[發明專利]編碼的多重粒子的比較基因組雜交

有效

• 申請號: 200680053334.9
• 申請日: 2006-12-22
• 公開（公告）號: CN101384732A
• 公開（公告）日: 2009-03-11
• 發明（設計）人: 馬克·N·博布羅;小卡爾·E·阿德勒;麥克·J·舍默
• 申請（專利權）人: 珀金埃爾默LAS公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12M3/00
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所
• 代理人: 封新琴;巫肖南

相關申請的交叉引用

本申請要求下述申請的優先權：于2005年12月23日提交的美國申請序 號60/753,584；于2005年12月23日提交的美國專利序號60/753,822；于2006 年2月3日提交的美國專利序號60/765,311，和于2006年2月3日提交的美 國專利序號60/765,355，上述每個申請的內容通過引用并入本文。

背景

比較基因組雜交(CGH)是評價基因組內容物(genomiccontent)的方法。例 如，可以使用CGH分析先天性異常、遺傳疾病和癌癥。

概述

我們已經發現使用編碼的粒子平行地評價多個樣品，從而評價基因組內 容物的方法。在一些實施方案中，可以通過平行地評價來自未知樣品的DNA 和參比DNA，來檢測基因組內容物中的差別，例如，無需將用于分析的DNA 與參比DNA組合成單一的混合物。用于分析的DNA和參比DNA保持彼此 分離。例如，可以用單一標記評價多個樣品。在其它一些實施方案中，通過 比較相同混合物中用于分析的DNA和參比DNA，使用單一的檢測標記檢測 基因組內容物的差別。例如，用于分析的DNA和參比DNA可具有不同的直 接或間接標記。還可以使用本方法評價其它核酸，例如，mRNA，如用于基 因表達分析中。

在一個方面，本公開的特征在于評價基因組DNA的方法。本方法使用混 合物，其包括來自不同粒子集的粒子。每個粒子集包含大量的編碼的粒子， 和用于特定基因組基因座的核酸雜交探針，使得所述混合物共同地包括用于 多個不同基因組基因座的探針。該方法可以包括：提供基因組DNA樣品和粒 子混合物；在雜交條件下將樣品與部分粒子混合物接觸；和通過監測可檢測 標記，在混合物的各個部分評價樣品與粒子的雜交。監測信號表示每個需要 研究的(interrogated)基因組基因座的拷貝數。

可以提供多于一個的核酸樣品(例如，包括基因組DNA的樣品)。例如， 可以根據本發明評價每個核酸樣品。可以在不同的腔室(compartment)內評價 樣品。在一些實施方案中，可以在同樣的腔室內評價多于一個DNA樣品。

在一些實施方案中，可以用光譜法檢測可檢測標記。例示性的可檢測標 記可以包含藻紅蛋白或其它熒光分子。

在一些實施方案中，核酸雜交探針包括或源自克隆的核酸。例如，核酸 雜交探針可以包含來自細菌人工染色體(BAC)的核酸。BAC核酸可以包含人 基因組DNA的片段或非人(例如，小鼠、大鼠、兔、豚鼠、倉鼠、羊、牛、 狗、貓、馬、鳥、爬行動物、非人靈長類(例如，猴或狒狒)，或蒼蠅)基因組 DNA的片段。

在一些實施方案中，核酸雜交探針可以包含對特定的染色體基因座具有 特異性的一個或多個寡核苷酸(例如，寡核苷酸的集合)。例如探針可以對彼此 為50、20、5、2、1或0.5百萬堿基(megabases)之內的序列具有特異性。

在一些實施方案中，例如，可以使用至少2、5、10、20、50、100或200 個不同的粒子集，來評價不同的基因組基因座各自的數目。在一些實施方案 中，粒子集中所有編碼的粒子可以具有同樣的編碼(code)。在其它實施方案中， 每個粒子具有唯一的編碼，并儲存信息，指示哪個粒子在哪個粒子集中或哪 些探針附接于每個粒子。

在一些實施方案中，多個樣品中至少一個樣品可為參比樣品，其中每個 需要測定的基因組基因座的拷貝數已知。方法可以包括，將參比樣品的監測 信號與其它樣品的信號進行比較，以確定樣品中每個需要測定的基因組基因 座的拷貝數。

在一些實施方案中，當提供多于一個的DNA樣品時，將每個樣品用第一 間接標記來標記，并可將每個樣品與用第二間接標記來標記的參比DNA組 合。參比DNA可為來自參比來源、每個需要測定的基因組基因座拷貝數都已 知的基因組DNA。例如，第一間接標記可以是熒光素，而第二間接標記可以 是生物素。