[發(fā)明專利]基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202310217562.0
• 申請日: 2023-03-08
• 公開（公告）號(hào): CN116206682B
• 公開（公告）日: 2023-10-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 白雪;于子航;張艷培;郭澤欽;董忠誼;吳德華
• 申請（專利權(quán)）人: 南方醫(yī)科大學(xué)南方醫(yī)院
• 主分類號(hào): G16B25/10
• 分類號(hào): G16B25/10;G16B35/20
• 代理公司: 北京東方盛凡知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11562
• 代理人: 程小芳

1.基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法,其特征在于，包括以下步驟：

步驟一：先從公共數(shù)據(jù)庫中獲取抗血管治療隊(duì)列數(shù)據(jù)，再從獲取的隊(duì)列數(shù)據(jù)中篩選出接受抗血管治療患者顯著改變的基因；

步驟二：先將步驟一中篩選出的接受抗血管治療患者顯著改變的基因在TCGA數(shù)據(jù)庫泛癌種基因表達(dá)譜進(jìn)行加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，并分為8個(gè)共表達(dá)基因模塊；

步驟三：先通過相關(guān)性分析和富集分析來分析步驟二中各共表達(dá)基因模塊的生物功能及其在抗血管治療中發(fā)揮的作用，再篩選出對(duì)抗血管治療療效有影響的3個(gè)共表達(dá)基因模塊；

步驟四：先基于步驟三中篩選的3個(gè)共表達(dá)基因模塊對(duì)腫瘤患者基因表達(dá)譜分型，再根據(jù)腫瘤患者腫瘤基因表達(dá)譜將患者分為抗血管治療獲益型和抗血管治療耐藥型。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法，其特征在于：所述步驟一中，所述公共數(shù)據(jù)庫包括GEO數(shù)據(jù)庫和ArrayExpress數(shù)據(jù)庫，所述抗血管治療隊(duì)列數(shù)據(jù)包含患者的基因表達(dá)譜矩陣和治療信息。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法，其特征在于：所述步驟一中，篩選顯著改變的基因的具體步驟為：先從獲取的隊(duì)列數(shù)據(jù)中計(jì)算出接受抗血管治療患者對(duì)比對(duì)照治療患者的差異基因，并進(jìn)行整合處理，整合處理后的差異基因視為抗血管治療顯著改變的基因。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法，其特征在于：差異基因計(jì)算過程中，對(duì)每個(gè)隊(duì)列數(shù)據(jù)集中抗血管治療樣本表達(dá)譜與對(duì)照治療樣本表達(dá)譜進(jìn)行差異分析，當(dāng)其P值小于0.05，logFC絕對(duì)值大于0.5時(shí)判定為差異基因。

5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法，其特征在于：通過R語言RobustRankAggreg軟件包對(duì)接受抗血管治療患者差異基因進(jìn)行整合處理，選擇Score值小于1的基因以去除因個(gè)體差異產(chǎn)生的影響，由此篩選出的差異基因視為抗血管治療顯著改變的基因。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法，其特征在于：所述步驟二中，通過加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析得到10個(gè)共表達(dá)基因組，并基于模塊內(nèi)相關(guān)性去掉2個(gè)不穩(wěn)定的共表達(dá)模塊，得到8個(gè)共表達(dá)基因模塊。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法，其特征在于：所述步驟二中，8個(gè)共表達(dá)基因模塊的抗血管治療顯著改變，并判定模塊內(nèi)連接性大于0.85的基因?yàn)榛蚰K關(guān)鍵基因，以關(guān)鍵基因的單樣本基因集富集分析評(píng)分作為基因模塊表達(dá)量。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法，其特征在于：所述步驟三中，篩選過程為在TCGA數(shù)據(jù)庫泛癌種進(jìn)行基因模塊與可能影響抗血管治療療效的細(xì)胞和基因集的相關(guān)性分析及基因模塊在抗血管治療獲益患者中的基因集富集分析。

9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于抗血管治療顯著改變共表達(dá)基因模塊的腫瘤分型方法，其特征在于：所述步驟四中，對(duì)腫瘤分型時(shí)根據(jù)患者腫瘤紅色基因模塊、綠色基因模塊和粉色基因模塊的表達(dá)情況分為抗血管治療獲益型、抗血管治療耐藥型，分型操作采用GenePattern網(wǎng)站的NTP模塊進(jìn)行。