[發(fā)明專利]一種基于DH系混樣建庫和基因型填充的基因型分型方法及其應(yīng)用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202310183038.6
• 申請日: 2023-02-28
• 公開（公告）號: CN116200531A
• 公開（公告）日: 2023-06-02
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 李為國;曹明月;雷雨婷;周福洋;肖金華;田冰川;唐順學(xué)
• 申請（專利權(quán)）人: 華智生物技術(shù)有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;A01H1/04
• 代理公司: 廣州嘉權(quán)專利商標事務(wù)所有限公司 44205
• 代理人: 羅新

1.一種基于DH系混樣建庫和基因型填充的基因型分型方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟S1、對不同DH群體的親本進行高密度基因型檢測；

步驟S2、對所述不同DH群體的子代群體進行混樣和低密度基因型檢測，獲得DH子代混樣低密度基因型數(shù)據(jù)；

步驟S3、對所述DH子代混樣低密度基因型數(shù)據(jù)進行拆分，得到DH子代單樣低密度基因型數(shù)據(jù)；

步驟S4、利用步驟S1的檢測數(shù)據(jù)，對所述DH子代單樣低密度基因型數(shù)據(jù)進行填充，得到DH子代高密度基因型數(shù)據(jù)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基因型分型方法，其特征在于，步驟S1中，所述高密度基因型檢測的方法包括固相SNP芯片檢測、液相SNP芯片檢測、擴增子測序、簡化基因組測序、全基因組重測序中的一種。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基因型分型方法，其特征在于，步驟S2中，所述低密度基因型檢測的方法包括固相SNP芯片檢測、液相芯片檢測、擴增子測序、簡化基因組測序中的一種。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基因型分型方法，其特征在于，步驟S2中，所述混樣包括分別取所述不同DH群體中的一個子代樣本并提取基因組DNA進行混合。

5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的基因型分型方法，其特征在于，步驟S2中，所述混樣為等比例混樣。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基因型分型方法，其特征在于，步驟S3中，所述拆分具體包括以下步驟：

步驟S11、質(zhì)控：利用所述親本的高密度基因型檢測數(shù)據(jù)對所述DH子代混樣低密度基因型數(shù)據(jù)進行矯正；

步驟S12、親本推斷：根據(jù)所述DH子代混樣基因型純合或雜合，利用親本的基因型推測出等位基因來源親本；

步驟S13、基因型推斷：利用推測出來等位基因來源親本，根據(jù)就近原則進一步推測DH子代單樣的基因型數(shù)據(jù)，獲DH子代單樣1K基因型數(shù)據(jù)。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基因型分型方法，其特征在于，步驟S4中，所述填充具體包括以下步驟：

步驟S21、過濾掉所述不同DH群體親本的高密度基因型檢測數(shù)據(jù)中的缺失位點，并利用填充軟件分別獲取不同DH群體的reference?panel；

步驟S22、利用填充軟件基于不同DH群體的reference?panel對所述DH子代單樣低密度基因型數(shù)據(jù)進行填充。

8.如權(quán)利要求1～7任一種所述的基于DH系混樣建庫和基因型填充的基因型分型方法在植物育種中的應(yīng)用。

9.一種系統(tǒng)，其特征在于，采用如權(quán)利要求1～7任一項所述的基因型分型方法進行檢測。

10.一種計算機可讀介質(zhì)，其特征在于，所述計算機可讀介質(zhì)存儲有計算機程序，其中，所述計算機程序能被處理器執(zhí)行以實現(xiàn)如權(quán)利要求1～7任一項所述的基因型分型方法步驟。