[發明專利]一種鑒定棉花矮生自封頂性狀的分子標記組合及其應用和方法

在審

• 申請號: 202211686998.6
• 申請日: 2022-12-27
• 公開（公告）號: CN116240305A
• 公開（公告）日: 2023-06-09
• 發明（設計）人: 薛飛;孫杰;李婧慧;邵冬南;王建行;張翼
• 申請（專利權）人: 石河子大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京知藝互聯知識產權代理有限公司 16137
• 代理人: 余青

本發明提供了一種鑒定棉花矮生自封頂性狀的分子標記組合及其應用和方法，屬于分子生物學技術領域。所述SNP分子標記組合為SNPIDNo.1和SNPIDNo.2；所述InDel分子標記組合為InDelIDNo.1和InDelIDNo.2；所述SNPIDNo.1位于海島棉D03染色體上第49155705位，堿基為T；所述SNPIDNo.2位于海島棉D03染色體上第49242336，堿基為A；所述InDelIDNo.1位于海島棉D03染色體上第49014595位，堿基為C；所述InDelIDNo.2位于海島棉D03染色體上第49354509位，堿基為A。采用本發明提供的分子標記組合能夠鑒定棉花矮生自封頂性狀，以提供一種新的與棉花矮生自封頂性狀緊密連鎖的SNP和InDel分子標記，為棉花矮生自封頂性狀的鑒定和分子輔助選擇提供一種新的方法。

技術領域

本發明涉及分子生物學技術領域，尤其涉及一種鑒定棉花矮生自封頂性狀的分子標記組合及其應用和方法。

背景技術

株型是作物為適應環境而表現的形態結構，直接決定作物的產量與品質。株高是株型的主要構成性狀，合適的株高能提高作物的抗倒伏能力，是作物獲得高產、穩產的必要前提。20世紀60年代以來小麥、水稻的“綠色革命”是作物育種最偉大的成果之一，培育的矮桿品種在世界各地廣泛種植，使產量增加了近一倍，這都歸因于矮桿資源的充分利用。棉花是重要的經濟作物和紡織原料來源，具有無限生長特性，在其整個生育期內需要通過打頂(摘掉頂芽)、以及多次施用縮節胺等植物生長調節劑，以達到控制棉花營養生長，縮短節間、緊湊株型的目的。因此培育具有矮生自封頂性狀的棉花株型不僅有助于機械化采摘，促進棉花增產，而且可以節省大量的勞動力成本。

與傳統育種手段相比，分子標記技術能夠不受環境因素影響且能快速、準確跟蹤目標基因。將分子標記技術與傳統育種技術相結合，可在早期對植株進行基因型的鑒定，提高育種效率，縮短育種周期。SNP(single?nucleotide?polymorphism)是DNA單個核苷酸的變異，主要形式有轉換和顛換，是最小的遺傳變異單元。原理是利用染色體上某個位點單個核苷酸的變化，通過對不同個體間遺傳物質的差異進行檢測分析，從而達到區分品種的目的。SNP分子標記數量眾多，在全基因組均有分布，數據統計簡單效率高，易實現高通量表達，自動化程度高等諸多優點，在眾多領域表現出十分廣闊的應用前景。BSA分析(bulkedsegregant?analysis)主要是選擇雙親群體分離后代中具有極端表型的個體進行混樣，通過比較不同極端混樣池之間的多態性并結合表型進行目標基因定位的方法。隨著分子育種技術的不斷發展，BSA技術不僅可以應用在雙親群體的基因定位中，也可以在多親群體、自然群體或者一些特殊組配的群體中應用。

根據已有的研究報道，棉花矮化相關種質資源非常有限，到目前為止僅有個別矮稈基因被定位，并鮮有涉及相關功能驗證。季高翔(2018)通過BSA測序的將控制AS98矮化性狀的基因定位與棉花D12染色體54Mb-55Mb區間，通過對候選區間進行SV(StructureVariation)檢測，發現突變體野生型之間存在一個14K大片段的拷貝數變異(Copy?NumberVariation，CNV)，結構變異中間包含一個EXTR-DWARF基因，通過表達量分析及VIGS實驗，證實了EXTR-DWARF就是引起AS98極端矮化的目的基因。篩選與棉花矮生自封頂性狀緊密連鎖的SNP位點可為基因圖位克隆、探究棉花矮生自封頂形成機制提供參考。同時為棉花矮桿自封頂株型育種提供實用的分子標記和基因資源。

發明內容

有鑒于此，本發明的目的在于提供一種鑒定棉花矮生自封頂性狀的分子標記組合及其應用和方法，采用本發明提供的分子標記組合能夠鑒定棉花矮生自封頂性狀，以提供一種新的與棉花矮生自封頂性狀緊密連鎖的SNP分子標記，為棉花矮生自封頂性狀的鑒定和分子輔助選擇提供一種新的方法。

為了實現上述發明目的，本發明提供以下技術方案：