[發明專利]用于肝內膽管癌FGFR2基因框內缺失突變的多重熒光定量檢測方法和檢測試劑盒

在審

• 申請號: 202310741808.4
• 申請日: 2023-06-21
• 公開（公告）號: CN116656826A
• 公開（公告）日: 2023-08-29
• 發明（設計）人: 濮曉紅;陳駿;祁良;李琳;付堯;劉彬彬;陳紹宇
• 申請（專利權）人: 南京鼓樓醫院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 南京眾聯專利代理有限公司 32206
• 代理人: 王荷英

膽管癌（Cholangiocarcinoma,CCA）惡性程度高，治療方法有限，根據其解剖位置的不同分為肝外膽管癌、肝內膽管癌和肝門部膽管癌；FGFR2基因融合在肝內膽管癌中相對富集，且針對FGFR2基因融合的藥物Pemigatinib是少數已經獲批的膽管癌靶向治療的藥物之一；除了FGFR2基因融合，近年來的研究發現FGFR2框內缺失突變在肝內膽管癌中也相對富集并且可以作為靶向治療的位點，但是目前除了二代測序之外并沒有關于FGFR2基因的多種熒光定量的檢測方法；本發明為了解決二代測序價格昂貴耗時長且判讀困難等缺點，特將擴增FGFR2基因框內缺失突變位點包括：FGFR2?p.A97_G103?del，p.H167_N173del，p.P286_K292?del，p.P170_K176del，p.L258_G271del，p.N631_M640del，p.I288_D304?del，p.E489del，p.P263_A266del，p.K545del，p.Q285_D304?del，p.I548Wfs*8，p.V280_K292del的引物探針制備于一個試劑盒中，簡單、快捷、價格低廉，適用于在臨床檢測。

技術領域

本發明屬于腫瘤的靶向檢測領域，具體涉及用于肝內膽管癌FGFR2基因框內缺失突變的多重熒光定量檢測方法，肝內膽管癌的檢測試劑盒，和用于擴增FGFR2基因框內缺失突變位點的引物探針，及其在制備診斷肝內膽管癌的檢測試劑盒中的應用。

背景技術

膽管癌（Cholangiocarcinoma,?CCA）是除了肝細胞癌之外發生率最高的原發性肝臟惡性腫瘤，根據其解剖位置的不同分為肝外膽管癌、肝內膽管癌和肝門部膽管癌。近年來，肝內膽管癌（Intrahepatic?cholangiocarcinoma,?ICC）的發病率逐年升高，據流行病學預測，在未來的20-30年間，ICC的發病數量將達到現在的10倍之多。但由于ICC發病隱匿，多數患者在初診時就已經是晚期，喪失了手術機會，而常規的系統性治療方法對患者獲益甚微，因此迫切需要從肝內膽管癌的發病機制出發尋找新的治療方法和治療策略。

2020年美國食品藥品監督管理局(FDA)批準了FGFR選擇性抑制劑Pemigatinib用于治療攜帶FGFR2（纖維細胞生長因子受體2）重排的局部晚期或轉移性膽管癌患者，該藥也于2022年在中國獲批上市。作為首個獲批應用于膽管癌治療的靶向藥物，Pemigatinib的成功上市開啟了靶向治療膽管癌的新紀元。既往對膽管癌中FGFR2基因變異的研究主要集中在基因融合/重排中。文獻報道，FGFR2基因融合主要富集于ICC而鮮少發生于肝外和肝門部膽管癌，且FGFR2融合基因的引入可以誘導正常的小鼠肝臟發生膽管癌，證明FGFR2基因融合/重排是ICC的重要發病機制之一。除了基因融合/重排(fusion/translocation)之外，點突變（site?mutation）、基因擴增(amplification)、框內缺失(in-frame?deletion)、截斷突變(truncated?deletion)等多種變異形式都可導致基因的功能性獲得，從而將正常的基因轉變為驅動性致癌基因。但迄今為止，在ICC中對除了重排之外的FGFR2其它變異體研究甚少。

2022年4月，來自哈佛大學醫學院的研究者首次提出發生在FGFR2胞外結構域的短片段框內缺失(Extracellular?Domain?In-Frame?Deletions?，EIDs)也是導致ICC發生的驅動因素。并嘗試將口服FGFR選擇性抑制劑Debio?1347應用于三名攜帶FGFR2?EIDs但喪失手術機會的ICC患者，后期的影像學數據證明三名患者在使用了Debio?1347一段時間后均獲得了疾病的部分緩解。其中一名患者在口服Debio?1347一段時間后發生了FGFR2?L618F耐藥位點的突變，繼續使用二代TKI抑制劑futibatinib后又獲得了17個月的部分緩解。這一結果證明FGFR2?EIDs的發生不僅在發育過程中會導致一系列的遺傳性疾病，同時強調了在腫瘤發生過程中的致癌性驅動作用和應用靶向藥物的前景。攜帶FGFR2?EIDs患者對于FGFR抑制劑良好的反應性大大拓展了膽管癌靶向治療的應用范圍并為臨床針對FGFR2ome亞型腫瘤進行靶向治療提供了依據。