[發明專利]用于檢測西瓜橙/黃瓤色性狀的KASP標記引物組合及其應用

在審

• 申請號: 202211357434.8
• 申請日: 2022-11-01
• 公開（公告）號: CN116179744A
• 公開（公告）日: 2023-05-30
• 發明（設計）人: 王昌盛;王海艷;劉金寶;金炳奎;曹亞婕;由守昌;楊猛
• 申請（專利權）人: 優奈爾生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 山東濟南齊魯科技專利事務所有限公司 37108
• 代理人: 張德平

本發明屬于分子生物學領域，提供了用于檢測西瓜橙/黃瓤色的KASP標記引物組合及其應用。用于檢測西瓜橙/黃瓤色的KASP標記引物組合包括如下三條引物：上游引物1、上游引物2和下游引物。本發明還提供了用于檢測西瓜橙/黃瓤色的KASP標記引物組合的應用。采用本發明提供的引物組合進行西瓜橙/黃瓤色基因型的檢測，操作流程簡便，降低了人為誤差，分析通量高；此方法應用于西瓜橙/黃瓤色基因的選育，可以大大節約時間和人工成本，提高分子標記輔助選擇的育種效率，加速西瓜橙/黃瓤色性狀的選育。

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，具體涉及一種用于檢測西瓜橙/黃瓤色的KASP(Kompetitive?Allele-Specific?PCR，即競爭性等位基因特異性PCR)標記引物組合及其應用，提供一種是用于西瓜植株橙/黃瓤色性狀的快速篩選和分子標記輔助育種的引物組合，提供涉及一種新型且簡便的分子標記輔助選擇方法。

背景技術

西瓜(Citrullus?lanatus(Thunb.)Matsum.et?Nakai)是葫蘆科西瓜屬西瓜種一年生蔓生草本植物。西瓜果實瓤色是現代栽培西瓜中重要的農藝性狀之一，主要表現為紅色、粉色、橙色、黃色等，帶給消費者強烈的視覺印象。普通栽培西瓜的果肉顏色大部分為紅色或粉紅色，而野生型西瓜果肉多數呈現白色或者淡黃色，而類胡蘿卜素的組成和含量的多樣性是西瓜果實呈現各種絢麗顏色的主要原因。控制類胡蘿卜素的合成將與西瓜果肉的顏色有密不可分的關系，因此通過對相關基因的分析可以預測西瓜果實瓤色，從而輔助西瓜育種過程。目前常用的分子標記方法有CAPS、dCAPS、SSR、RFLP等，這些技術都需要進行酶切或者電泳驗證，時間長、費用高、過程繁瑣，造成這些標記在分子育種方面的應用具有一定的局限性。而KASP標記技術能夠檢測出1bp的差異，非常準確且簡便，能夠在短時間內完成大量檢測，在應用上具有較高的優勢。

發明內容

為了解決現有技術中存在的上述問題，本發明提供了用于檢測西瓜橙/黃瓤色性狀的KASP標記引物組合及其應用。

一種用于檢測西瓜橙/黃瓤色性狀的KASP標記核心引物組合，所述西瓜橙/黃瓤色基因為OYC基因，所述KASP標記核心引物組合包括如下三條引物：

上游引物1的核心序列：5'-ggtgaagtttgtgcagagtatgcca-3'；

上游引物2的核心序列：5'-ggtgaagtttgtgcagagtatgccg-3'；

下游引物的序列：5'-cttcaattttccatctccaaacacatgtc-3'。

一種用于檢測西瓜橙/黃瓤色的KASP標記引物組合，所述西瓜橙/黃瓤色基因為OYC基因，所述KASP標記引物組合包括如下三條引物：

上游引物1的序列：

5'-gaaggtgaccaagttcatgctggtgaagtttgtgcagagtatgcca-3'；

上游引物2的序列：

5'-gaaggtcggagtcaacggattggtgaagtttgtgcagagtatgccg-3'；

下游引物的序列：5'-cttcaattttccatctccaaacacatgtc-3'。

用于檢測西瓜橙/黃瓤色性狀的KASP標記引物組合的應用，所述應用為用于檢測西瓜的橙或黃瓤色性狀，包括以下步驟：

(1)提取待測西瓜品種基因組DNA；

(2)使用含有檢測西瓜橙/黃瓤色性狀的KASP標記引物組合對西瓜基因組DNA進行PCR擴增；

(3)根據PCR熒光信號的差異，利用軟件進行分析，進而鑒別出每個待測西瓜的基因型，即鑒定出屬于純合AA、GG，雜合AG基因型的西瓜品種。