[發明專利]CYP2C19基因第六號外顯子的單核苷酸多態性的檢測方法

無效

• 申請號: 200710041721.7
• 申請日: 2007-06-07
• 公開（公告）號: CN101063172A
• 公開（公告）日: 2007-10-31
• 發明（設計）人: 秦勝營;賀林;陳玲玲;邢清和
• 申請（專利權）人: 上海交通大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;C07H21/00
• 代理公司: 上海交達專利事務所
• 代理人: 毛翠瑩

技術領域

本發明涉及的是基因技術領域的核酸及其引物和檢測方法，具體地講是一種分離核酸、一種等位基因特異性的核酸引物和CYP2C19基因第六號外顯子的單核苷酸多態性的檢測方法。

背景技術

細胞色素氧化酶P4502?C19(CYP2C19)又稱為S-美芬妥英羥化酶，是細胞色素P450的一個成員，在CYP2C家族中，通過cDNA克隆方法已鑒定出6個基因，即CYP2C8、CYP2C9、CYP2C10、CYP2C17、CYP2C18、CYP2C19，其中CYP2C19催化臨床常用的多種藥物包括質子泵抑制劑(PPI)如奧美拉唑等藥物在人體內的氧化代謝反應，是人類肝臟細胞色素氧化酶p450酶系中的一種肝藥酶。該酶活性的遺傳多態性影響著許多臨床藥物的代謝，其活性存在明顯的個體差異，很多藥物是CYP2C19的誘導劑和抑制劑，在藥物聯合使用時，常使CYP2C19酶活性的個體差異得到放大，以至于影響到藥物的安全性和有效性。CYP2C19酶活性還與腫瘤的發生密切相關，食管癌患者CYP2C19PM者發生率顯著高于正常對照組。此外，性別也可能影響CYP2C19的活性，女性的CYP2C19活性比男性高。年齡對CYP2C19活性亦有影響，Tanaka將研究的對象分成5個年齡組，實驗結果表明CYP2C19在出生時最低，隨后立即升高，至成年期達到最高峰，到老年時又下降。CYP2C19的活性受到遺傳因素及環境因素的影響，但遺傳因素是最主要的原因。多數CYP2C19的單核苷酸突變可以影響基因的后續轉錄和表達，進而改變了酶的結構和活性，這是造成個體差異的主要原因。鑒于CYP2C19在藥物代謝中的作用及活性存在個體差異，因此對解決CYP2C19基因多態性的檢測和相關問題是現有技術急需解決的技術難題。

對現有文獻的檢索，未發現有本發明的CYP2C19基因第六號外顯子(C905G)SNP(單核苷酸多態性)相關的報道。

發明內容

本發明的目的在于克服現有技術中的不足，提供一種CYP2C19基因第六號外顯子的單核苷酸多態性的檢測方法，同時涉及一種分離核酸、一種等位基因特異性的核酸引物，可用于評估個體患CYP2C19基因的第六號外顯子相關疾病的易感性，以及用于CYP2C19基因多態性與臨床用藥安全關系的研究。

本發明是通過以下技術方案實現的，第一方面，提供了一種檢測人CYP2C19基因第六號外顯子的單核苷酸多態性的方法，它包括步驟：

(a)采用Primer?5.0等相關軟件，以GenBank數據庫CYP2C19基因(AY796203)第六號外顯子以及外顯子與內含子接合部位序列為模板設計一對等位基因特異性的核酸引物，利用引物對來擴增CYP2C19基因的第六號外顯子的DNA序列，對擴增產物進行分離純化，得到相應分離核酸。

(b)檢測在所述位置是否存在單核苷酸多態性。采用一些分析技術可用于檢測分離核酸的CYP2C19基因第六號外顯子的SEQ?ID?NO：1所示序列的第905位核苷酸是否存在單核苷酸多態性，即C→G多態性。

這些分析技術包括(但并不限于)：DNA測序法、雜交測序法；酶促錯配切割法、異源雙鏈分析法、點雜交法、寡核苷酸陣列法、微測序法、Taqman技術、分子信標法，變性高效液相色譜法。

在本發明的第二方面，提供了一種分離核酸，它具有SEQ?ID?NO：1所示的序列，且第905位為G。

在本發明的第三方面，提供了一種等位基因特異性的核酸引物，其長度為15-50bp，且特異性地雜交并擴增出含人CYP2C19基因第六號外顯子的SEQ?ID?NO：1所示序列的第905位的單核苷酸多態性的擴增產物。

本發明所述的“分離純化”是指在基因組DNA水平上，利用引物對來擴增每個多態性位點的基因序列和利用純化試劑盒對擴增產物進行提純。

用于本發明的測試樣品沒有特別限制，對于檢測SNP而言，可以是從血液、組織等樣品中抽提出的DNA或mRNA。對于CYP2C19基因第六號外顯子活性而言，可以任何含有CYP2C19基因第六號外顯子的樣品，如血液等。