[發(fā)明專利]一種新的10個(gè)Y染色體短串聯(lián)重復(fù)序列位點(diǎn)及其分型方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 200810017379.1
• 申請日: 2008-01-22
• 公開（公告）號: CN101225386A
• 公開（公告）日: 2008-07-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李生斌;楊麗;賴江華;沈春梅;馬駿
• 申請（專利權(quán)）人: 西安交通大學(xué)
• 主分類號: C12N15/12
• 分類號: C12N15/12;C12Q1/68
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責(zé)任公司
• 代理人: 李鄭建

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種核酸檢測方法，涉及檢測人體基因組中具有多態(tài)性的遺傳標(biāo)記，特別涉及一種新的10個(gè)Y染色體STR基因位點(diǎn)及其分型方法。適用于法醫(yī)學(xué)、人類學(xué)、遺傳學(xué)和疾病等領(lǐng)域的個(gè)體識別、親子鑒定以及基因診斷等方面研究，同時(shí)也為遺傳制圖、基因分離、疾病連鎖分析及法醫(yī)學(xué)個(gè)體識別和親權(quán)鑒定等領(lǐng)域的理論與應(yīng)用研究提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

背景技術(shù)

短串聯(lián)重復(fù)序列(Short?Tandem?Repeat，STR)由2～6個(gè)堿基重復(fù)排列組成特異序列，STR是一類在人類基因組中分布廣泛并且具有高度多態(tài)性的遺傳標(biāo)記。短串聯(lián)重復(fù)序列在研究與應(yīng)用中具有以下顯著的優(yōu)點(diǎn)：片段長度小，易通過PCR擴(kuò)增及電泳分型；分型檢測靈敏度高、所需檢材量少，尤其適合各種陳舊、降解檢材的檢測；PCR擴(kuò)增結(jié)果穩(wěn)定，產(chǎn)生的附加帶及影子帶少；分型方法簡便、快速，重復(fù)性好等優(yōu)點(diǎn)，是繪制人類遺傳圖、疾病基因連鎖分析、遺傳病診斷、個(gè)體識別及親權(quán)鑒定等分析工作的重要工具。目前，STR是法醫(yī)DNA分析中最常用的一類遺傳標(biāo)記。

STR主要由于核心重復(fù)單位數(shù)目的變化形成了STR基因位點(diǎn)的遺傳多態(tài)性。STR等位基因片段可采用PCR技術(shù)擴(kuò)增，其等位基因可用銀染、熒光標(biāo)記和放射自顯影等技術(shù)分型。人類基因組中，平均每6-10kb就存在有一個(gè)STR基因位點(diǎn)，為法醫(yī)個(gè)人識別和親子鑒定提供了高信息基因位點(diǎn)的豐富來源。

Y染色體為男性所特有的染色體，在減數(shù)分裂的過程中不與X染色體發(fā)生重組交換，遺傳物質(zhì)由父親毫無變化(除突變外)的傳遞給兒子，即具有單倍體父系遺傳的特點(diǎn)。以往Y染色體僅被用在性別鑒定，直到二十世紀(jì)九十年代，才對Y染色體特有的STR序列及多態(tài)性進(jìn)行了較深入的研究，人們對Y染色體遺傳標(biāo)記的遺傳多態(tài)性和應(yīng)用有了新的認(rèn)識。研究Y染色體的兩個(gè)主要原因在于：其一，Y染色體遺傳標(biāo)記對混合DNA中男性成分的鑒定有獨(dú)特的優(yōu)勢；其二，通過Y染色體遺傳標(biāo)記可以追溯父系祖先。

由于Y染色體STR位點(diǎn)具有擴(kuò)增片段短、等位基因多、分型方法簡單和多態(tài)信息含量高的優(yōu)點(diǎn)，有些Y-STR位點(diǎn)已被列入常規(guī)法醫(yī)檢驗(yàn)項(xiàng)目，用于個(gè)體識別和親子鑒定。Y染色體STR的應(yīng)用主要有以下幾個(gè)方面：

(1)用于大量人群的個(gè)人識別，其中包括性侵犯案件中混合斑的DNA分析、走失人員的尋找以及親子鑒定，特別適用于法醫(yī)學(xué)實(shí)踐中父方缺(如去世或失蹤)情況下的親權(quán)鑒定和強(qiáng)(輪)奸案中混合斑的個(gè)人認(rèn)定，尤其對認(rèn)定患無精癥或少精癥的犯罪嫌疑人更具有獨(dú)到之處；

(2)用于研究人類起源、進(jìn)化、遷移及部族關(guān)系、作為家系研究的有機(jī)補(bǔ)充；

(3)用于臨床醫(yī)學(xué)疾病關(guān)聯(lián)分析，相關(guān)基因的定位和發(fā)病的分子遺傳機(jī)理的闡明以及環(huán)境因子易感基因的檢出等；

(4)用于研究男性不育的遺傳學(xué)原因；對異性別及非血緣的供、受者異基因骨髓移植進(jìn)行植活診斷的監(jiān)測。

由于Y染色體遺傳標(biāo)記自身的遺傳特點(diǎn)，要提高Y染色體的鑒別能力，就需要不斷地增加新的Y染色體遺傳標(biāo)記，尋找更多的能應(yīng)用于法醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域的Y染色體STR位點(diǎn)并進(jìn)行群體遺傳學(xué)研究，是本領(lǐng)域亟待解決的問題。

STR的分型，目前最常用的是應(yīng)用PCR擴(kuò)增STR，將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行聚丙烯酰胺凝膠電泳(polyacryamide?gel?electropHoresis，PAGE)，根據(jù)片段的大小決定基因型并計(jì)算等位基因頻率及遺傳距離并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。對于PCR產(chǎn)物的檢測可用自顯影技術(shù)，PAGE結(jié)合銀染，以及熒光標(biāo)記序列儀自動(dòng)分析系統(tǒng)等方法。

Y染色體STR基因位點(diǎn)的研究在國內(nèi)還處于初期，目前國際上科學(xué)家們對Y-STR的研究形成了一個(gè)新的高潮，尤其在法醫(yī)遺傳學(xué)方面，已發(fā)現(xiàn)200多Y染色體STR和SNP遺傳標(biāo)記，已有商品化試劑盒研制成功，并已在歐洲廣泛應(yīng)用。目前國際上Y-STR商品化檢測試劑盒多由生物公司研制生產(chǎn)，試劑盒名稱、生產(chǎn)廠家及所包括Y-STR基因位點(diǎn)信息如下：

(1)Y-PLEX^TM?12?kit(Reliagene?Technologies?Inc.New?Orleans，LA)：DYS19，DYS389?I，DYS389?II，DYS390，DYS391，DYS392，DYS393，DYS385a，b，DYS438，DYS439；