[發明專利]一種與西瓜種子大小相關的dCAPS分子標記及其應用

有效

• 申請號: 202211325562.4
• 申請日: 2022-10-27
• 公開（公告）號: CN116103428B
• 公開（公告）日: 2023-08-18
• 發明（設計）人: 閆聞;王喜慶;付永凱;賈云鶴;尤海波
• 申請（專利權）人: 黑龍江省農業科學院園藝分院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11;A01H1/04
• 代理公司: 北京睿智保誠專利代理事務所(普通合伙) 11732
• 代理人: 周新楣

1.檢測與西瓜種子大小性狀相關的SNP位點的試劑在西瓜育種中的應用，其特征在于，所述SNP位點為SEQ?ID?No.3所示序列的第249位核苷酸，當所述SNP位點的基因型為GG純合或T/G雜合時，西瓜種子長度小于10.5mm，當所述SNP位點的基因型為TT純合時，西瓜種子長度大于10.5mm。

2.一種擴增西瓜種子大小的dCAPS分子標記的引物對，其特征在于，包括上游引物N022-dCAPS_S6F和下游引物N022-dCAPS_S6R；所述上游引物N022-dCAPS_S6F的核苷酸序列如SEQ?IDNO.1所示；所述下游引物N022-dCAPS_S6R的核苷酸序列如SEQ?ID?NO.2所示。

3.一種檢測西瓜種子大小的試劑盒，其特征在于，包括權利要求2所述的擴增西瓜種子大小的dCAPS分子標記的引物對。

4.根據權利要求3所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒還包括檢測試劑，所述檢測試劑包括Easy?Taq?Buffer和Easy?Taq?DNA?Polymerase。

5.一種檢測西瓜種子大小的方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)以西瓜植株的總DNA為模板，以權利要求2所述的引物對進行PCR擴增獲得擴增產物；

2)將所述擴增產物酶切后電泳，根據電泳結果確定西瓜種子大小；

所述酶切用酶為Hpa?I或Hinc?II；

當電泳結果有且僅有279bp一條條帶時，SNP位點的基因型為TT純合型，西瓜種子長度大于10.5mm；

當電泳結果有且僅有251bp一條條帶時，SNP位點的基因型為GG純合型，西瓜種子長度小于10.5mm；

當電泳結果同時有且僅有251bp和279bp兩條條帶時，SNP位點的基因型為T/G雜合型，西瓜種子長度小于10.5mm。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，步驟1)所述PCR擴增的擴增體系以20μL計，包括以下組分：西瓜植株總DNA?1μL、N022-dCAPS_S6F?1μL、N022-dCAPS_S6R?1μL、10×EasyTaq?Buffer?2μL、dNTPs?1.6μL、Easy?Taq?DNA?Polymerase?0.2μL、ddH₂O?13.2μL。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，所述西瓜植株總DNA的濃度為80～120ng/μL；所述N022-dCAPS_S6F和N022-dCAPS_S6R的濃度獨立為8～12μM。

8.根據權利要求6或7所述的方法，其特征在于，步驟1)所述PCR擴增的擴增程序如下：94℃預變性5min；94℃變性30s，55℃復性1min，72℃延伸30s，32個循環；72℃延伸8min。

9.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，步驟2)所述酶切的體系以20μL計，包括擴增產物2μL，Hpa?I或Hinc?II限制性內切酶1μL，10×buffer?2μL，ddH₂O?15μL；所述酶切的程序為37℃，1～2h。

10.權利要求2所述的引物對、權利要求3或4所述的試劑盒、權利要求5～9任意一項所述的方法在西瓜輔助育種中的應用。