高的遺傳多態(tài)性，但與常染色體和Y染色體STR相比，迄今發(fā)現(xiàn)和應(yīng)用的X-STR位點(diǎn)數(shù)量非常少，群體分布、突變率、連鎖平衡、基因結(jié)構(gòu)等方面的信息尚不夠豐富，在法醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的應(yīng)用受限，遠(yuǎn)不及其他DNA遺傳標(biāo)記廣泛。但X染色體STR對于親子鑒定、個體識別、性別鑒定、X連鎖遺傳致病基因定位、易感基因的檢出，多基因遺傳病致病基因的定位、發(fā)病的分子遺傳機(jī)理研究、藥物的設(shè)計(jì)及使用等方面有獨(dú)特的優(yōu)勢。故X染色體的有關(guān)研究有重要的意義。

X染色體遺傳標(biāo)記的研究在國內(nèi)還處于初期，目前國際上商品化檢測試劑盒僅有德國Biotype?Argus?X-8，該類試劑盒在法醫(yī)學(xué)應(yīng)用實(shí)踐中存在以下問題：

1)采用這類試劑盒需要增加遺傳標(biāo)記時遇到困難；

2)這些X-STR基因位點(diǎn)都是基于中國群體以外的群體(主要是白人群體)資料而開發(fā)的，其中有些基因位點(diǎn)，在中國群體的基因頻率分布較差，個人識別能力較低。

3)國外商品化試劑盒價(jià)格昂貴。

這些缺點(diǎn)限制了X染色體遺傳標(biāo)記在國內(nèi)的應(yīng)用，不利于進(jìn)一步在基層推廣。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題就是尋找更多的能應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的X染色體STR位點(diǎn)并進(jìn)行群體遺傳學(xué)研究。

本發(fā)明提供了一種新的11個X染色體STR基因位點(diǎn)及其分型方法，其特征在于，選用的11個X-STR位點(diǎn)覆蓋了X染色體全長，在短臂的位點(diǎn)有DXS7130(4.15Mb)，DXS8378(8.78Mb)；其余都位于長臂上：DXS7132(60.8Mb)、DXS7424(99.39Mb)、DXS6789(91.95Mb)、DXS6799(92.95Mb)、DXS7133(107.8Mb)、DXS101(100.08Mb)、DXS6804(110.8Mb)、HPRTB(123.8Mb)、DXS7423(148.35Mb)。(表1)本發(fā)明所選的11個X-STR位點(diǎn)，擴(kuò)增片段最小的是DXS7133位點(diǎn)，102-126bp；擴(kuò)增片段最大的位點(diǎn)是DXS6799和HPRTB，271-299bp。所有位點(diǎn)片段大小適中，均適宜PCR擴(kuò)增。

表1