[發(fā)明專利]檢測全基因組CpG島的寡核苷酸芯片及其應用

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 200610147474.4
• 申請日: 2006-12-19
• 公開（公告）號: CN101205559A
• 公開（公告）日: 2008-06-25
• 發(fā)明（設計）人: 秦穎;肖華勝
• 申請（專利權）人: 上海生物芯片有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G01N21/64
• 代理公司: 上海浦一知識產(chǎn)權代理有限公司
• 代理人: 陳履忠

1.一種檢測全基因組CpG島的寡核苷酸芯片，包括固相載體和探針，其特征在于，所述探針與全基因組中CpG島及CpG島上下游2kb區(qū)域的核苷酸序列和/或其互補序列進行雜交。

2.如權利要求1所述的寡核苷酸芯片，其特征在于，所述的探針長度為30bp～55bp，Tm值為65℃～70℃，GC含量為50～60％，且每個CpG島設計6～10條探針。

3.如權利要求1所述的寡核苷酸芯片，其特征在于，所述探針的設計針對包括人類、大鼠、小鼠在內(nèi)的哺乳動物的全基因組CpG島及其上下游2kb區(qū)域的核苷酸序列。

4.如權利要求1所述的寡核苷酸芯片，其特征在于，所述固相載體選材為玻片、硅片、硝酸纖維素膜、尼龍膜和高分子材料中的一種或它們的任意組合。

5.一種應用權利要求1所述寡核苷酸芯片檢測全基因組CpG島的方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)抽提待測樣品核酸；

(2)對步驟(1)抽提的DNA進行純化；

(3)標記步驟(2)純化的DNA；

(4)選取權利要求1所述的寡核苷酸芯片，在適于與所選芯片進行雜交的條件下，加入經(jīng)標記的DNA，并使其反應足夠時間；

(5)檢測雜交反應結果，以確定待測樣品DNA的CpG島位置。

6.如權利要求5所述的方法，其特征在于，所述步驟(2)中，DNA經(jīng)純化后，可按不同的研究目的進行富集，并經(jīng)片段化處理。

7.如權利要求5所述的方法，其特征在于，步驟(3)所述的標記包括：熒光素標記、生物素標記、熒光共振能量轉(zhuǎn)移標記、放射性元素標記和酶標記。