[發明專利]一種基于可編程核酸酶的超靈敏目標核酸富集檢測方法

在審

• 申請號: 202310133037.0
• 申請日: 2023-02-20
• 公開（公告）號: CN116240200A
• 公開（公告）日: 2023-06-09
• 發明（設計）人: 宋金召;申月;應杰兒
• 申請（專利權）人: 中國科學院基礎醫學與腫瘤研究所（籌）;杭州逸檢科技有限公司
• 主分類號: C12N9/22
• 分類號: C12N9/22;C12N15/113;C12Q1/6886;C12Q1/6806;C12Q1/6858
• 代理公司: 北京國翰知識產權代理事務所(普通合伙) 11696
• 代理人: 李笑磊

1.一種核糖核蛋白復合物，其特征在于，包括組分（a）和組分（b）：

組分（a），所述組分（a）包括：能夠與靶核酸互補配對的核酸區域和0-4bp錯配片段；或能夠與靶核酸互補配對的核酸區域且相鄰PAM包括易突變位點；

組分（b），能夠與靶核酸結合并使靶核酸鏈斷裂；

其中，所述組分（a）選自tracrRNA和/或crRNA和/或sgRNA和/或三者的衍生物和/或guide?DNA和/或guide?RNA；所述組分（b）包括Cas蛋白和/或Cas蛋白衍生物和/或Ago蛋白和/或Ago蛋白衍生物；所述組分（a）和（b）能夠結合。

2.如權利要求1所述的復合物，其特征在于，所述組分（a）中sgRNA、guide?DNA或guideRNA的spacer序列長度為16-22nt。

3.如權利要求1所述的復合物，其特征在于，所述組分（b）包括以下至少一種：Cas12a，SacCas9，CjCas9，SpCas9，NmCas9，Sp-Cas9?HF1，evoCas9，HypaCas9，HiFi?Cas9，Sniper-Cas9，xCas9，eSpCas9?1.1，SuperFi?Cas9，SaCas9，SaCas9-HF，efSaCas9，ScCas9，Cas9-Sc++，Cas9?HiFi-Sc++，SpaCas9，SpaCas9-HF，FnCas9，AnaCas9，SpyCas9，FnCas12a，LbCas12a，AsCas12a，CbAgo，TtAgo，PfAgo，KmAgo或KpAgo。

4.一種用于可編程酶的突變基因的富集和/或甲基化DNA的富集的反應體系，其特征在于，所述反應體系包括權利要求1中所述核糖核蛋白復合物。

5.權利要求4所述反應體系的用途，包括以下至少一種：

（1）靶向結合靶核酸片段；

（2）靶向切割靶核酸片段；

（3）富集突變基因；

（4）檢測突變基因；

（5）富集甲基化DNA；

（6）檢測甲基化DNA。

6.如權利要求5所述用途，其特征在于，所述富集包括自動化富集；所述檢測包括自動化檢測。

7.如權利要求6所述用途，其特征在于，所述自動化富集包括使用微流控芯片進行富集；所述自動化檢測包括使用微流控芯片進行檢測。

8.如權利要求5所述用途，其特征在于，所述突變基因包括癌癥相關基因。

9.如權利要求8所述用途，其特征在于，所述癌癥相關基因包括以下至少一種：

EGFR，BRAF，PIK3CA，TP53，LRP1B，APC，CYP1A1，NP01，EPHX1，KRAS，BRCA1，BRCA2，MET，MLH1，MSH2，MSH3，MSH6，PALB2，BMPR1A，SMAD4，STK11，PTEN，AXIN2，BLM，BUB1B，CDH1，CEP57，CHEK2，ENG，EPCAM，FLCN，GALNTI2，GREM1，FAT4，KMT2D，KMT2C，ARID1A，FAT1，PTEN，ATM，ZFHX3，CREBBP，GRIN2A，NRAS或NF1。

10.如權利要求5所述用途，其特征在于，所述甲基化DNA包括癌癥相關甲基化基因和/或其啟動子。