[發明專利]比對和變體測序分析管線

在審

• 申請號: 202310086286.9
• 申請日: 2016-03-25
• 公開（公告）號: CN116042833A
• 公開（公告）日: 2023-05-02
• 發明（設計）人: C·埃爾津加
• 申請（專利權）人: 奎斯特診斷投資股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;G16B30/10;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務所 11494
• 代理人: 封新琴

1.一種確定受試者中一個或多個基因中的變體的存在的方法，所述方法包括：

(a)從核酸測序儀獲得與受試者相關的原始測序數據；

(b)從原始測序數據中去除未通過質量過濾器的低質量讀段；

(c)從經過濾的原始測序數據中修剪掉銜接子和/或分子鑒別(MID)序列；

(d)將經過濾的原始測序數據映射到基因組參考序列以生成映射的讀段；

(e)對映射的讀段進行排序和索引；

(f)將讀段組添加到數據文件以生成經處理的序列文件；

(g)創建重新比對目標；

(h)進行經處理的序列文件的局部重新比對以生成重新比對的序列文件；

(i)從重新比對的序列文件中去除重復讀段；

(j)分析感興趣的編碼區；和

(k)基于步驟(j)中的分析，生成鑒定變體是否存在的報告，

其中使用限于含有所述一個或多個感興趣基因的核酸區域的改良的基因組比對工具來進行步驟(g)和(h)。

2.權利要求1的方法，進一步包括使用核酸測序儀對來自受試者的核酸樣品進行核酸測序反應以生成步驟(a)的原始測序數據。

3.權利要求1的方法，其中分析感興趣的編碼區包括判讀感興趣區域中的每個位置處的變體。

4.權利要求3的方法，其中所述感興趣的區域被額外的150個堿基填補。

5.權利要求3的方法，其中使用改良的GATK變體判讀器來進行變體判讀。

6.權利要求1的方法，其中將讀段映射到基因組參考序列是用BurrowsWheelerAligner(BWA)進行的。

7.權利要求1的方法，其中將讀段映射到基因組參考序列不包括軟剪切。

8.權利要求1的方法，其中所述基因組參考序列是GRCh37.1人類基因組參考序列。

9.權利要求1的方法，其中所述測序方法包括乳液PCR(emPCR)、滾環擴增或固相擴增。

10.權利要求1的方法，其中所述固相擴增是克隆橋擴增。