[發明專利]一種與芝麻金黃色籽粒主效QTL位點緊密連鎖的分子標記及其應用

在審

• 申請號: 202211718205.4
• 申請日: 2022-12-29
• 公開（公告）號: CN116121440A
• 公開（公告）日: 2023-05-16
• 發明（設計）人: 崔承齊;梅鴻獻;劉艷陽;鄭永戰;杜振偉;武軻;江曉林
• 申請（專利權）人: 神農種業實驗室;河南省農業科學院芝麻研究中心
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;G16B20/30;C12N15/11;C12Q1/6858
• 代理公司: 鄭州青鳥知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 41187
• 代理人: 李穎

1.一種與芝麻金黃色籽粒主效QTL位點緊密連鎖的分子標記，其特征在于，在芝麻第6連鎖群LG06的93.2－96.9?cM區間內，定位了一個控制芝麻金黃色籽粒的主效QTL位點qSC_LG06?，在不同環境中可解釋表型變異率的29.46%～35.79%；與芝麻金黃色籽粒主效QTL位點qSC_LG06緊密連鎖的分子標記SNP6804。

2.根據權利要求1所述的一種與芝麻金黃色籽粒主效QTL位點緊密連鎖的分子標記，其特征在于，所述的分子標記SNP6804，其引物序列為：

SNP6804F1:?5'-GACAAAGTTGCGATACGCCA-3'，

SNP6804F2:?5'-TCGACGACAAAGTTGCGATACGACG-3',

SNP6804R:?5'-TGCAGGACTCAGTCTTCATGGGTG-3'。

3.根據權利要求2所述的一種與芝麻金黃色籽粒主效QTL位點緊密連鎖的分子標記，其特征在于，所述分子標記SNP6804在芝麻金黃色籽粒標記輔助選擇中應用。

4.一種與芝麻金黃色籽粒主效QTL位點緊密連鎖的分子標記的應用方法，其特征在于，根據權利要求3所述的一種與芝麻金黃色籽粒主效QTL位點緊密連鎖的分子標記SNP6804在芝麻金黃色籽粒標記輔助選擇中應用，應用方法具體為：用所述的分子標記SNP6804引物序列PCR擴增芝麻育種后代材料葉片或其他組織的總DNA樣本，若擴增產物僅為一條105?bp的條帶，則樣本為白色籽粒純合材料；若擴增產物僅為一條110?bp的條帶，則樣本為金黃色籽粒純合材料；若擴增產物為105?bp和110?bp兩條條帶，則為金黃色籽粒的雜合材料。

5.根據權利要求4所述一種與芝麻金黃色籽粒主效QTL位點緊密連鎖的分子標記的應用方法，其特征在于，所述PCR擴增的反應體系為10μL，包含25-50ng的模板DNA，0.1μL的5U/μL?Taq酶，1μL的10×PCR?buffer，0.2μL的10mM/μL?dNTPs，0.2μL的10μM/μL正向引物，0.2μL的10μM/μL反向引物，余量用ddH2O補足至10μL；PCR擴增程序為：預變性94℃?1min；變性94℃?30s，退火57℃?30s，延伸72℃?30s，35個循環，再延伸72℃?10min。

6.根據權利要求5所述一種與芝麻金黃色籽粒主效QTL位點緊密連鎖的分子標記的應用方法，其特征在于，擴增產物采用9%的非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離，電泳緩沖液為0.5×TBE，150V恒功率電泳分離。

7.一種芝麻金黃色籽粒主效QTL位點的獲得方法，其特征在于，包括以下步驟：

（1）利用白色籽粒品種和金黃色籽粒品種雜交獲得F₁種子，經自交得到F₂，利用單籽傳法，經8年8代自交，獲得重組自交系群體RIL；

（2）分別在三個不同地理位置種植RIL群體，成熟收獲后調查芝麻粒色，獲得表現型數據；

（3）提取白色籽粒品種、金黃色籽粒品種及RIL群體葉片基因組總DNA；

（4）對親本和RIL群體進行重測序，利用BWA軟件、GATK軟件開發SNP標記，篩選親本間有差異的純合變異位點，然后根據遺傳學原理，將多態性的分子標記根據親本進行編碼，并進行質量過濾，篩選高質量的分子標記，獲得RIL群體的基因型數據；

（5）結合RIL群體基因型數據，利用Mstmap軟件進行遺傳連鎖圖構建；

（6）結合RIL群體基因型、遺傳連鎖圖和芝麻粒色表型數據，利用R/qtl軟件進行QTL分析，在LG06連鎖群上定位獲得一個控制芝麻金黃色籽粒的主效QTL位點，并且在三個不同的地理環境中重復檢測到，分別解釋表型變異的35.68%、35.79%、29.46%，命名為qSC_LG06。