[發(fā)明專(zhuān)利]與急性排異反應(yīng)有關(guān)的IMPDH2 SNP

無(wú)效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 200680020898.2
• 申請(qǐng)日: 2006-06-07
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN101194025A
• 公開(kāi)（公告）日: 2008-06-04
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: L·埃塞奧克斯;D·費(fèi)恩茲勒;L·哈希莫托;K·林德派因特納;M·拉希福德;O·斯普雷斯;M·特魯曼;A·沃爾伽利
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 弗·哈夫曼－拉羅切有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/68
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 北京市中咨律師事務(wù)所
• 代理人: 黃革生;林柏楠

本發(fā)明涉及用于腎移植急性排異反應(yīng)的標(biāo)記。

腎移植術(shù)常與移植物的急性排異反應(yīng)有關(guān)。有利的是鑒定免疫調(diào)節(jié)基因內(nèi)允許預(yù)測(cè)個(gè)體移植后不良后果風(fēng)險(xiǎn)的基因多態(tài)性，以及預(yù)測(cè)哪些患者更易于發(fā)生副作用和/或哪些患者可能發(fā)展成更嚴(yán)重的病態(tài)及腎衰竭。此外，由于靶內(nèi)和藥物的生物合成途徑及代謝途徑內(nèi)的遺傳變異可以影響個(gè)體對(duì)療法的反應(yīng)，故與霉酚酸酯(MMF)或環(huán)孢菌素A(CsA)代謝有關(guān)的基因多態(tài)性將可用作標(biāo)記以預(yù)測(cè)對(duì)療法的反應(yīng)。

本發(fā)明以IMPDH2(肌苷一磷酸脫氫酶2)基因座內(nèi)的單核苷酸多態(tài)性(SNP)(T3757C)與腎移植排異反應(yīng)的聯(lián)系為基礎(chǔ)。該基因座對(duì)應(yīng)于Seq?IDNo.1的位置3757。Seq?ID?No.1代表IMPDH2基因的外顯子1至13。在此位置內(nèi)的多態(tài)性由IMPDH2基因座的內(nèi)含子7中核苷酸T替換為C組成。

IMPDH2是活化的淋巴細(xì)胞內(nèi)GMP從頭(de?novo)合成的限速酶。它的活性與細(xì)胞生長(zhǎng)相關(guān)，并且IMPDH2是眾多已證實(shí)及實(shí)驗(yàn)性藥物(包括MMF)療法的靶。MPA是在口服施用藥物MMF(MPA的2-嗎啉代乙酯)后水解產(chǎn)生的活性代謝物；MPA有效地、選擇性地和可逆地抑制IMPDH2。IMPDH2表達(dá)的改變與移植排異反應(yīng)有關(guān)(Vannozzi等，Transplant?Proc.2004，36(9)，2787-2790)。

本發(fā)明涉及在本文中證實(shí)與急性腎移植排異反應(yīng)有關(guān)的先前未知的IMPDH基因多態(tài)性。所述的多態(tài)性位于Seq?ID?No.1的位置3757處的核苷酸，其中在此位置的T由C替換。因此，包含位置3757處的核苷酸T由C替換的Seq?ID?No.1的分離的核酸分子及其片段預(yù)示著患者對(duì)急性腎移植排異反應(yīng)的易感性。因此，在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及包含位置3757處的核苷酸T由C替換的Seq?ID?No.1的分離核酸分子。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明還涉及包含Seq?ID?No.1的片段的分離的核酸分子，其中所述的片段包括Seq?ID?No.1的位置3757并且在位置3757處的核苷酸T由C替換。

本發(fā)明還涉及用于評(píng)估患者內(nèi)急性腎移植排異反應(yīng)的易感性的方法，包括a)從已經(jīng)自患者中取出的樣品內(nèi)分離核酸，和b)檢測(cè)SEQ?ID?No.1的位置3757處的核苷酸，其中在此位置存在C預(yù)示著有腎移植排異反應(yīng)，c)任選地檢測(cè)一種或多種用于預(yù)測(cè)急性腎移植排異反應(yīng)的其它標(biāo)記。

所述任選的一種或多種標(biāo)記可以是存在于其它基因內(nèi)的多態(tài)性。優(yōu)選地，以上方法的步驟c)包括檢測(cè)在Seq.ID?No.5的位置176處的核苷酸(C3435T)，其中在此位置存在T預(yù)示著有腎移植排異反應(yīng)，和/或包括檢測(cè)在Seq.ID?No.6的位置682處的核苷酸(-592?C＞A)，其中在此位置存在A預(yù)示著有腎移植排異反應(yīng)。Seq?ID?No.5為人多藥耐藥性1基因(MDR1)的外顯子26。Seq?ID?No.6為人白細(xì)胞介素10(IL?10)基因的啟動(dòng)子區(qū)。

優(yōu)選地，用于以上方法的樣品是全血。所述的樣品還可以是血清或血漿。

可以通過(guò)適用于基因分型的任意方法開(kāi)展對(duì)本文此前所述核苷酸的檢測(cè)。在以上所述的IMPDH核酸序列內(nèi)的多態(tài)性存在可以通過(guò)差異性核酸分析技術(shù)如限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析、使用質(zhì)譜法對(duì)PCR產(chǎn)物的直接質(zhì)量分析、直接分析侵入性切割產(chǎn)物、基于延伸的技術(shù)如ARMS^TM(擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng))、ALEX^TM(擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng)線(xiàn)性延伸)和COPS(競(jìng)爭(zhēng)性寡核苷酸引發(fā)系統(tǒng))、OLA(寡核苷酸連接測(cè)定)、侵入者分析法、直接的序列分析或聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)分析加以確定。

在一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施方案中，方法是雙脫氧測(cè)序法。一個(gè)更優(yōu)選的方法是熱循環(huán)測(cè)序法。

為了檢測(cè)上述的IMPDH多態(tài)性，在最優(yōu)選的實(shí)施方案，所述的測(cè)序使用Seq?ID?No.10和Seq?ID?No.11的引物開(kāi)展。

檢測(cè)任一多態(tài)性的核苷酸的優(yōu)選方法是定量PCR。

在更優(yōu)選的實(shí)施方案，所述的方法是使用僅與一個(gè)等位基因退火而不與另一個(gè)等位基因退火的等位基因特異性引物的等位基因特異性定量PCR。一種這樣的定量PCR是動(dòng)態(tài)熱循環(huán)法(KTC)。一個(gè)更優(yōu)選的檢測(cè)方法是與KTC結(jié)合的擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng)(ARMS)，這允許在單管內(nèi)區(qū)分單核苷酸多態(tài)性(SNP)，而不使用熒光探針(Higuchi等，Biotechnology(1993)，11，1026-1030)。