[發明專利]與急性排異反應有關的IMPDH2 SNP

無效

• 申請號: 200680020898.2
• 申請日: 2006-06-07
• 公開（公告）號: CN101194025A
• 公開（公告）日: 2008-06-04
• 發明（設計）人: L·埃塞奧克斯;D·費恩茲勒;L·哈希莫托;K·林德派因特納;M·拉希福德;O·斯普雷斯;M·特魯曼;A·沃爾伽利
• 申請（專利權）人: 弗·哈夫曼－拉羅切有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京市中咨律師事務所
• 代理人: 黃革生;林柏楠

本發明涉及用于腎移植急性排異反應的標記。

腎移植術常與移植物的急性排異反應有關。有利的是鑒定免疫調節基因內允許預測個體移植后不良后果風險的基因多態性，以及預測哪些患者更易于發生副作用和/或哪些患者可能發展成更嚴重的病態及腎衰竭。此外，由于靶內和藥物的生物合成途徑及代謝途徑內的遺傳變異可以影響個體對療法的反應，故與霉酚酸酯(MMF)或環孢菌素A(CsA)代謝有關的基因多態性將可用作標記以預測對療法的反應。

本發明以IMPDH2(肌苷一磷酸脫氫酶2)基因座內的單核苷酸多態性(SNP)(T3757C)與腎移植排異反應的聯系為基礎。該基因座對應于Seq?IDNo.1的位置3757。Seq?ID?No.1代表IMPDH2基因的外顯子1至13。在此位置內的多態性由IMPDH2基因座的內含子7中核苷酸T替換為C組成。

IMPDH2是活化的淋巴細胞內GMP從頭(de?novo)合成的限速酶。它的活性與細胞生長相關，并且IMPDH2是眾多已證實及實驗性藥物(包括MMF)療法的靶。MPA是在口服施用藥物MMF(MPA的2-嗎啉代乙酯)后水解產生的活性代謝物；MPA有效地、選擇性地和可逆地抑制IMPDH2。IMPDH2表達的改變與移植排異反應有關(Vannozzi等，Transplant?Proc.2004，36(9)，2787-2790)。

本發明涉及在本文中證實與急性腎移植排異反應有關的先前未知的IMPDH基因多態性。所述的多態性位于Seq?ID?No.1的位置3757處的核苷酸，其中在此位置的T由C替換。因此，包含位置3757處的核苷酸T由C替換的Seq?ID?No.1的分離的核酸分子及其片段預示著患者對急性腎移植排異反應的易感性。因此，在一個實施方案中，本發明涉及包含位置3757處的核苷酸T由C替換的Seq?ID?No.1的分離核酸分子。在另一個實施方案中，本發明還涉及包含Seq?ID?No.1的片段的分離的核酸分子，其中所述的片段包括Seq?ID?No.1的位置3757并且在位置3757處的核苷酸T由C替換。

本發明還涉及用于評估患者內急性腎移植排異反應的易感性的方法，包括a)從已經自患者中取出的樣品內分離核酸，和b)檢測SEQ?ID?No.1的位置3757處的核苷酸，其中在此位置存在C預示著有腎移植排異反應，c)任選地檢測一種或多種用于預測急性腎移植排異反應的其它標記。

所述任選的一種或多種標記可以是存在于其它基因內的多態性。優選地，以上方法的步驟c)包括檢測在Seq.ID?No.5的位置176處的核苷酸(C3435T)，其中在此位置存在T預示著有腎移植排異反應，和/或包括檢測在Seq.ID?No.6的位置682處的核苷酸(-592?C＞A)，其中在此位置存在A預示著有腎移植排異反應。Seq?ID?No.5為人多藥耐藥性1基因(MDR1)的外顯子26。Seq?ID?No.6為人白細胞介素10(IL?10)基因的啟動子區。

優選地，用于以上方法的樣品是全血。所述的樣品還可以是血清或血漿。

可以通過適用于基因分型的任意方法開展對本文此前所述核苷酸的檢測。在以上所述的IMPDH核酸序列內的多態性存在可以通過差異性核酸分析技術如限制性片段長度多態性分析、使用質譜法對PCR產物的直接質量分析、直接分析侵入性切割產物、基于延伸的技術如ARMS^TM(擴增阻滯突變系統)、ALEX^TM(擴增阻滯突變系統線性延伸)和COPS(競爭性寡核苷酸引發系統)、OLA(寡核苷酸連接測定)、侵入者分析法、直接的序列分析或聚合酶鏈式反應分析加以確定。

在一個優選的實施方案中，方法是雙脫氧測序法。一個更優選的方法是熱循環測序法。

為了檢測上述的IMPDH多態性，在最優選的實施方案，所述的測序使用Seq?ID?No.10和Seq?ID?No.11的引物開展。

檢測任一多態性的核苷酸的優選方法是定量PCR。

在更優選的實施方案，所述的方法是使用僅與一個等位基因退火而不與另一個等位基因退火的等位基因特異性引物的等位基因特異性定量PCR。一種這樣的定量PCR是動態熱循環法(KTC)。一個更優選的檢測方法是與KTC結合的擴增阻滯突變系統(ARMS)，這允許在單管內區分單核苷酸多態性(SNP)，而不使用熒光探針(Higuchi等，Biotechnology(1993)，11，1026-1030)。