[發明專利]輔助探針及其利用方法

有效

• 申請號: 200680006207.3
• 申請日: 2006-02-27
• 公開（公告）號: CN101128582A
• 公開（公告）日: 2008-02-20
• 發明（設計）人: 藤川利彥;薄井貢
• 申請（專利權）人: 衛材R&D管理有限公司
• 主分類號: C12N15/09
• 分類號: C12N15/09;C12Q1/68;G01N33/566
• 代理公司: 中科專利商標代理有限責任公司
• 代理人: 李貴亮

技術領域

本發明涉及一種在使用了形成自身聚集體的一對寡核苷酸的信號擴增方法中使用的輔助探針及其利用方法。更具體而言，涉及一種在使用微板型、載玻片型、微粒型、導電性基板等支撐體的DNA芯片(以下總稱為DNA芯片)上可以提高使用上述信號擴增方法時的靈敏度以及同時檢測多基因的輔助探針、使用了該輔助探針的目標基因的檢測方法、和使用了該輔助探針的信號探針聚合物的形成方法。

背景技術

作為不使用酶的信號擴增方法，有報道使用下述化學式(1)和下述化學式(2)所示的一對寡核苷酸(以下稱為HCP)，形成HCP的自身聚集體(聚合物)的信號擴增方法(以下稱為PALSAR法)，以及利用該方法的基因的檢測方法(專利文獻1及2等)。

[化1]

[化2]

在所述式(1)及(2)中，區域X與區域X’、區域Y與區域Y’、區域Z與區域Z’分別為可以雜交的互補核酸區域，利用多對HCP的結合形成下述化學式(3)所示的自身聚集體。在本說明書中，信號探針聚合物是指利用HCP形成的所述自身聚集體。另外，輔助探針是指具有與將要檢測的目標基因互補的序列以及與HCP互補的序列的雙方的探針，起到連接目標基因和信號探針聚合物的作用。

[化3]

另外，專利文獻3公開了利用PALSAR法的DNA芯片上的目標基因的檢測方法。專利文獻1～3公開了形成目標基因與自身聚集體的復合體，通過檢測自身聚集體來高靈敏度地檢測目標基因的方法。作為在目標基因上形成信號探針聚合物的方法，包含將HCP設計(design)成在HCP自身含有與目標基因互補的序列的方法以及使用輔助探針的方法。其中，形成輔助探針的方法具有的優點是，通過準備多個改變了與目標基因互補的部分的輔助探針，可以利用一對HCP同時檢測多個基因。

在專利文獻1～3中，圖示有具有與HCP的1區域互補的序列的輔助探針，但關于怎樣的輔助探針能夠靈敏度高地檢測出目標基因，并沒有進行探討。

專利文獻1：專利第3267576號

專利文獻2：專利第3310662號

專利文獻3：國際公開第2003/029441號說明書

專利文獻4：國際公開第2004/074480號說明書

專利文獻5：國際公開第2004/072302號說明書

發明內容

鑒于上述以往技術的現狀，對于可以提高利用與同時檢測多種基因相對應的PALSAR法的檢測靈敏度，本發明人等進行了潛心研究。結果發現適于PALSAR法的輔助探針的設計方法。本發明的目的在于，提供一種可以提高PALSAR法的靈敏度而且可以同時檢測多基因的目標基因的檢測方法、在該方法中使用的輔助探針以及使用了該輔助探針的信號探針聚合物的形成方法。

為了解決上述課題，本發明人等對輔助探針的設計進行了潛心研究，結果發現PALSAR法中最適合的輔助探針的設計方法，以至完成本發明。即，本發明的目標基因的檢測方法是使用包含如下所述的兩個探針的一對第一及第二探針(總稱為HCP)、以及具有多個與所述第一探針相同的核酸區域和可以與目標基因雜交的目標區域的輔助探針，形成信號探針聚合物，來檢測目標基因的方法，其中的兩個探針為：

從5’端部開始依次設置核酸區域X、核酸區域Y及核酸區域Z，具有下述化學式(1)的結構，包含3處核酸區域的第一探針(也稱為HCP-1)；

[化4]

從5’端部開始依次設置核酸區域X’、核酸區域Y’及核酸區域Z’，具有下述化學式(2)的結構，包含3處核酸區域的第二探針(也稱為HCP-2)；

[化5]

(在所述化學式(1)及(2)中，核酸區域X與核酸區域X’、核酸區域Y與核酸區域Y’、核酸區域Z與核酸區域Z’分別為可以雜交的互補區域)

該方法中，所述輔助探針具有從5’端部開始依次設置所述核酸區域X、所述核酸區域Y、所述核酸區域X及所述目標區域的結構，或從5’端部開始依次設置所述目標區域、所述核酸區域Z、所述核酸區域Y及所述核酸區域Z的結構。

作為所述輔助探針，也可以在所述目標區域與所述核酸區域X或所述核酸區域Z之間，還具有不與目標基因以及所述第一及第二探針雜交的間隔區域。