[發明專利]壇紫菜種質鑒定的指紋圖譜的構建方法及其應用

無效

• 申請號: 200710009323.7
• 申請日: 2007-08-03
• 公開（公告）號: CN101126746A
• 公開（公告）日: 2008-02-20
• 發明（設計）人: 陳昌生;謝潮添;紀德華;徐燕
• 申請（專利權）人: 集美大學
• 主分類號: G01N30/00
• 分類號: G01N30/00;G01N1/28;C12Q1/68
• 代理公司: 廈門南強之路專利事務所
• 代理人: 馬應森

技術領域

本發明涉及一種壇紫菜的指紋圖譜，尤其是涉及一種壇紫菜種質鑒定的指紋圖譜的構建方法及其應用。

背景技術

壇紫菜(Porphyra?haitanensis)是我國特有的暖溫帶性品種，是福建、浙江和廣東沿海人工養殖的重要經濟紅藻，其產量約占全國紫菜總產量的80％。以往紫菜的分類主要是依靠形態學的方法，然而由于大多數形態性狀受環境因數影響大，可描述的特征有限，已經很難滿足紫菜種質鑒定和良種選育的要求。分子標記技術的出現給這一問題的解決帶來了契機，它直接在DNA水平上標記檢測基因組的遺傳變異，不受發育時期和環境因素的影響，數量豐富且多態性好，已經廣泛應用于高等植物的種質鑒定中。

SRAP——相關序列擴增多態性標記是一種新型的分子標記技術，具有多態性高，產率中等，重復性好，操作簡單，在基因組中分布均勻，較易對擴增得到的目標片段進行測序，引物具有通用性，而且其正向引物可以與反向引物兩兩搭配組合，用少量引物即可組配得到多個引物對，從而提高引物的使用效率，降低引物合成成本等諸多優點，已經廣泛用于植物遺傳多樣性分析、指紋圖譜構建、種質鑒定以及遺傳連鎖圖譜的繪制(參見文獻：Li?G，Quiros?CF.Sequence-related?amplified?polymorphism(SRAP)，a?new?marker?system?based?on?a?simple?PCRreaction：its?application?to?mapping?and?gene?tagging?in?Brassica.Theor?Appl?Genet，2001，103：455-461)，但在海藻中的應用至今未見相關報道。

發明內容

本發明的目的在于提供一種快速、準確的壇紫菜種質鑒定的指紋圖譜的構建方法及其在實現壇紫菜種質鑒定自動化的應用。

本發明的技術方案是利用一種相關序列擴增多態性標記(Sequence-Related?AmplifiedPolymorphism，SRAP)來標記構建壇紫菜的指紋圖譜，并利用所構建的指紋圖譜實現壇紫菜種質鑒定自動化的方法。

本發明所述的壇紫菜種質鑒定的指紋圖譜的構建方法包括以下步驟：

1)收集壇紫菜樣品；

2)各樣品基因組DNA的提取與純化；

3)PCR擴增：利用所提取的基因組DNA作為模板，以經過優化的實驗體系進行SRAP分子標記分析；

4)選擇具有代表性的SRAP多態性條帶用于構建各供試樣品的DNA指紋圖譜；

5)將構建的DNA指紋圖譜轉化成為計算機可以識別的數碼指紋，并輸入指紋圖譜識別軟件中，建立壇紫菜種質的數碼指紋庫，用于后續的壇紫菜種質鑒定；

6)壇紫菜種質的自動化鑒定。

壇紫菜樣品可收集生產或科學研究上具有代表性的壇紫菜品系，例如表1所示的部分生產或科學研究上具有代表性的壇紫菜品系。

表1生產或科學研究上具有代表性的壇紫菜品系