[發明專利]編碼的多重粒子的比較基因組雜交

有效

• 申請號: 200680053334.9
• 申請日: 2006-12-22
• 公開（公告）號: CN101384732A
• 公開（公告）日: 2009-03-11
• 發明（設計）人: 馬克·N·博布羅;小卡爾·E·阿德勒;麥克·J·舍默
• 申請（專利權）人: 珀金埃爾默LAS公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12M3/00
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所
• 代理人: 封新琴;巫肖南

1.評價基因組DNA的方法，所述方法包括：

提供多個DNA樣品，其中所述多個DNA樣品中的至少一個是參比DNA 樣品，其對于每個需要測定的基因組基因座包含已知的拷貝數，而且所述多 個DNA樣品中的至少一個是未知基因組內容物的基因組DNA樣品；

提供粒子混合物，所述混合物包含來自不同粒子集的粒子，其中每個粒 子集包含大量編碼的粒子，其中集中的每個粒子包含：(i)相同編碼和(ii)用于 特定基因組基因座的核酸雜交探針，其中每個不同的粒子集對于不同的基因 組基因座是特異性的，使得所述粒子混合物共同地包括用于大量不同基因組 基因座的探針，其中利用克隆的核酸或BAC核酸產生每個核酸雜交探針；

用可測定的標記來標記至少一個基因組DNA樣品和至少一個參比DNA 樣品；

在雜交條件下將每個標記的樣品與一部分粒子混合物接觸以提供參比 DNA粒子混合物和基因組DNA粒子混合物；

在混合物的各個部分中，通過監測(i)所述編碼粒子的編碼和(ii)可測定的 標記來評價每個標記的基因組DNA樣品和標記的參比基因組DNA樣品與粒 子的雜交，其中可測定的標記的監測信號表示每個需要測定的基因組基因座 的拷貝數；和

將由與所述參比DNA粒子混合物和所述基因組DNA粒子混合物中相同 的基因組基因座雜交的探針產生的信號進行比較，以確定所述基因組DNA樣 品中存在的兩個或多個不同的基因組基因座的拷貝數。

2.權利要求1的方法，其中使用單一的可測定的標記。

3.權利要求1的方法，其中可通過光譜檢測所述可測定的標記。

4.權利要求3的方法，其中所述可測定的標記包含藻紅蛋白。

5.權利要求1的方法，其中所述BAC核酸包括人基因組DNA的片段。

6.權利要求1的方法，其中所述BAC核酸包括非人基因組DNA的片段。

7.權利要求1的方法，其中所述核酸雜交探針包含對特定的染色體基因 座具有特異性的寡核苷酸集合。

8.權利要求1的方法，其中使用至少20個不同的粒子集來評價至少20 個不同的基因組基因座。

9.權利要求1的方法，其中所述多個DNA樣品中至少一個樣品是參比 樣品，每個需要測定的基因組基因座的拷貝數已知，而且所述方法包括將參 比樣品的監測信號與其它樣品的信號進行比較，以確定樣品中每個需要測定 的基因組基因座的拷貝數。

10.權利要求1的方法，其中每個基因組DNA樣品用第一間接標記做標 記，而且每個樣品與用第二間接標記做標記的參比DNA組合。

11.權利要求10的方法，其中參比DNA是來自參比來源的基因組DNA， 其每個需要測定的基因組基因座的拷貝數已知。

12.權利要求10的方法，其中第一間接標記是熒光素，而第二間接標記 是生物素。

13.權利要求1的方法，其中所述評價包含(i)將包含單一標記和與第一間 接標記結合的物質的第一組成部分與所述基因組DNA樣品的第一部分結合， 和(ii)將包含單一標記和與第二間接標記結合的物質的第二組成部分與所述 基因組DNA樣品的第二部分結合。

14.權利要求13的方法，其中所述第一組成部分包含抗生蛋白鏈菌素和 藻紅蛋白，而所述第二組成部分包含抗熒光素和藻紅蛋白。

15.權利要求1的方法，其中每個參比DNA樣品和每個基因組DNA樣 品存在于多腔室設備中不同的腔室中。

16.權利要求15的方法，其中每個參比DNA樣品和每個基因組DNA樣 品在多孔板中不同的孔中。

17.權利要求1的方法，其中對于每個基因組樣品，評價了來自每個不 同粒子集的至少100個粒子。

18.權利要求1的方法，其中在多個不同染色體基因座的雜合性是可檢測的。