[發明專利]一種自動構建DFA圖用于核酸序列設計的方法在審
| 申請號： | 202211410452.8 | 申請日： | 2022-11-11 |
| 公開（公告）號： | CN115798589A | 公開（公告）日： | 2023-03-14 |
| 發明（設計）人： | 夏苗仁;葛虎 | 申請（專利權）人： | 唯信知藥（上海）科技有限公司 |
| 主分類號： | G16B30/00 | 分類號： | G16B30/00;G16B50/50 |
| 代理公司： | 廣州市合本知識產權代理事務所(普通合伙) 44421 | 代理人： | 劉潔 |
| 地址： | 201208 上海市浦東新區中國(上海)自*** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 自動 構建 dfa 用于 核酸 序列 設計 方法 | ||
1.一種自動構建DFA圖用于核酸序列設計的方法，其特征在于：包括以下步驟：
步驟A、讀取給定物種的密碼子表，以獲得每一種氨基酸的包括終止密碼子的所有可選的密碼子序列；
步驟B、構建初始的氨基酸殘基的DFA子圖，該過程是將密碼子序列轉換為多個線性DFA子圖并進行并聯；
步驟C、將步驟B得到的初始的氨基酸殘基的DFA子圖進行連接，形成RNA或DNA的DFA圖；
步驟D、再步驟C所得到的RNA或DNA的DFA圖進行壓縮優化，合并刪除冗余的邊和頂點，使得該DFA圖具有最少的頂點和邊；
其中，步驟C和步驟D的操作順序可以互換，即先將步驟B得到的初始的氨基酸殘基的DFA子圖進行壓縮優化，然后再將壓縮優化后的DFA子圖進行連接，形成RNA或DNA的DFA圖。
2.根據權利要求1所述的一種自動構建DFA圖用于核酸序列設計的方法，其特征在于：步驟B中，構建初始的氨基酸殘基的DFA子圖，其構建的方式為：
步驟B1、依次遍歷每一個氨基酸的密碼子，該密碼子包括終止密碼子；
步驟B2、對于每一個密碼子，構建線性DFA子圖，所述線性DFA子圖的每一個條邊的屬性依次是該密碼子的堿基；
步驟B3、合并所有線性DFA子圖的起始頂點和結束頂點，即起始頂點和起始頂點合并，結束頂點和結束頂點合并。
3.根據權利要求1所述的一種自動構建DFA圖用于核酸序列設計的方法，其特征在于：步驟C或者步驟D中，將RNA或DNA的DFA圖或者初始的氨基酸殘基的DFA子圖進行壓縮優化的方式為：
步驟D1、從每一個DFA圖或者DFA子圖的頂點出發，檢查該頂點出邊的屬性是否存在兩兩一致的情況，即依次迭代頂點的出邊，判斷屬性相同的情況；當存在屬性相同的情況下，需要進行以下合并操作：
刪除屬性相同的第二條邊，將該條邊所有后續一層的邊都改為與屬性相同的第一條邊結束頂點連接的方式；
步驟D2、循環執行步驟D1，直至沒有發現需要修改DFA圖或者DFA子圖的情況發生。
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