[發明專利]一種與豬初生重性狀相關的SNP分子標記及其應用

在審

• 申請號: 202310061596.5
• 申請日: 2023-01-18
• 公開（公告）號: CN116426645A
• 公開（公告）日: 2023-07-14
• 發明（設計）人: 李華;張博韜;鄧大棟;鐘秉洲;吳金華;王宏濤;余梅
• 申請（專利權）人: 佛山科學技術學院
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 佛山市禾才知識產權代理有限公司 44379
• 代理人: 單蘊倩

本發明公開了一種與豬初生重性狀相關的SNP分子標記及其應用，該SNP分子標記的核苷酸序列為：TTGTCTAGACCGGCCATCTGATGTAGGCACTTGT TTTGAAGGATAATTACY(CT)ATAGAGCATTTAGCT TGTATAGACAAGTAAGCAGAGCTGCTGCAGCA?TGA；所述SNP分子標記的核苷酸序列中的第51位堿基處的Y為一個CT的等位基因突變，產生多態性；基因型為TT的個體初生重顯著高于基因型為CC和CT的個體。該SNP分子標記與豬初生重的相關性達到顯著水平，為豬育種提供新的方向。

技術領域

本發明涉及SNP分子標記技術領域，具體關涉到一種與一種豬3號染色體上與豬初生重相關的SNP標記物及其應用。

背景技術

長白豬是一種重要的母系豬品種，在杜長大生產模式中作為第一父本用于生產二元母豬，在現代養豬體系中占有重要地位。母豬繁殖性狀是豬的重要經濟性狀之一，是歷代豬育種家的工作重點。而作為衡量母豬繁殖性能的重要指標，仔豬初生重是養豬生產中重要的經濟指標。因為仔豬初生重的下降會對豬的生長性能、胴體品質以及繁殖性能等造成影響。由此可見，初生重對于豬的生長及繁殖性能都有至關重要的作用，研究豬初生重性狀非常重要。

全基因組關聯分析(Genome-wide?Association?Study,GWAS)是指在全基因組范圍內找出存在的序列變異，即單核苷酸多態性(SNP)，從中篩選出與目標性狀的SNPs。全面的覆蓋范圍和相對較低的測序成本使GWAS成為臨床和商業基因檢測中具有吸引力的工具。目前全基因組關聯分析已經被應用于各種研究，例如人類疾病以及家畜重要經濟性狀等。

由于仔豬初生重受到較多因素影響，常規的遺傳手段難以精準鑒別其主效基因，而鑒于SNP芯片或測序的全基因組關聯分析為其提供了一種有效的檢測手段。目前對初生重性狀的大部分研究中還停留在表型的統計分析上，然而這些統計分析中存在著樣本數少，品種單一等缺點，急需通過擴大研究豬的品種或數量進行更進一步的研究。

發明內容

本發明的目的在于提出一種與豬初生重性狀相關的SNP分子標記及其應用，該SNP分子標記與豬初生重的相關性達到顯著水平，為豬育種提供新的方向。

為達此目的，本發明采用以下技術方案：

一種與豬初生重性狀相關的SNP分子標記，該SNP分子標記的核苷酸序列為：

TTGTCTAGACCGGCCATCTGATGTAGGCACTTGTTTTGAAGGATAATTA?CY(CT)ATAGAGCATTTAGCTTGTATAGACAAGTAAGCAGAGCTGCTGCAG?CATGA；

所述SNP分子標記的核苷酸序列中的第51位堿基處的Y為一個CT的等位基因突變，產生多態性；基因型為TT的個體初生重顯著高于基因型為CC和CT的個體。

進一步的，所述SNP分子標記位于豬的第3號染色體；

所述SNP分子標記位于豬參考基因組Sscrofa11.1的Chr3處的SNP位點的參考編號為rs81378521。

進一步的，上述的與豬初生重性狀相關的SNP分子標記，在豬育種中的應用。

進一步的，上述的與豬初生重性狀相關的SNP分子標記，在長白豬育種中的應用。

一種檢測豬初生重性狀的方法，檢測豬3號染色體的上述的SNP分子標記的核苷酸序列中的第51位堿基處的Y，若Y為C，則測定個體初生重大；若Y為T，則測定個體初生重小。

本發明提供的技術方案可以包括以下有益效果：