[發(fā)明專利]一種校正測(cè)序信息錯(cuò)誤的方法

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202310022842.6
• 申請(qǐng)日: 2016-11-16
• 公開（公告）號(hào): CN116426621A
• 公開（公告）日: 2023-07-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 黃巖誼;陳子天;周文雄;段海峰;康力;喬朔
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 賽納生物科技（北京）有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6869
• 分類號(hào): C12Q1/6869;G16B20/30;G16B40/10
• 代理公司: 北京格匯專利代理事務(wù)所(特殊普通合伙) 16088
• 代理人: 張偉洋

1.一種校正測(cè)序信息錯(cuò)誤的方法，其包括：

(a)根據(jù)在所述測(cè)序反應(yīng)期間來(lái)自一種或多種參考多核苷酸的測(cè)序信號(hào)以及所述參考多核苷酸的所述已知核酸序列進(jìn)行參數(shù)估計(jì)，使用所述參數(shù)估計(jì)獲得測(cè)序反應(yīng)的超前的和/或滯后的失相現(xiàn)象的信息；

(b)獲得在測(cè)序反應(yīng)期間來(lái)自目標(biāo)多核苷酸的測(cè)序信號(hào)；

(c)基于從步驟(a)獲得的所述信息和從步驟(b)獲得的所述測(cè)序信號(hào)，計(jì)算所述目標(biāo)多核苷酸的次級(jí)超前量；

(d)基于從步驟(b)獲得的所述測(cè)序信號(hào)以及步驟(c)的所述次級(jí)超前量，計(jì)算所述目標(biāo)多核苷酸的所述失相量；

(e)使用所述失相量校正從步驟(b)獲得的所述測(cè)序信號(hào)，以生成所述目標(biāo)多核苷酸的預(yù)測(cè)測(cè)序信號(hào)；

(f)重復(fù)步驟(c)至(e)一輪或多輪，其中將來(lái)自第i輪的所述預(yù)測(cè)測(cè)序信號(hào)用于計(jì)算第i+1輪中所述目標(biāo)多核苷酸的所述次級(jí)超前量，直到來(lái)自第j輪的所述目標(biāo)多核苷酸的所述預(yù)測(cè)測(cè)序信號(hào)在數(shù)學(xué)上是收斂的，其中i和j是整數(shù)并且1≤ii+1≤j，

其中所述次級(jí)超前現(xiàn)象是指在測(cè)序期間，在所述目標(biāo)多核苷酸的殘基處發(fā)生非預(yù)期核苷酸延伸，并且所述非預(yù)期延伸被除下一個(gè)殘基以外的核苷酸進(jìn)一步延伸，并且

其中所述失相量包括由于測(cè)序期間的所述超前的和/或滯后的失相現(xiàn)象而導(dǎo)致的所述測(cè)序結(jié)果的改變。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中步驟(a)中的所述參數(shù)估計(jì)包括獲得衰減系數(shù)。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中步驟(a)中的所述參數(shù)估計(jì)還包括獲得偏移量。

4.根據(jù)權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的方法，其中步驟(a)中的所述參數(shù)估計(jì)還包括獲得單位信號(hào)信息。

5.根據(jù)權(quán)利要求1-4中任一項(xiàng)所述的方法，其中步驟(a)中的所述參數(shù)估計(jì)包括獲得關(guān)于每種核苷酸或核苷酸組合的所述超前系數(shù)和/或滯后系數(shù)。

6.根據(jù)權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)所述的方法，其包括當(dāng)進(jìn)行多輪測(cè)序反應(yīng)時(shí)獲得每輪測(cè)序反應(yīng)的所述超前和/或滯后失相現(xiàn)象的所述信息。

7.一種校正測(cè)序信息錯(cuò)誤的方法，其包括：

(a)根據(jù)在所述測(cè)序反應(yīng)期間來(lái)自一種或多種參考多核苷酸的測(cè)序信號(hào)以及所述參考多核苷酸的所述已知核酸序列，進(jìn)行參數(shù)估計(jì)；

(b)獲得在所述測(cè)序反應(yīng)期間來(lái)自目標(biāo)多核苷酸的測(cè)序信號(hào)；

(c)根據(jù)通過(guò)步驟(a)中的參數(shù)估計(jì)獲得的超前的或滯后的失相信息以及從步驟(b)獲得的所述測(cè)序信號(hào)，計(jì)算所述目標(biāo)多核苷酸的所述次級(jí)超前量；

(d)基于從步驟(b)獲得的所述測(cè)序信號(hào)以及步驟(c)的所述次級(jí)超前量，計(jì)算所述目標(biāo)多核苷酸的所述失相量；

(e)使用所述失相量校正從步驟(b)獲得的所述測(cè)序信號(hào)，以生成所述目標(biāo)多核苷酸的預(yù)測(cè)測(cè)序信號(hào)；

(f)重復(fù)步驟(c)至(e)一輪或多輪，其中將來(lái)自第i輪的所述預(yù)測(cè)測(cè)序信號(hào)用于計(jì)算第i+1輪中所述目標(biāo)多核苷酸的所述次級(jí)超前量，直到來(lái)自第j輪的所述目標(biāo)多核苷酸的所述預(yù)測(cè)測(cè)序信號(hào)在數(shù)學(xué)上是收斂的，其中i和j是整數(shù)并且1≤ii+1≤j，

其中所述參數(shù)估計(jì)包括根據(jù)來(lái)自所述參考多核苷酸的所述測(cè)序信號(hào)和所述參考多核苷酸的所述已知核酸序列，獲得所述超前量、所述滯后量、所述衰減系數(shù)和/或所述偏移量，

其中所述次級(jí)超前現(xiàn)象是指在測(cè)序期間，在所述目標(biāo)多核苷酸的殘基處發(fā)生非預(yù)期核苷酸延伸，并且所述非預(yù)期延伸被除下一個(gè)殘基以外的核苷酸進(jìn)一步延伸，并且

其中所述失相量包括由于測(cè)序期間的所述超前的和/或滯后的失相現(xiàn)象而導(dǎo)致的所述測(cè)序結(jié)果的改變。

8.根據(jù)權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述測(cè)序包括向所述反應(yīng)液中加入一種或多種測(cè)序試劑，其中所述一種或多種測(cè)序試劑任選地包含核苷酸和/或酶。

9.根據(jù)權(quán)利要求1-8中任一項(xiàng)所述的方法，其中在所述測(cè)序中，在每次測(cè)序反應(yīng)中加入一種、兩種或三種類型的核苷酸。